src/gromacs/selection/selectionoptionmanager.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \file
  36  * \brief
  37  * Declares gmx::SelectionOptionManager.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \inpublicapi
  41  * \ingroup module_selection
  42  */
  43 #ifndef GMX_SELECTION_SELECTIONOPTIONMANAGER_H
  44 #define GMX_SELECTION_SELECTIONOPTIONMANAGER_H
  45
  46 #include <string>
  47
  48 #include "../utility/common.h"
  49
  50 namespace gmx
  51 {
  52
  53 class Options;
  54 class SelectionCollection;
  55 class SelectionOptionStorage;
  56
  57 /*! \brief
  58  * Handles interaction of selection options with other options and user input.
  59  *
  60  * This class implements interaction of SelectionOption with
  61  * SelectionCollection, and also implements features of SelectionOption that
  62  * require actions outside options parsing.
  63  * It also implements the coupling between SelectionOption and
  64  * SelectionFileOption.
  65  *
  66  * The main features of this class are:
  67  *  - convertOptionValue(), which is used to convert string values into
  68  *    selections for options.
  69  *  - requestOptionDelayedParsing(), which is called by the internal
  70  *    implementation of selection options when an option is provided on the
  71  *    command line without a value.  Such calls are remembered, and the value
  72  *    for all requested options can be later provided by calling one of
  73  *    parseRequestedFromStdin(), parseRequestedFromFile() or
  74  *    parseRequstedFromString().
  75  *
  76  * \see setManagerForSelectionOptions()
  77  *
  78  * \inpublicapi
  79  * \ingroup module_selection
  80  */
  81 class SelectionOptionManager
  82 {
  83     public:
  84         /*! \brief
  85          * Creates a manager for selection options.
  86          *
  87          * \throws  std::bad_alloc if out of memory.
  88          */
  89         explicit SelectionOptionManager(SelectionCollection *selections);
  90         ~SelectionOptionManager();
  91
  92         /*! \brief
  93          * Adds a selection option to be managed.
  94          *
  95          * \param     storage  Storage object for the option to register.
  96          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
  97          *
  98          * This is only for internal use by the selection module.
  99          * It is not possible to obtain a SelectionOptionStorage pointer
 100          * through any public or library API.
 101          *
 102          * Strong exception safety.
 103          */
 104         void registerOption(SelectionOptionStorage *storage);
 105         /*! \brief
 106          * Converts a string value to selections for an option.
 107          *
 108          * \param     storage  Storage object to receive the selections.
 109          * \param[in] value    Value to convert.
 110          * \param[in] bFullValue  If true, the provided selections are the full
 111          *      value of the option, and additional checks are performed.
 112          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 113          * \throws    InvalidInputError if the selection string is not valid,
 114          *      or uses a feature not supported by the option.
 115          *
 116          * This is only for internal use by the selection module.
 117          * It is not possible to obtain a SelectionOptionStorage pointer
 118          * through any public or library API.
 119          */
 120         void convertOptionValue(SelectionOptionStorage *storage,
 121                                 const std::string      &value,
 122                                 bool                    bFullValue);
 123         /*! \brief
 124          * Adds a selection option for delayed user input.
 125          *
 126          * \param     storage  Storage object for the option to request.
 127          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
 128          *
 129          * This is only for internal use by the selection module.
 130          * It is not possible to obtain a SelectionOptionStorage pointer
 131          * through any public or library API.
 132          *
 133          * Strong exception safety.
 134          */
 135         void requestOptionDelayedParsing(SelectionOptionStorage *storage);
 136
 137         /*! \brief
 138          * Parses selection(s) from standard input for options not yet
 139          * provided.
 140          *
 141          * \param[in]  bInteractive Whether the parser should behave
 142          *      interactively.
 143          * \throws     unspecified  Can throw any exception thrown by
 144          *      SelectionCollection::parseFromStdin().
 145          * \throws     std::bad_alloc if out of memory.
 146          *
 147          * This method cooperates with SelectionOption to allow interactive
 148          * input of requested selections after all options have been processed.
 149          * It should be called after the Options::finish() method has been
 150          * called on all options that add selections to this collection.
 151          * For each required selection option that has not been given, as well
 152          * as for optional selection options that have been specified without
 153          * values, it will prompt the user to input the necessary selections.
 154          */
 155         void parseRequestedFromStdin(bool bInteractive);
 156         /*! \brief
 157          * Parses selection(s) from a file for options not yet provided.
 158          *
 159          * \param[in]  filename Name of the file to parse selections from.
 160          * \throws     unspecified  Can throw any exception thrown by
 161          *      SelectionCollection::parseFromFile().
 162          * \throws     std::bad_alloc if out of memory.
 163          * \throws     InvalidInputError if
 164          *      - the number of selections in \p filename doesn't match the
 165          *        number requested.
 166          *      - any selection uses a feature that is not allowed for the
 167          *        corresponding option.
 168          *      - if there is a request for any number of selections that is
 169          *        not the last (in which case it is not possible to determine
 170          *        which selections belong to which request).
 171          *
 172          * This method behaves as parseRequestedFromStdin(), with two
 173          * exceptions:
 174          *  -# It reads the selections from a file instead of standard input.
 175          *  -# If no requests are pending, assigns values to all required
 176          *     options that have not yet been set.
 177          *
 178          * This method used to implement SelectionFileOption.
 179          *
 180          * \see parseRequestedFromStdin()
 181          */
 182         void parseRequestedFromFile(const std::string &filename);
 183         /*! \brief
 184          * Parses selection(s) from a string for options not yet provided.
 185          *
 186          * \param[in]  str     String to parse.
 187          * \throws     unspecified  Can throw any exception thrown by
 188          *      SelectionCollection::parseFromString().
 189          * \throws     std::bad_alloc if out of memory.
 190          * \throws     InvalidInputError in same conditions as
 191          *      parseRequestedFromFile().
 192          *
 193          * This method behaves as parseRequestedFromFile(), but reads the
 194          * selections from a string instead of a file.
 195          * This method is mainly used for testing.
 196          *
 197          * \see parseRequestedFromFile()
 198          */
 199         void parseRequestedFromString(const std::string &str);
 200
 201     private:
 202         class Impl;
 203
 204         PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 205
 206         /*! \brief
 207          * Needed for handling delayed selection parsing requests.
 208          */
 209         friend class SelectionOptionStorage;
 210 };
 211
 212 /*! \brief
 213  * Set manager for all selection options.
 214  *
 215  * Recursively sets the manager to \p manager for all selection options in
 216  * \p options.
 217  * Must be called before value assignment starts for \p options.
 218  *
 219  * Does not throw.
 220  *
 221  * \inpublicapi
 222  */
 223 void setManagerForSelectionOptions(Options                *options,
 224                                    SelectionOptionManager *manager);
 225
 226 } // namespace gmx
 227
 228 #endif