src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "toputils.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/statutil.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/tpxio.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  50
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52
  53 #include "testutils/testfilemanager.h"
  54
  55 namespace gmx
  56 {
  57 namespace test
  58 {
  59
  60 TopologyManager::TopologyManager()
  61     : top_(NULL), frame_(NULL)
  62 {
  63 }
  64
  65 TopologyManager::~TopologyManager()
  66 {
  67     if (top_ != NULL)
  68     {
  69         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  70         done_top(top_);
  71         sfree(top_);
  72     }
  73
  74     if (frame_ != NULL)
  75     {
  76         sfree(frame_->x);
  77         sfree(frame_);
  78     }
  79 }
  80
  81 void TopologyManager::requestFrame()
  82 {
  83     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  84                        "Frame must be requested before initializing topology");
  85     if (frame_ == NULL)
  86     {
  87         snew(frame_, 1);
  88     }
  89 }
  90
  91 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
  92 {
  93     char    title[STRLEN];
  94     int     ePBC;
  95     rvec   *xtop = NULL;
  96     matrix  box;
  97
  98     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
  99     snew(top_, 1);
 100     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 101                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 102                   NULL, box, FALSE);
 103
 104     if (frame_ != NULL)
 105     {
 106         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 107         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 108         frame_->bX     = TRUE;
 109         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 110         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 111         frame_->bBox   = TRUE;
 112         copy_mat(box, frame_->box);
 113     }
 114
 115     sfree(xtop);
 116 }
 117
 118 } // namespace test
 119 } // namespace gmx