src/gromacs/selection/tests/toputils.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Helper routines for constructing topologies for tests.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #ifndef GMX_SELECTION_TESTS_TOPUTILS_H
  43 #define GMX_SELECTION_TESTS_TOPUTILS_H
  44
  45 #include <memory>
  46 #include <vector>
  47
  48 struct gmx_mtop_t;
  49 struct t_atoms;
  50 struct t_trxframe;
  51
  52 namespace gmx
  53 {
  54
  55 template <typename T>
  56 class ArrayRef;
  57
  58 namespace test
  59 {
  60
  61 class TopologyManager
  62 {
  63     public:
  64         TopologyManager();
  65         ~TopologyManager();
  66
  67         void requestFrame();
  68         void requestVelocities();
  69         void requestForces();
  70
  71         void loadTopology(const char *filename);
  72         void initAtoms(int count);
  73         void initAtomTypes(const ArrayRef<const char *const> &types);
  74         void initUniformResidues(int residueSize);
  75         void initUniformMolecules(int moleculeSize);
  76
  77         void initFrameIndices(const ArrayRef<const int> &index);
  78
  79         gmx_mtop_t *topology() { return mtop_.get(); }
  80         t_atoms &atoms();
  81         t_trxframe *frame() { return frame_; }
  82
  83     private:
  84         std::unique_ptr<gmx_mtop_t>  mtop_;
  85         t_trxframe                  *frame_;
  86         std::vector<char *>          atomtypes_;
  87 };
  88
  89 } // namespace test
  90 } // namespace gmx
  91
  92 #endif