src/gromacs/selection/sm_keywords.cpp

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
  12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  13
  14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  17  * of the License, or (at your option) any later version.
  18  *
  19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  25  *
  26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  28  *
  29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  30  */
  31 /*! \internal \file
  32  * \brief
  33  * Implements internal selection methods for numeric and string keyword
  34  * evaluation.
  35  *
  36  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
  37  * \ingroup module_selection
  38  */
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <ctype.h>
  44 #ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
  45 #include <sys/types.h>  /*old Mac needs types before regex.h*/
  46 #endif
  47 #ifdef HAVE_REGEX_H
  48 #include <regex.h>
  49 #define USE_REGEX
  50 #endif
  51
  52 #include <string>
  53
  54 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  55 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  56 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  57
  58 #include "gromacs/selection/selmethod.h"
  59 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  60 #include "gromacs/utility/messagestringcollector.h"
  61 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  62
  63 #include "keywords.h"
  64 #include "parsetree.h"
  65 #include "scanner.h"
  66 #include "selelem.h"
  67
  68 /** Allocates data for integer keyword evaluation. */
  69 static void *
  70 init_data_kwint(int npar, gmx_ana_selparam_t *param);
  71 /** Allocates data for real keyword evaluation. */
  72 static void *
  73 init_data_kwreal(int npar, gmx_ana_selparam_t *param);
  74 /** Allocates data for string keyword evaluation. */
  75 static void *
  76 init_data_kwstr(int npar, gmx_ana_selparam_t *param);
  77 /** Initializes data for integer keyword evaluation. */
  78 static void
  79 init_kwint(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  80 /** Initializes data for real keyword evaluation. */
  81 static void
  82 init_kwreal(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  83 /** Initializes data for string keyword evaluation. */
  84 static void
  85 init_kwstr(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
  86 /** Frees the memory allocated for string keyword evaluation. */
  87 static void
  88 free_data_kwstr(void *data);
  89 /** Evaluates integer selection keywords. */
  90 static void
  91 evaluate_keyword_int(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  92                      gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  93 /** Evaluates real selection keywords. */
  94 static void
  95 evaluate_keyword_real(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
  96                       gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
  97 /** Evaluates string selection keywords. */
  98 static void
  99 evaluate_keyword_str(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 100                      gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 101
 102 /*! \internal \brief
 103  * Data structure for integer keyword expression evaluation.
 104  */
 105 typedef struct t_methoddata_kwint
 106 {
 107     /** Array of values for the keyword. */
 108     int               *v;
 109     /** Number of ranges in the \p r array. */
 110     int                n;
 111     /*! \brief
 112      * Array of sorted integer ranges to match against.
 113      *
 114      * Each range is made of two integers, giving the endpoints (inclusive).
 115      * This field stores the pointer to the ranges allocated by the
 116      * parameter parser; see \ref SPAR_RANGES for more information.
 117      */
 118     int               *r;
 119 } t_methoddata_kwint;
 120
 121 /*! \internal \brief
 122  * Data structure for real keyword expression evaluation.
 123  */
 124 typedef struct t_methoddata_kwreal
 125 {
 126     /** Array of values for the keyword. */
 127     real              *v;
 128     /** Number of ranges in the \p r array. */
 129     int                n;
 130     /*! \brief
 131      * Array of sorted ranges to match against.
 132      *
 133      * Each range is made of two values, giving the endpoints (inclusive).
 134      * This field stores the pointer to the ranges allocated by the
 135      * parameter parser; see \ref SPAR_RANGES for more information.
 136      */
 137     real              *r;
 138 } t_methoddata_kwreal;
 139
 140 /*! \internal \brief
 141  * Data structure for string keyword expression evaluation.
 142  */
 143 typedef struct t_methoddata_kwstr
 144 {
 145     /** Matching type for the strings. */
 146     gmx::SelectionStringMatchType       matchType;
 147     /** Array of values for the keyword. */
 148     char             **v;
 149     /** Number of elements in the \p val array. */
 150     int                n;
 151     /*! \internal \brief
 152      * Array of strings/regular expressions to match against.
