src/gromacs/selection/selvalue.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2012,2013,2014 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2017,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements functions in selvalue.h.
  39  *
  40  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  41  * \ingroup module_selection
  42  */
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "selvalue.h"
  46
  47 #include "gromacs/selection/indexutil.h"
  48 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51 #include "position.h"
  52
  53 void _gmx_selvalue_clear(gmx_ana_selvalue_t* val)
  54 {
  55     val->nr     = 0;
  56     val->u.ptr  = nullptr;
  57     val->nalloc = 0;
  58 }
  59
  60 void _gmx_selvalue_free(gmx_ana_selvalue_t* val)
  61 {
  62     if (val->nalloc > 0)
  63     {
  64         if (val->type == POS_VALUE)
  65         {
  66             delete[] val->u.p;
  67         }
  68         else
  69         {
  70             sfree(val->u.ptr);
  71         }
  72     }
  73     // TODO: It causes a memory leak somewhere if val->nr is assigned zero here...
  74     val->u.ptr  = nullptr;
  75     val->nalloc = 0;
  76 }
  77
  78 void _gmx_selvalue_reserve(gmx_ana_selvalue_t* val, int n)
  79 {
  80     int i;
  81
  82     if (val->nalloc == -1)
  83     {
  84         return;
  85     }
  86
  87     if (!val->u.ptr || val->nalloc < n)
  88     {
  89         switch (val->type)
  90         {
  91             case INT_VALUE: srenew(val->u.i, n); break;
  92             case REAL_VALUE: srenew(val->u.r, n); break;
  93             case STR_VALUE:
  94                 srenew(val->u.s, n);
  95                 for (i = val->nalloc; i < n; ++i)
  96                 {
  97                     val->u.s[i] = nullptr;
  98                 }
  99                 break;
 100             case POS_VALUE:
 101                 GMX_RELEASE_ASSERT(val->u.ptr == nullptr,
 102                                    "Reallocation of position values not supported");
 103                 val->u.p = new gmx_ana_pos_t[n];
 104                 break;
 105             case GROUP_VALUE:
 106                 srenew(val->u.g, n);
 107                 for (i = val->nalloc; i < n; ++i)
 108                 {
 109                     gmx_ana_index_clear(&val->u.g[i]);
 110                 }
 111                 break;
 112             case NO_VALUE: break;
 113         }
 114         val->nalloc = n;
 115     }
 116 }
 117
 118 void _gmx_selvalue_getstore_and_release(gmx_ana_selvalue_t* val, void** ptr, int* nalloc)
 119 {
 120     *ptr        = val->u.ptr;
 121     *nalloc     = val->nalloc;
 122     val->u.ptr  = nullptr;
 123     val->nalloc = 0;
 124 }
 125
 126 void _gmx_selvalue_setstore(gmx_ana_selvalue_t* val, void* ptr)
 127 {
 128     GMX_ASSERT(val->nalloc <= 0, "Memory leak from discarding an existing value");
 129     val->u.ptr  = ptr;
 130     val->nalloc = (ptr ? -1 : 0);
 131 }
 132
 133 void _gmx_selvalue_setstore_alloc(gmx_ana_selvalue_t* val, void* ptr, int nalloc)
 134 {
 135     GMX_ASSERT(val->nalloc <= 0 || (ptr == val->u.ptr && nalloc == val->nalloc),
 136                "Memory leak from discarding an existing value");
 137     val->u.ptr  = ptr;
 138     val->nalloc = nalloc;
 139 }