src/gromacs/selection/sm_simple.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Implements simple keyword selection methods.
  34  *
  35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  36  * \ingroup module_selection
  37  */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include "gromacs/selection/position.h"
  43 #include "gromacs/selection/selmethod.h"
  44 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  45
  46 /** Evaluates the \p all selection keyword. */
  47 static void
  48 evaluate_all(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  49              gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  50 /** Evaluates the \p none selection keyword. */
  51 static void
  52 evaluate_none(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  53               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  54 /** Evaluates the \p atomnr selection keyword. */
  55 static void
  56 evaluate_atomnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  57                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  58 /** Evaluates the \p resnr selection keyword. */
  59 static void
  60 evaluate_resnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  61                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  62 /** Evaluates the \p resindex selection keyword. */
  63 static void
  64 evaluate_resindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  65                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  66 /** Checks whether molecule information is present in the topology. */
  67 static void
  68 check_molecules(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  69 /** Evaluates the \p molindex selection keyword. */
  70 static void
  71 evaluate_molindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  72                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  73 /** Evaluates the \p name selection keyword. */
  74 static void
  75 evaluate_atomname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  76                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  77 /** Checks whether atom types are present in the topology. */
  78 static void
  79 check_atomtype(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  80 /** Evaluates the \p type selection keyword. */
  81 static void
  82 evaluate_atomtype(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  83                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  84 /** Evaluates the \p insertcode selection keyword. */
  85 static void
  86 evaluate_insertcode(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  87                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  88 /** Evaluates the \p chain selection keyword. */
  89 static void
  90 evaluate_chain(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  91                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  92 /** Evaluates the \p mass selection keyword. */
  93 static void
  94 evaluate_mass(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  95               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  96 /** Evaluates the \p charge selection keyword. */
  97 static void
  98 evaluate_charge(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  99                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 100 /** Checks whether PDB info is present in the topology. */
 101 static void
 102 check_pdbinfo(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
 103 /** Evaluates the \p altloc selection keyword. */
 104 static void
 105 evaluate_altloc(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 106                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 107 /** Evaluates the \p occupancy selection keyword. */
 108 static void
 109 evaluate_occupancy(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 110                    gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 111 /** Evaluates the \p betafactor selection keyword. */
 112 static void
 113 evaluate_betafactor(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 114                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 115 /** Evaluates the \p resname selection keyword. */
 116 static void
 117 evaluate_resname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 118                  gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 119
 120 /** Evaluates the \p x selection keyword. */
 121 static void
 122 evaluate_x(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 123            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 124 /** Evaluates the \p y selection keyword. */
 125 static void
 126 evaluate_y(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 127            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 128 /** Evaluates the \p z selection keyword. */
 129 static void