 153      */
 154     struct t_methoddata_kwstr_match {
 155         /** true if the expression is a regular expression, false otherwise. */
 156         bool           bRegExp;
 157         /** The value to match against. */
 158         union {
 159 #ifdef USE_REGEX
 160             /** Compiled regular expression if \p bRegExp is true. */
 161             regex_t    r;
 162 #endif
 163             /** The string if \p bRegExp is false; */
 164             const char *s;
 165         }              u;
 166     }                 *m;
 167     /**< Array of strings/regular expressions to match against.*/
 168 } t_methoddata_kwstr;
 169
 170 /** Parameters for integer keyword evaluation. */
 171 static gmx_ana_selparam_t smparams_keyword_int[] = {
 172     {NULL, {INT_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_ATOMVAL},
 173     {NULL, {INT_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_RANGES | SPAR_VARNUM},
 174 };
 175
 176 /** Parameters for real keyword evaluation. */
 177 static gmx_ana_selparam_t smparams_keyword_real[] = {
 178     {NULL, {REAL_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_ATOMVAL | SPAR_DYNAMIC},
 179     {NULL, {REAL_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_RANGES | SPAR_VARNUM},
 180 };
 181
 182 /** Parameters for string keyword evaluation. */
 183 static gmx_ana_selparam_t smparams_keyword_str[] = {
 184     {NULL, {STR_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_ATOMVAL},
 185     {NULL, {STR_VALUE, -1, {NULL}}, NULL, SPAR_VARNUM},
 186 };
 187
 188 /** \internal Selection method data for integer keyword evaluation. */
 189 gmx_ana_selmethod_t sm_keyword_int = {
 190     "kw_int", GROUP_VALUE, SMETH_SINGLEVAL,
 191     asize(smparams_keyword_int), smparams_keyword_int,
 192     &init_data_kwint,
 193      NULL,
 194     &init_kwint,
 195      NULL,
 196      NULL,
 197      NULL,
 198     &evaluate_keyword_int,
 199      NULL,
 200     {NULL, 0, NULL},
 201 };
 202
 203 /** \internal Selection method data for real keyword evaluation. */
 204 gmx_ana_selmethod_t sm_keyword_real = {
 205     "kw_real", GROUP_VALUE, SMETH_SINGLEVAL,
 206     asize(smparams_keyword_real), smparams_keyword_real,
 207     &init_data_kwreal,
 208      NULL,
 209     &init_kwreal,
 210      NULL,
 211      NULL,
 212      NULL,
 213     &evaluate_keyword_real,
 214      NULL,
 215     {NULL, 0, NULL},
 216 };
 217
 218 /** \internal Selection method data for string keyword evaluation. */
 219 gmx_ana_selmethod_t sm_keyword_str = {
 220     "kw_str", GROUP_VALUE, SMETH_SINGLEVAL,
 221     asize(smparams_keyword_str), smparams_keyword_str,
 222     &init_data_kwstr,
 223      NULL,
 224     &init_kwstr,
 225      NULL,
 226     &free_data_kwstr,
 227      NULL,
 228     &evaluate_keyword_str,
 229      NULL,
 230     {NULL, 0, NULL},
 231 };
 232
 233 /** Initializes keyword evaluation for an arbitrary group. */
 234 static void
 235 init_kweval(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data);
 236 /** Initializes output for keyword evaluation in an arbitrary group. */
 237 static void
 238 init_output_kweval(t_topology *top, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 239 /** Frees the data allocated for keyword evaluation in an arbitrary group. */
 240 static void
 241 free_data_kweval(void *data);
 242 /** Initializes frame evaluation for keyword evaluation in an arbitrary group. */
 243 static void
 244 init_frame_kweval(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc, void *data);
 245 /** Evaluates keywords in an arbitrary group. */
 246 static void
 247 evaluate_kweval(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 248                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data);
 249
 250 /*! \internal \brief
 251  * Data structure for keyword evaluation in arbitrary groups.
 252  */
 253 typedef struct
 254 {
 255     /** Wrapped keyword method for evaluating the values. */
 256     gmx_ana_selmethod_t  *kwmethod;
 257     /** Method data for \p kwmethod. */
 258     void                 *kwmdata;
 259     /** Group in which \p kwmethod should be evaluated. */
 260     gmx_ana_index_t       g;
 261 } t_methoddata_kweval;
 262
 263 /** Parameters for keyword evaluation in an arbitrary group. */
 264 static gmx_ana_selparam_t smparams_kweval[] = {
 265     {NULL,   {GROUP_VALUE, 1, {NULL}}, NULL, SPAR_DYNAMIC},
 266 };
 267
 268
 269 /********************************************************************
 270  * INTEGER KEYWORD EVALUATION
 271  ********************************************************************/
 272
 273 /*!
