src/gromacs/selection/selvalue.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2012,2013,2014,2017,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements functions in selvalue.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "selvalue.h"
  45
  46 #include "gromacs/selection/indexutil.h"
  47 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 #include "position.h"
  51
  52 void _gmx_selvalue_clear(gmx_ana_selvalue_t* val)
  53 {
  54     val->nr     = 0;
  55     val->u.ptr  = nullptr;
  56     val->nalloc = 0;
  57 }
  58
  59 void _gmx_selvalue_free(gmx_ana_selvalue_t* val)
  60 {
  61     if (val->nalloc > 0)
  62     {
  63         if (val->type == POS_VALUE)
  64         {
  65             delete[] val->u.p;
  66         }
  67         else
  68         {
  69             sfree(val->u.ptr);
  70         }
  71     }
  72     // TODO: It causes a memory leak somewhere if val->nr is assigned zero here...
  73     val->u.ptr  = nullptr;
  74     val->nalloc = 0;
  75 }
  76
  77 void _gmx_selvalue_reserve(gmx_ana_selvalue_t* val, int n)
  78 {
  79     int i;
  80
  81     if (val->nalloc == -1)
  82     {
  83         return;
  84     }
  85
  86     if (!val->u.ptr || val->nalloc < n)
  87     {
  88         switch (val->type)
  89         {
  90             case INT_VALUE: srenew(val->u.i, n); break;
  91             case REAL_VALUE: srenew(val->u.r, n); break;
  92             case STR_VALUE:
  93                 srenew(val->u.s, n);
  94                 for (i = val->nalloc; i < n; ++i)
  95                 {
  96                     val->u.s[i] = nullptr;
  97                 }
  98                 break;
  99             case POS_VALUE:
 100                 GMX_RELEASE_ASSERT(val->u.ptr == nullptr,
 101                                    "Reallocation of position values not supported");
 102                 val->u.p = new gmx_ana_pos_t[n];
 103                 break;
 104             case GROUP_VALUE:
 105                 srenew(val->u.g, n);
 106                 for (i = val->nalloc; i < n; ++i)
 107                 {
 108                     gmx_ana_index_clear(&val->u.g[i]);
 109                 }
 110                 break;
 111             case NO_VALUE: break;
 112         }
 113         val->nalloc = n;
 114     }
 115 }
 116
 117 void _gmx_selvalue_getstore_and_release(gmx_ana_selvalue_t* val, void** ptr, int* nalloc)
 118 {
 119     *ptr        = val->u.ptr;
 120     *nalloc     = val->nalloc;
 121     val->u.ptr  = nullptr;
 122     val->nalloc = 0;
 123 }
 124
 125 void _gmx_selvalue_setstore(gmx_ana_selvalue_t* val, void* ptr)
 126 {
 127     GMX_ASSERT(val->nalloc <= 0, "Memory leak from discarding an existing value");
 128     val->u.ptr  = ptr;
 129     val->nalloc = (ptr ? -1 : 0);
 130 }
 131
 132 void _gmx_selvalue_setstore_alloc(gmx_ana_selvalue_t* val, void* ptr, int nalloc)
 133 {
 134     GMX_ASSERT(val->nalloc <= 0 || (ptr == val->u.ptr && nalloc == val->nalloc),
 135                "Memory leak from discarding an existing value");
 136     val->u.ptr  = ptr;
 137     val->nalloc = nalloc;
 138 }