 130 evaluate_z(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 131            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 132
 133 /** \internal Selection method data for \p all selection keyword. */
 134 gmx_ana_selmethod_t sm_all = {
 135     "all", GROUP_VALUE, 0,
 136     0, NULL,
 137     NULL,
 138     NULL,
 139     NULL,
 140     NULL,
 141     NULL,
 142     NULL,
 143     &evaluate_all,
 144     NULL,
 145 };
 146
 147 /** \internal Selection method data for \p none selection keyword. */
 148 gmx_ana_selmethod_t sm_none = {
 149     "none", GROUP_VALUE, 0,
 150     0, NULL,
 151     NULL,
 152     NULL,
 153     NULL,
 154     NULL,
 155     NULL,
 156     NULL,
 157     &evaluate_none,
 158     NULL,
 159 };
 160
 161 /** \internal Selection method data for \p atomnr selection keyword. */
 162 gmx_ana_selmethod_t sm_atomnr = {
 163     "atomnr", INT_VALUE, 0,
 164     0, NULL,
 165     NULL,
 166     NULL,
 167     NULL,
 168     NULL,
 169     NULL,
 170     NULL,
 171     &evaluate_atomnr,
 172     NULL,
 173 };
 174
 175 /** \internal Selection method data for \p resnr selection keyword. */
 176 gmx_ana_selmethod_t sm_resnr = {
 177     "resnr", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 178     0, NULL,
 179     NULL,
 180     NULL,
 181     NULL,
 182     NULL,
 183     NULL,
 184     NULL,
 185     &evaluate_resnr,
 186     NULL,
 187 };
 188
 189 /** \internal Selection method data for \p resindex selection keyword. */
 190 gmx_ana_selmethod_t sm_resindex = {
 191     "resindex", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 192     0, NULL,
 193     NULL,
 194     NULL,
 195     NULL,
 196     NULL,
 197     NULL,
 198     NULL,
 199     &evaluate_resindex,
 200     NULL,
 201 };
 202
 203 /** \internal Selection method data for \p molindex selection keyword. */
 204 gmx_ana_selmethod_t sm_molindex = {
 205     "molindex", INT_VALUE, SMETH_REQTOP,
 206     0, NULL,
 207     NULL,
 208     NULL,
 209     &check_molecules,
 210     NULL,
 211     NULL,
 212     NULL,
 213     &evaluate_molindex,
 214     NULL,
 215 };
 216
 217 /** \internal Selection method data for \p name selection keyword. */
 218 gmx_ana_selmethod_t sm_atomname = {
 219     "name", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 220     0, NULL,
 221     NULL,
 222     NULL,
 223     NULL,
 224     NULL,
 225     NULL,
 226     NULL,
 227     &evaluate_atomname,
 228     NULL,
 229 };
 230
 231 /** \internal Selection method data for \p type selection keyword. */
 232 gmx_ana_selmethod_t sm_atomtype = {
 233     "type", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 234     0, NULL,
 235     NULL,
 236     NULL,
 237     &check_atomtype,
 238     NULL,
 239     NULL,
 240     NULL,
 241     &evaluate_atomtype,
 242     NULL,
 243 };
 244
 245 /** \internal Selection method data for \p resname selection keyword. */
 246 gmx_ana_selmethod_t sm_resname = {
 247     "resname", STR_VALUE, SMETH_REQTOP,
 248     0, NULL,
 249     NULL,
 250     NULL,
 251     NULL,
 252     NULL,
 253     NULL,
 254     NULL,
 255     &evaluate_resname,
 256     NULL,
 257 };
 258
 259 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 260 gmx_ana_selmethod_t sm_insertcode = {
 261     "insertcode", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 262     0, NULL,
 263     NULL,
 264     NULL,
 265     NULL,
 266     NULL,
 267     NULL,
 268     NULL,
 269     &evaluate_insertcode,
 270     NULL,
 271 };
 272
 273 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 274 gmx_ana_selmethod_t sm_chain = {
 275     "chain", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 276     0, NULL,
 277     NULL,
 278     NULL,
 279     NULL,
 280     NULL,
 281     NULL,
 282     NULL,
 283     &evaluate_chain,
 284     NULL,
 285 };
 286
 287 /** \internal Selection method data for \p mass selection keyword. */
 288 gmx_ana_selmethod_t sm_mass = {
 289     "mass", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 290     0, NULL,
 291     NULL,
 292     NULL,
 293     NULL,
 294     NULL,
 295     NULL,
 296     NULL,
 297     &evaluate_mass,
 298     NULL,
 299 };
 300
 301 /** \internal Selection method data for \p charge selection keyword. */
 302 gmx_ana_selmethod_t sm_charge = {
 303     "charge", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 304     0, NULL,
 305     NULL,
 306     NULL,
 307     NULL,
 308     NULL,
 309     NULL,
 310     NULL,
 311     &evaluate_charge,
 312     NULL,
 313 };
 314
 315 /** \internal Selection method data for \p chain selection keyword. */
 316 gmx_ana_selmethod_t sm_altloc = {
 317     "altloc", STR_VALUE, SMETH_REQTOP | SMETH_CHARVAL,
 318     0, NULL,
 319     NULL,
 320     NULL,
 321     &check_pdbinfo,
 322     NULL,
 323     NULL,
 324     NULL,
 325     &evaluate_altloc,
 326     NULL,
 327 };
 328
 329 /** \internal Selection method data for \p occupancy selection keyword. */
 330 gmx_ana_selmethod_t sm_occupancy = {