 274  * \param[in] npar  Not used.
 275  * \param     param Not used.
 276  * \returns   Pointer to the allocated data (\ref t_methoddata_kwint).
 277  *
 278  * Allocates memory for a \ref t_methoddata_kwint structure.
 279  */
 280 static void *
 281 init_data_kwint(int npar, gmx_ana_selparam_t *param)
 282 {
 283     t_methoddata_kwint *data;
 284
 285     snew(data, 1);
 286     return data;
 287 }
 288
 289 /*!
 290  * \param[in] top   Not used.
 291  * \param[in] npar  Not used (should be 2).
 292  * \param[in] param Method parameters (should point to \ref smparams_keyword_int).
 293  * \param[in] data  Should point to \ref t_methoddata_kwint.
 294  */
 295 static void
 296 init_kwint(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 297 {
 298     t_methoddata_kwint *d = (t_methoddata_kwint *)data;
 299
 300     d->v = param[0].val.u.i;
 301     d->n = param[1].val.nr;
 302     d->r = param[1].val.u.i;
 303 }
 304
 305 /*!
 306  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 307  * \p data should point to a \c t_methoddata_kwint.
 308  *
 309  * Does a binary search to find which atoms match the ranges in the
 310  * \c t_methoddata_kwint structure for this selection.
 311  * Matching atoms are stored in \p out->u.g.
 312  */
 313 static void
 314 evaluate_keyword_int(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 315                      gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 316 {
 317     t_methoddata_kwint *d = (t_methoddata_kwint *)data;
 318     int                 n, i, j, jmin, jmax;
 319     int                 val;
 320
 321     out->u.g->isize = 0;
 322     n    = d->n;
 323     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 324     {
 325         val = d->v[i];
 326         if (d->r[0] > val || d->r[2*n-1] < val)
 327         {
 328             continue;
 329         }
 330         jmin = 0;
 331         jmax = n;
 332         while (jmax - jmin > 1)
 333         {
 334             j = jmin + (jmax - jmin) / 2;
 335             if (val < d->r[2*j])
 336             {
 337                 jmax = j;
 338             }
 339             else
 340             {
 341                 jmin = j;
 342                 if (val <= d->r[2*j+1])
 343                 {
 344                     break;
 345                 }
 346                 /* ++jmin;*/
 347             }
 348         }
 349         if (val <= d->r[2*jmin+1])
 350         {
 351             out->u.g->index[out->u.g->isize++] = g->index[i];
 352         }
 353     }
 354 }
 355
 356
 357 /********************************************************************
 358  * REAL KEYWORD EVALUATION
 359  ********************************************************************/
 360
 361 /*!
 362  * \param[in] npar  Not used.
 363  * \param     param Not used.
 364  * \returns   Pointer to the allocated data (\ref t_methoddata_kwreal).
 365  *
 366  * Allocates memory for a \ref t_methoddata_kwreal structure.
 367  */
 368 static void *
 369 init_data_kwreal(int npar, gmx_ana_selparam_t *param)
 370 {
 371     t_methoddata_kwreal *data;
 372
 373     snew(data, 1);
 374     return data;
 375 }
 376
 377 /*!
 378  * \param[in] top   Not used.
 379  * \param[in] npar  Not used (should be 2).
 380  * \param[in] param Method parameters (should point to \ref smparams_keyword_real).
 381  * \param[in] data  Should point to \ref t_methoddata_kwreal.
 382  * \returns   0 (the initialization always succeeds).
 383  */
 384 static void
 385 init_kwreal(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 386 {
 387     t_methoddata_kwreal *d = (t_methoddata_kwreal *)data;
 388
 389     d->v = param[0].val.u.r;
 390     d->n = param[1].val.nr;
 391     d->r = param[1].val.u.r;
 392 }
 393
 394 /*!
 395  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 396  * \p data should point to a \c t_methoddata_kwreal.
 397  *
 398  * Does a binary search to find which atoms match the ranges in the
 399  * \c t_methoddata_kwreal structure for this selection.
 400  * Matching atoms are stored in \p out->u.g.
