src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "toputils.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/statutil.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/tpxio.h"
  49 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  50 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  51
  52 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  53
  54 #include "testutils/testfilemanager.h"
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58 namespace test
  59 {
  60
  61 TopologyManager::TopologyManager()
  62     : top_(NULL), frame_(NULL)
  63 {
  64 }
  65
  66 TopologyManager::~TopologyManager()
  67 {
  68     if (top_ != NULL)
  69     {
  70         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  71         done_top(top_);
  72         sfree(top_);
  73     }
  74
  75     if (frame_ != NULL)
  76     {
  77         sfree(frame_->x);
  78         sfree(frame_);
  79     }
  80 }
  81
  82 void TopologyManager::requestFrame()
  83 {
  84     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  85                        "Frame must be requested before initializing topology");
  86     if (frame_ == NULL)
  87     {
  88         snew(frame_, 1);
  89     }
  90 }
  91
  92 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
  93 {
  94     char    title[STRLEN];
  95     int     ePBC;
  96     rvec   *xtop = NULL;
  97     matrix  box;
  98
  99     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 100     snew(top_, 1);
 101     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 102                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 103                   NULL, box, FALSE);
 104
 105     if (frame_ != NULL)
 106     {
 107         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 108         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 109         frame_->bX     = TRUE;
 110         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 111         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 112         frame_->bBox   = TRUE;
 113         copy_mat(box, frame_->box);
 114     }
 115
 116     sfree(xtop);
 117 }
 118
 119 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 120 {
 121     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 122     snew(top_, 1);
 123     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 124     for (int i = 0; i < count; ++i)
 125     {
 126         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 127     }
 128     if (frame_ != NULL)
 129     {
 130         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 131         frame_->natoms = count;
 132         frame_->bX     = TRUE;
 133         snew(frame_->x, count);
 134     }
 135 }
 136
 137 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 138 {
 139     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 140     int residueIndex = -1;
 141     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 142     {
 143         if (i % residueSize == 0)
 144         {
 145             ++residueIndex;
 146         }
 147         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 148     }
 149 }
 150
 151 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 152 {
 153     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 154     int index = 0;
 155     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 156     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 157     top_->mols.nr = 0;
 158     while (index < top_->atoms.nr)
 159     {
 160         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 161         ++top_->mols.nr;
 162         index += moleculeSize;
 163     }
 164     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 165 }
 166
 167 } // namespace test
 168 } // namespace gmx