 331     "occupancy", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 332     0, NULL,
 333     NULL,
 334     NULL,
 335     &check_pdbinfo,
 336     NULL,
 337     NULL,
 338     NULL,
 339     &evaluate_occupancy,
 340     NULL,
 341 };
 342
 343 /** \internal Selection method data for \p betafactor selection keyword. */
 344 gmx_ana_selmethod_t sm_betafactor = {
 345     "betafactor", REAL_VALUE, SMETH_REQTOP,
 346     0, NULL,
 347     NULL,
 348     NULL,
 349     &check_pdbinfo,
 350     NULL,
 351     NULL,
 352     NULL,
 353     &evaluate_betafactor,
 354     NULL,
 355 };
 356
 357 /** \internal Selection method data for \p x selection keyword. */
 358 gmx_ana_selmethod_t sm_x = {
 359     "x", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 360     0, NULL,
 361      NULL,
 362      NULL,
 363      NULL,
 364      NULL,
 365      NULL,
 366      NULL,
 367      NULL,
 368     &evaluate_x,
 369 };
 370
 371 /** \internal Selection method data for \p y selection keyword. */
 372 gmx_ana_selmethod_t sm_y = {
 373     "y", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 374     0, NULL,
 375      NULL,
 376      NULL,
 377      NULL,
 378      NULL,
 379      NULL,
 380      NULL,
 381      NULL,
 382     &evaluate_y,
 383 };
 384
 385 /** \internal Selection method data for \p z selection keyword. */
 386 gmx_ana_selmethod_t sm_z = {
 387     "z", REAL_VALUE, SMETH_DYNAMIC,
 388     0, NULL,
 389      NULL,
 390      NULL,
 391      NULL,
 392      NULL,
 393      NULL,
 394      NULL,
 395      NULL,
 396     &evaluate_z,
 397 };
 398
 399 /*!
 400  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 401  * \p data is not used.
 402  *
 403  * Copies \p g to \p out->u.g.
 404  */
 405 static void
 406 evaluate_all(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 407              gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 408 {
 409     gmx_ana_index_copy(out->u.g, g, false);
 410 }
 411
 412 /*!
 413  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 414  * \p data is not used.
 415  *
 416  * Returns an empty \p out->u.g.
 417  */
 418 static void
 419 evaluate_none(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 420               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 421 {
 422     out->u.g->isize = 0;
 423 }
 424
 425 /*!
 426  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 427  * \p data is not used.
 428  *
 429  * Returns the indices for each atom in \p out->u.i.
 430  */
 431 static void
 432 evaluate_atomnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 433                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 434 {
 435     int  i;
 436
 437     out->nr = g->isize;
 438     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 439     {
 440         out->u.i[i] = g->index[i] + 1;
 441     }
 442 }
 443
 444 /*!
 445  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 446  * \p data is not used.
 447  *
 448  * Returns the residue numbers for each atom in \p out->u.i.
 449  */
 450 static void
 451 evaluate_resnr(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 452                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 453 {
 454     int  i;
 455     int  resind;
 456
 457     out->nr = g->isize;
 458     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 459     {
 460         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 461         out->u.i[i] = top->atoms.resinfo[resind].nr;
 462     }
 463 }
 464
 465 /*!
 466  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 467  * \p data is not used.
 468  *
 469  * Returns the residue indices for each atom in \p out->u.i.
 470  */
 471 static void
 472 evaluate_resindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 473                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 474 {
 475     int  i;
 476
 477     out->nr = g->isize;
 478     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 479     {
 480         out->u.i[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].resind + 1;
 481     }
 482 }
 483
 484 /*!
 485  * \param[in] top  Topology structure.
 486  * \param     npar Not used.
 487  * \param     param Not used.
 488  * \param     data Not used.
 489  * \returns   0 if molecule info is present in the topology, -1 otherwise.
 490  *
 491  * If molecule information is not found, also prints an error message.
 492  */
 493 static void
 494 check_molecules(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 495 {
 496     bool bOk;
 497
 498     bOk = (top != NULL && top->mols.nr > 0);
 499     if (!bOk)
 500     {
 501         GMX_THROW(gmx::InconsistentInputError("Molecule information not available in topology"));
 502     }
 503 }
 504
 505 /*!
 506  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 507  * \p data is not used.
 508  *
 509  * Returns the molecule indices for each atom in \p out->u.i.
