src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "toputils.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/statutil.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  52
  53 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  54
  55 #include "testutils/testfilemanager.h"
  56
  57 namespace gmx
  58 {
  59 namespace test
  60 {
  61
  62 TopologyManager::TopologyManager()
  63     : top_(NULL), frame_(NULL)
  64 {
  65 }
  66
  67 TopologyManager::~TopologyManager()
  68 {
  69     if (top_ != NULL)
  70     {
  71         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  72         done_top(top_);
  73         sfree(top_);
  74     }
  75
  76     if (frame_ != NULL)
  77     {
  78         sfree(frame_->x);
  79         sfree(frame_->v);
  80         sfree(frame_->f);
  81         sfree(frame_);
  82     }
  83 }
  84
  85 void TopologyManager::requestFrame()
  86 {
  87     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  88                        "Frame must be requested before initializing topology");
  89     if (frame_ == NULL)
  90     {
  91         snew(frame_, 1);
  92     }
  93 }
  94
  95 void TopologyManager::requestVelocities()
  96 {
  97     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
  98                        "Velocities requested before requesting a frame");
  99     frame_->bV = TRUE;
 100     if (frame_->natoms > 0)
 101     {
 102         snew(frame_->v, frame_->natoms);
 103     }
 104 }
 105
 106 void TopologyManager::requestForces()
 107 {
 108     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 109                        "Forces requested before requesting a frame");
 110     frame_->bF = TRUE;
 111     if (frame_->natoms > 0)
 112     {
 113         snew(frame_->f, frame_->natoms);
 114     }
 115 }
 116
 117 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
 118 {
 119     char    title[STRLEN];
 120     int     ePBC;
 121     rvec   *xtop = NULL;
 122     matrix  box;
 123
 124     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 125     snew(top_, 1);
 126     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 127                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 128                   NULL, box, FALSE);
 129
 130     if (frame_ != NULL)
 131     {
 132         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 133         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 134         frame_->bX     = TRUE;
 135         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 136         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 137         frame_->bBox   = TRUE;
 138         copy_mat(box, frame_->box);
 139     }
 140
 141     sfree(xtop);
 142 }
 143
 144 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 145 {
 146     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 147     snew(top_, 1);
 148     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 149     for (int i = 0; i < count; ++i)
 150     {
 151         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 152     }
 153     if (frame_ != NULL)
 154     {
 155         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 156         frame_->natoms = count;
 157         frame_->bX     = TRUE;
 158         snew(frame_->x, count);
 159         if (frame_->bV)
 160         {
 161             snew(frame_->v, count);
 162         }
 163         if (frame_->bF)
 164         {
 165             snew(frame_->f, count);
 166         }
 167     }
 168 }
 169
 170 void TopologyManager::initAtomTypes(int count, const char *const types[])
 171 {
 172     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 173     atomtypes_.reserve(count);
 174     for (int i = 0; i < count; ++i)
 175     {
 176         atomtypes_.push_back(strdup(types[i]));
 177     }
 178     snew(top_->atoms.atomtype, top_->atoms.nr);
 179     for (int i = 0, j = 0; i < top_->atoms.nr; ++i, ++j)
 180     {
 181         if (j == count)
 182         {
 183             j = 0;
 184         }
 185         top_->atoms.atomtype[i] = &atomtypes_[j];
 186     }
 187 }
 188
 189 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 190 {
 191     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 192     int residueIndex = -1;
 193     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 194     {
 195         if (i % residueSize == 0)
 196         {
 197             ++residueIndex;
 198         }
 199         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 200     }
 201 }
 202
 203 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 204 {
 205     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 206     int index = 0;
 207     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 208     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 209     top_->mols.nr = 0;
 210     while (index < top_->atoms.nr)
 211     {
 212         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 213         ++top_->mols.nr;
 214         index += moleculeSize;
 215     }
 216     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 217 }
 218
 219 } // namespace test
 220 } // namespace gmx