src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "toputils.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  48
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 #include "testutils/testfilemanager.h"
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58 namespace test
  59 {
  60
  61 TopologyManager::TopologyManager()
  62     : top_(NULL), frame_(NULL)
  63 {
  64 }
  65
  66 TopologyManager::~TopologyManager()
  67 {
  68     if (top_ != NULL)
  69     {
  70         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  71         done_top(top_);
  72         sfree(top_);
  73     }
  74
  75     if (frame_ != NULL)
  76     {
  77         sfree(frame_->x);
  78         sfree(frame_->v);
  79         sfree(frame_->f);
  80         sfree(frame_);
  81     }
  82 }
  83
  84 void TopologyManager::requestFrame()
  85 {
  86     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  87                        "Frame must be requested before initializing topology");
  88     if (frame_ == NULL)
  89     {
  90         snew(frame_, 1);
  91     }
  92 }
  93
  94 void TopologyManager::requestVelocities()
  95 {
  96     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
  97                        "Velocities requested before requesting a frame");
  98     frame_->bV = TRUE;
  99     if (frame_->natoms > 0)
 100     {
 101         snew(frame_->v, frame_->natoms);
 102     }
 103 }
 104
 105 void TopologyManager::requestForces()
 106 {
 107     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 108                        "Forces requested before requesting a frame");
 109     frame_->bF = TRUE;
 110     if (frame_->natoms > 0)
 111     {
 112         snew(frame_->f, frame_->natoms);
 113     }
 114 }
 115
 116 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
 117 {
 118     char    title[STRLEN];
 119     int     ePBC;
 120     rvec   *xtop = NULL;
 121     matrix  box;
 122
 123     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 124     snew(top_, 1);
 125     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 126                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 127                   NULL, box, FALSE);
 128
 129     if (frame_ != NULL)
 130     {
 131         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 132         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 133         frame_->bX     = TRUE;
 134         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 135         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 136         frame_->bBox   = TRUE;
 137         copy_mat(box, frame_->box);
 138     }
 139
 140     sfree(xtop);
 141 }
 142
 143 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 144 {
 145     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 146     snew(top_, 1);
 147     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 148     for (int i = 0; i < count; ++i)
 149     {
 150         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 151     }
 152     if (frame_ != NULL)
 153     {
 154         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 155         frame_->natoms = count;
 156         frame_->bX     = TRUE;
 157         snew(frame_->x, count);
 158         if (frame_->bV)
 159         {
 160             snew(frame_->v, count);
 161         }
 162         if (frame_->bF)
 163         {
 164             snew(frame_->f, count);
 165         }
 166     }
 167 }
 168
 169 void TopologyManager::initAtomTypes(int count, const char *const types[])
 170 {
 171     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 172     atomtypes_.reserve(count);
 173     for (int i = 0; i < count; ++i)
 174     {
 175         atomtypes_.push_back(strdup(types[i]));
 176     }
 177     snew(top_->atoms.atomtype, top_->atoms.nr);
 178     for (int i = 0, j = 0; i < top_->atoms.nr; ++i, ++j)
 179     {
 180         if (j == count)
 181         {
 182             j = 0;
 183         }
 184         top_->atoms.atomtype[i] = &atomtypes_[j];
 185     }
 186 }
 187
 188 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 189 {
 190     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 191     int residueIndex = -1;
 192     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 193     {
 194         if (i % residueSize == 0)
 195         {
 196             ++residueIndex;
 197         }
 198         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 199     }
 200 }
 201
 202 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 203 {
 204     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 205     int index = 0;
 206     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 207     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 208     top_->mols.nr = 0;
 209     while (index < top_->atoms.nr)
 210     {
 211         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 212         ++top_->mols.nr;
 213         index += moleculeSize;
 214     }
 215     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 216 }
 217
 218 } // namespace test
 219 } // namespace gmx