 510  */
 511 static void
 512 evaluate_molindex(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 513                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 514 {
 515     int  i, j;
 516
 517     out->nr = g->isize;
 518     for (i = j = 0; i < g->isize; ++i)
 519     {
 520         while (top->mols.index[j + 1] <= g->index[i]) ++j;
 521         out->u.i[i] = j + 1;
 522     }
 523 }
 524
 525 /*!
 526  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 527  * \p data is not used.
 528  *
 529  * Returns the atom name for each atom in \p out->u.s.
 530  */
 531 static void
 532 evaluate_atomname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 533                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 534 {
 535     int  i;
 536
 537     out->nr = g->isize;
 538     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 539     {
 540         out->u.s[i] = *top->atoms.atomname[g->index[i]];
 541     }
 542 }
 543
 544 /*!
 545  * \param[in] top  Topology structure.
 546  * \param     npar Not used.
 547  * \param     param Not used.
 548  * \param     data Not used.
 549  * \returns   0 if atom types are present in the topology, -1 otherwise.
 550  *
 551  * If the atom types are not found, also prints an error message.
 552  */
 553 static void
 554 check_atomtype(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 555 {
 556     bool bOk;
 557
 558     bOk = (top != NULL && top->atoms.atomtype != NULL);
 559     if (!bOk)
 560     {
 561         GMX_THROW(gmx::InconsistentInputError("Atom types not available in topology"));
 562     }
 563 }
 564
 565 /*!
 566  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 567  * \p data is not used.
 568  *
 569  * Returns the atom type for each atom in \p out->u.s.
 570  * Segfaults if atom types are not found in the topology.
 571  */
 572 static void
 573 evaluate_atomtype(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 574                   gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 575 {
 576     int  i;
 577
 578     out->nr = g->isize;
 579     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 580     {
 581         out->u.s[i] = *top->atoms.atomtype[g->index[i]];
 582     }
 583 }
 584
 585 /*!
 586  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 587  * \p data is not used.
 588  *
 589  * Returns the residue name for each atom in \p out->u.s.
 590  */
 591 static void
 592 evaluate_resname(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 593                  gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 594 {
 595     int  i;
 596     int  resind;
 597
 598     out->nr = g->isize;
 599     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 600     {
 601         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 602         out->u.s[i] = *top->atoms.resinfo[resind].name;
 603     }
 604 }
 605
 606 /*!
 607  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 608  * \p data is not used.
 609  *
 610  * Returns the insertion code for each atom in \p out->u.s.
 611  */
 612 static void
 613 evaluate_insertcode(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 614                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 615 {
 616     int  i;
 617     int  resind;
 618
 619     out->nr = g->isize;
 620     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 621     {
 622         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 623         out->u.s[i][0] = top->atoms.resinfo[resind].ic;
 624     }
 625 }
 626
 627 /*!
 628  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 629  * \p data is not used.
 630  *
 631  * Returns the chain for each atom in \p out->u.s.
 632  */
 633 static void
 634 evaluate_chain(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 635                gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 636 {
 637     int  i;
 638     int  resind;
 639
 640     out->nr = g->isize;
 641     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 642     {
 643         resind = top->atoms.atom[g->index[i]].resind;
 644         out->u.s[i][0] = top->atoms.resinfo[resind].chainid;
 645     }
 646 }
 647
 648 /*!
 649  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 650  * \p data is not used.
 651  *
 652  * Returns the mass for each atom in \p out->u.r.
 653  */
 654 static void
 655 evaluate_mass(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 656               gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 657 {
 658     int  i;
 659
 660     out->nr = g->isize;
 661     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 662     {
 663         out->u.r[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].m;
 664     }
 665 }
 666
 667 /*!
 668  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 669  * \p data is not used.
 670  *
 671  * Returns the charge for each atom in \p out->u.r.
 672  */
 673 static void
 674 evaluate_charge(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 675                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 676 {
 677     int  i;
 678
 679     out->nr = g->isize;
 680     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 681     {
 682         out->u.r[i] = top->atoms.atom[g->index[i]].q;
 683     }
 684 }
 685
 686 /*!
 687  * \param[in] top  Topology structure.
 688  * \param     npar Not used.
 689  * \param     param Not used.
 690  * \param     data Not used.