 401  */
 402 static void
 403 evaluate_keyword_real(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 404                      gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 405 {
 406     t_methoddata_kwreal *d = (t_methoddata_kwreal *)data;
 407     int                  n, i, j, jmin, jmax;
 408     real                 val;
 409
 410     out->u.g->isize = 0;
 411     n    = d->n;
 412     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 413     {
 414         val = d->v[i];
 415         if (d->r[0] > val || d->r[2*n-1] < val)
 416         {
 417             continue;
 418         }
 419         jmin = 0;
 420         jmax = n;
 421         while (jmax - jmin > 1)
 422         {
 423             j = jmin + (jmax - jmin) / 2;
 424             if (val < d->r[2*j])
 425             {
 426                 jmax = j;
 427             }
 428             else
 429             {
 430                 jmin = j;
 431                 if (val <= d->r[2*j+1])
 432                 {
 433                     break;
 434                 }
 435                 /* ++jmin;*/
 436             }
 437         }
 438         if (val <= d->r[2*jmin+1])
 439         {
 440             out->u.g->index[out->u.g->isize++] = g->index[i];
 441         }
 442     }
 443 }
 444
 445
 446 /********************************************************************
 447  * STRING KEYWORD EVALUATION
 448  ********************************************************************/
 449
 450 /*!
 451  * \param[in] npar  Not used.
 452  * \param     param Not used.
 453  * \returns Pointer to the allocated data (\ref t_methoddata_kwstr).
 454  *
 455  * Allocates memory for a \ref t_methoddata_kwstr structure.
 456  */
 457 static void *
 458 init_data_kwstr(int npar, gmx_ana_selparam_t *param)
 459 {
 460     t_methoddata_kwstr *data;
 461
 462     snew(data, 1);
 463     data->matchType = gmx::eStringMatchType_Auto;
 464     return data;
 465 }
 466
 467 /*!
 468  * \param[in,out] sel   Selection element to initialize.
 469  * \param[in]     matchType  Method to use to match string values.
 470  *
 471  * Sets the string matching method for string keyword matching.
 472  */
 473 void
 474 _gmx_selelem_set_kwstr_match_type(const gmx::SelectionTreeElementPointer &sel,
 475                                   gmx::SelectionStringMatchType matchType)
 476 {
 477     t_methoddata_kwstr *d = (t_methoddata_kwstr *)sel->u.expr.mdata;
 478
 479     if (sel->type != SEL_EXPRESSION || !sel->u.expr.method
 480         || sel->u.expr.method->name != sm_keyword_str.name)
 481     {
 482         return;
 483     }
 484     d->matchType = matchType;
 485 }
 486
 487 /*!
 488  * \param[in] top   Not used.
 489  * \param[in] npar  Not used (should be 2).
 490  * \param[in] param Method parameters (should point to \ref smparams_keyword_str).
 491  * \param[in] data  Should point to \ref t_methoddata_kwstr.
 492  */
 493 static void
 494 init_kwstr(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 495 {
 496     t_methoddata_kwstr *d = (t_methoddata_kwstr *)data;
 497     int                 i;
 498
 499     d->v   = param[0].val.u.s;
 500     d->n   = param[1].val.nr;
 501     /* Return if this is not the first time */
 502     if (d->m)
 503     {
 504         return;
 505     }
 506     snew(d->m, d->n);
 507     for (i = 0; i < d->n; ++i)
 508     {
 509         const char *s = param[1].val.u.s[i];
 510         bool bRegExp = (d->matchType == gmx::eStringMatchType_RegularExpression);
 511         if (d->matchType == gmx::eStringMatchType_Auto)
 512         {
 513             for (size_t j = 0; j < strlen(s); ++j)
 514             {
 515                 if (ispunct(s[j]) && s[j] != '?' && s[j] != '*')
 516                 {
 517                     bRegExp = true;
 518                     break;
 519                 }
 520             }
 521         }
 522         if (bRegExp)
 523         {
 524 #ifdef USE_REGEX
 525             std::string buf(gmx::formatString("^%s$", s));
 526             if (regcomp(&d->m[i].u.r, buf.c_str(), REG_EXTENDED | REG_NOSUB) != 0)
 527             {
 528                 GMX_THROW(gmx::InvalidInputError(gmx::formatString(
 529                                 "Error in regular expression \"%s\"", s)));
 530             }
 531 #else
 532             GMX_THROW(gmx::InvalidInputError(gmx::formatString(
 533                             "No regular expression support, cannot match \"%s\"", s)));
 534 #endif
 535         }
 536         else
 537         {
 538             d->m[i].u.s = s;
 539         }
 540         d->m[i].bRegExp = bRegExp;
 541     }
 542 }
 543
 544 /*!