 691  * \returns   0 if PDB info is present in the topology, -1 otherwise.
 692  *
 693  * If PDB info is not found, also prints an error message.
 694  */
 695 static void
 696 check_pdbinfo(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 697 {
 698     bool bOk;
 699
 700     bOk = (top != NULL && top->atoms.pdbinfo != NULL);
 701     if (!bOk)
 702     {
 703         GMX_THROW(gmx::InconsistentInputError("PDB info not available in topology"));
 704     }
 705 }
 706
 707 /*!
 708  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 709  * \p data is not used.
 710  *
 711  * Returns the alternate location identifier for each atom in \p out->u.s.
 712  */
 713 static void
 714 evaluate_altloc(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 715                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 716 {
 717     int  i;
 718
 719     out->nr = g->isize;
 720     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 721     {
 722         out->u.s[i][0] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].altloc;
 723     }
 724 }
 725
 726 /*!
 727  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 728  * \p data is not used.
 729  *
 730  * Returns the occupancy numbers for each atom in \p out->u.r.
 731  * Segfaults if PDB info is not found in the topology.
 732  */
 733 static void
 734 evaluate_occupancy(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 735                    gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 736 {
 737     int  i;
 738
 739     out->nr = g->isize;
 740     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 741     {
 742         out->u.r[i] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].occup;
 743     }
 744 }
 745
 746 /*!
 747  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 748  * \p data is not used.
 749  *
 750  * Returns the B-factors for each atom in \p out->u.r.
 751  * Segfaults if PDB info is not found in the topology.
 752  */
 753 static void
 754 evaluate_betafactor(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 755                     gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 756 {
 757     int  i;
 758
 759     out->nr = g->isize;
 760     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 761     {
 762         out->u.r[i] = top->atoms.pdbinfo[g->index[i]].bfac;
 763     }
 764 }
 765
 766 /*! \brief
 767  * Internal utility function for position keyword evaluation.
 768  *
 769  * \param[in]  fr   Current frame.
 770  * \param[in]  g    Index group for which the coordinates should be evaluated.
 771  * \param[out] out  Output array.
 772  * \param[in]  pos  Position data to use instead of atomic coordinates
 773  *   (can be NULL).
 774  * \param[in]  d    Coordinate index to evaluate (\p XX, \p YY or \p ZZ).
 775  *
 776  * This function is used internally by evaluate_x(), evaluate_y() and
 777  * evaluate_z() to do the actual evaluation.
 778  */
 779 static void
 780 evaluate_coord(t_trxframe *fr, gmx_ana_index_t *g, real out[],
 781                gmx_ana_pos_t *pos, int d)
 782 {
 783     int  b, i;
 784     real v;
 785
 786     if (pos)
 787     {
 788         for (b = 0; b < pos->nr; ++b)
 789         {
 790             v = pos->x[b][d];
 791             for (i = pos->m.mapb.index[b]; i < pos->m.mapb.index[b+1]; ++i)
 792             {
 793                 out[i] = v;
 794             }
 795         }
 796     }
 797     else
 798     {
 799         for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 800         {
 801             out[i] = fr->x[g->index[i]][d];
 802         }
 803     }
 804 }
 805
 806 /*!
 807  * See sel_updatefunc_pos() for description of the parameters.
 808  * \p data is not used.
 809  *
 810  * Returns the \p x coordinate for each atom in \p out->u.r.
 811  */
 812 static void
 813 evaluate_x(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 814            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 815 {
 816     out->nr = pos->g->isize;
 817     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, XX);
 818 }
 819
 820 /*!
 821  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 822  * \p data is not used.
 823  *
 824  * Returns the \p y coordinate for each atom in \p out->u.r.
 825  */
 826 static void
 827 evaluate_y(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 828            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 829 {
 830     out->nr = pos->g->isize;
 831     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, YY);
 832 }
 833
 834 /*!
 835  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 836  * \p data is not used.
 837  *
 838  * Returns the \p z coordinate for each atom in \p out->u.r.
 839  */
 840 static void
 841 evaluate_z(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 842            gmx_ana_pos_t *pos, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 843 {
 844     out->nr = pos->g->isize;
 845     evaluate_coord(fr, pos->g, out->u.r, pos, ZZ);
 846 }