 545  * \param data Data to free (should point to a \ref t_methoddata_kwstr).
 546  *
 547  * Frees the memory allocated for t_methoddata_kwstr::val.
 548  */
 549 static void
 550 free_data_kwstr(void *data)
 551 {
 552     t_methoddata_kwstr *d = (t_methoddata_kwstr *)data;
 553     int                 i;
 554
 555     for (i = 0; i < d->n; ++i)
 556     {
 557         if (d->m[i].bRegExp)
 558         {
 559 #ifdef USE_REGEX
 560             /* This branch should only be taken if regular expressions
 561              * are available, but the ifdef is still needed. */
 562             regfree(&d->m[i].u.r);
 563 #endif
 564         }
 565     }
 566     sfree(d->m);
 567 }
 568
 569 /*!
 570  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 571  * \p data should point to a \c t_methoddata_kwstr.
 572  *
 573  * Does a linear search to find which atoms match the strings in the
 574  * \c t_methoddata_kwstr structure for this selection.
 575  * Wildcards are allowed in the strings.
 576  * Matching atoms are stored in \p out->u.g.
 577  */
 578 static void
 579 evaluate_keyword_str(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 580                      gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 581 {
 582     t_methoddata_kwstr *d = (t_methoddata_kwstr *)data;
 583     int                 i, j;
 584     bool                bFound;
 585
 586     out->u.g->isize = 0;
 587     for (i = 0; i < g->isize; ++i)
 588     {
 589         bFound = false;
 590         for (j = 0; j < d->n && !bFound; ++j)
 591         {
 592             if (d->m[j].bRegExp)
 593             {
 594 #ifdef USE_REGEX
 595                 /* This branch should only be taken if regular expressions
 596                  * are available, but the ifdef is still needed. */
 597                 bFound = (regexec(&d->m[j].u.r, d->v[i], 0, NULL, 0) == 0);
 598 #endif
 599             }
 600             else if (d->matchType == gmx::eStringMatchType_Exact)
 601             {
 602                 bFound = (strcmp(d->m[j].u.s, d->v[i]) == 0);
 603             }
 604             else
 605             {
 606                 bFound = (gmx_wcmatch(d->m[j].u.s, d->v[i]) == 0);
 607             }
 608         }
 609         if (bFound)
 610         {
 611             out->u.g->index[out->u.g->isize++] = g->index[i];
 612         }
 613     }
 614 }
 615
 616
 617 /********************************************************************
 618  * KEYWORD EVALUATION FOR ARBITRARY GROUPS
 619  ********************************************************************/
 620
 621 /*!
 622  * \param[in] top   Not used.
 623  * \param[in] npar  Not used.
 624  * \param[in] param Not used.
 625  * \param[in] data  Should point to \ref t_methoddata_kweval.
 626  * \returns   0 on success, a non-zero error code on return.
 627  *
 628  * Calls the initialization method of the wrapped keyword.
 629  */
 630 static void
 631 init_kweval(t_topology *top, int npar, gmx_ana_selparam_t *param, void *data)
 632 {
 633     t_methoddata_kweval *d = (t_methoddata_kweval *)data;
 634
 635     d->kwmethod->init(top, 0, NULL, d->kwmdata);
 636 }
 637
 638 /*!
 639  * \param[in]     top   Not used.
 640  * \param[in,out] out   Pointer to output data structure.
 641  * \param[in,out] data  Should point to \c t_methoddata_kweval.
 642  * \returns       0 for success.
 643  */
 644 static void
 645 init_output_kweval(t_topology *top, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 646 {
 647     t_methoddata_kweval *d = (t_methoddata_kweval *)data;
 648
 649     out->nr = d->g.isize;
 650 }
 651
 652 /*!
 653  * \param data Data to free (should point to a \c t_methoddata_kweval).
 654  *
 655  * Frees the memory allocated for all the members of \c t_methoddata_kweval.
 656  */
 657 static void
 658 free_data_kweval(void *data)
 659 {
 660     t_methoddata_kweval *d = (t_methoddata_kweval *)data;
 661
 662     _gmx_selelem_free_method(d->kwmethod, d->kwmdata);
 663 }
 664
 665 /*!
 666  * \param[in]  top  Topology.
 667  * \param[in]  fr   Current frame.
 668  * \param[in]  pbc  PBC structure.
 669  * \param      data Should point to a \ref t_methoddata_kweval.
 670  * \returns    0 on success, a non-zero error code on error.
 671  *
 672  * Creates a lookup structure that enables fast queries of whether a point
 673  * is within the solid angle or not.
 674  */
 675 static void
 676 init_frame_kweval(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc, void *data)
 677 {
 678     t_methoddata_kweval *d = (t_methoddata_kweval *)data;
 679
 680     d->kwmethod->init_frame(top, fr, pbc, d->kwmdata);
 681 }
 682
 683 /*!
 684  * See sel_updatefunc() for description of the parameters.
 685  * \p data should point to a \c t_methoddata_kweval.
 686  *
 687  * Calls the evaluation function of the wrapped keyword with the given
 688  * parameters, with the exception of using \c t_methoddata_kweval::g for the
 689  * evaluation group.
 690  */
 691 static void
 692 evaluate_kweval(t_topology *top, t_trxframe *fr, t_pbc *pbc,
 693                 gmx_ana_index_t *g, gmx_ana_selvalue_t *out, void *data)
 694 {
 695     t_methoddata_kweval *d = (t_methoddata_kweval *)data;
 696
 697     d->kwmethod->update(top, fr, pbc, &d->g, out, d->kwmdata);
 698 }
 699
 700 /*!
 701  * \param[in]   method  Keyword selection method to evaluate.
 702  * \param[in]   params  Parameter that gives the group to evaluate \p method in.
 703  * \param[in]   scanner Scanner data structure.
 704  * \returns     Pointer to the created selection element (NULL on error).
 705  *
 706  * Creates a \ref SEL_EXPRESSION selection element that evaluates the keyword
 707  * method given by \p method in the group given by \p param.
 708  *
 709  * The name of \p param should be empty.
 710  */
 711 gmx::SelectionTreeElementPointer
 712 _gmx_sel_init_keyword_evaluator(gmx_ana_selmethod_t *method,
 713                                 const gmx::SelectionParserParameterList &params,
 714                                 void *scanner)
 715 {
 716     gmx::MessageStringCollector *errors = _gmx_sel_lexer_error_reporter(scanner);
 717     char  buf[1024];
 718     sprintf(buf, "In evaluation of '%s'", method->name);
 719     gmx::MessageStringContext   context(errors, buf);
 720
 721     if ((method->flags & (SMETH_SINGLEVAL | SMETH_VARNUMVAL))
 722         || method->outinit || method->pupdate)
 723     {
 724         GMX_THROW(gmx::InternalError(
 725                 "Unsupported keyword method for arbitrary group evaluation"));
 726     }
 727
 728     gmx::SelectionTreeElementPointer sel(
 729             new gmx::SelectionTreeElement(SEL_EXPRESSION));
 730     _gmx_selelem_set_method(sel, method, scanner);
 731
 732     t_methoddata_kweval  *data;
 733     snew(data, 1);
 734     data->kwmethod = sel->u.expr.method;
 735     data->kwmdata  = sel->u.expr.mdata;
 736     gmx_ana_index_clear(&data->g);
 737
 738     snew(sel->u.expr.method, 1);
 739     memcpy(sel->u.expr.method, data->kwmethod, sizeof(gmx_ana_selmethod_t));
 740     sel->u.expr.method->flags       |= SMETH_VARNUMVAL;
 741     sel->u.expr.method->init_data    = NULL;
 742     sel->u.expr.method->set_poscoll  = NULL;
 743     sel->u.expr.method->init         = method->init ? &init_kweval : NULL;
 744     sel->u.expr.method->outinit      = &init_output_kweval;
 745     sel->u.expr.method->free         = &free_data_kweval;
 746     sel->u.expr.method->init_frame   = method->init_frame ? &init_frame_kweval : NULL;
 747     sel->u.expr.method->update       = &evaluate_kweval;
 748     sel->u.expr.method->pupdate      = NULL;
 749     sel->u.expr.method->nparams      = asize(smparams_kweval);
 750     sel->u.expr.method->param        = smparams_kweval;
 751     _gmx_selelem_init_method_params(sel, scanner);
 752     sel->u.expr.mdata = data;
 753
 754     sel->u.expr.method->param[0].val.u.g = &data->g;
 755
 756     if (!_gmx_sel_parse_params(params, sel->u.expr.method->nparams,
 757                                sel->u.expr.method->param, sel, scanner))
 758     {
 759         return gmx::SelectionTreeElementPointer();
 760     }
 761     return sel;
 762 }