src/gromacs/selection/selection.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   6  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
   7  * directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in selection.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "selection.h"
  43
  44 #include "nbsearch.h"
  45 #include "position.h"
  46 #include "selelem.h"
  47 #include "selvalue.h"
  48
  49 namespace gmx
  50 {
  51
  52 namespace internal
  53 {
  54
  55 /********************************************************************
  56  * SelectionData
  57  */
  58
  59 SelectionData::SelectionData(SelectionTreeElement *elem,
  60                              const char           *selstr)
  61     : name_(elem->name()), selectionText_(selstr),
  62       rootElement_(*elem), coveredFractionType_(CFRAC_NONE),
  63       coveredFraction_(1.0), averageCoveredFraction_(1.0),
  64       bDynamic_(false), bDynamicCoveredFraction_(false)
  65 {
  66     gmx_ana_pos_clear(&rawPositions_);
  67
  68     if (elem->child->type == SEL_CONST)
  69     {
  70         // TODO: This is not exception-safe if any called function throws.
  71         gmx_ana_pos_copy(&rawPositions_, elem->child->v.u.p, true);
  72     }
  73     else
  74     {
  75         SelectionTreeElementPointer child = elem->child;
  76         child->flags     &= ~SEL_ALLOCVAL;
  77         _gmx_selvalue_setstore(&child->v, &rawPositions_);
  78         /* We should also skip any modifiers to determine the dynamic
  79          * status. */
  80         while (child->type == SEL_MODIFIER)
  81         {
  82             child = child->child;
  83             if (child->type == SEL_SUBEXPRREF)
  84             {
  85                 child = child->child;
  86                 /* Because most subexpression elements are created
  87                  * during compilation, we need to check for them
  88                  * explicitly here.
  89                  */
  90                 if (child->type == SEL_SUBEXPR)
  91                 {
  92                     child = child->child;
  93                 }
  94             }
  95         }
  96         /* For variable references, we should skip the
  97          * SEL_SUBEXPRREF and SEL_SUBEXPR elements. */
  98         if (child->type == SEL_SUBEXPRREF)
  99         {
 100             child = child->child->child;
 101         }
 102         bDynamic_ = (child->child->flags & SEL_DYNAMIC);
 103     }
 104     initCoveredFraction(CFRAC_NONE);
 105 }
 106
 107
 108 SelectionData::~SelectionData()
 109 {
 110     gmx_ana_pos_deinit(&rawPositions_);
 111 }
 112
 113
 114 bool
 115 SelectionData::initCoveredFraction(e_coverfrac_t type)
 116 {
 117     coveredFractionType_ = type;
 118     if (type == CFRAC_NONE)
 119     {
 120         bDynamicCoveredFraction_ = false;
 121     }
 122     else if (!_gmx_selelem_can_estimate_cover(rootElement()))
 123     {
 124         coveredFractionType_     = CFRAC_NONE;
 125         bDynamicCoveredFraction_ = false;
 126     }
 127     else
 128     {
 129         bDynamicCoveredFraction_ = true;
 130     }
 131     coveredFraction_        = bDynamicCoveredFraction_ ? 0.0 : 1.0;
 132     averageCoveredFraction_ = coveredFraction_;
 133     return type == CFRAC_NONE || coveredFractionType_ != CFRAC_NONE;
 134 }
 135
 136 namespace
 137 {
 138
 139 /*! \brief
 140  * Helper function to compute total masses and charges for positions.
 141  *
 142  * \param[in]  top     Topology to take atom masses from.
 143  * \param[in]  pos     Positions to compute masses and charges for.
 144  * \param[out] masses  Output masses.
 145  * \param[out] charges Output charges.
 146  *
 147  * Does not throw if enough space has been reserved for the output vectors.
 148  */
 149 void computeMassesAndCharges(const t_topology *top, const gmx_ana_pos_t &pos,
 150                              std::vector<real> *masses,
 151                              std::vector<real> *charges)
 152 {
 153     GMX_ASSERT(top != NULL, "Should not have been called with NULL topology");
 154     masses->clear();
 155     charges->clear();
 156     for (int b = 0; b < pos.nr; ++b)
 157     {
 158         real mass   = 0.0;
 159         real charge = 0.0;
 160         for (int i = pos.m.mapb.index[b]; i < pos.m.mapb.index[b+1]; ++i)
 161         {
 162             int index = pos.g->index[i];
 163             mass   += top->atoms.atom[index].m;
 164             charge += top->atoms.atom[index].q;
 165         }
 166         masses->push_back(mass);
 167         charges->push_back(charge);
 168     }
 169 }
 170
 171 }       // namespace
 172
 173 void
 174 SelectionData::refreshName()
 175 {
 176     rootElement_.fillNameIfMissing(selectionText_.c_str());
 177     name_ = rootElement_.name();
 178 }
 179
 180 void
 181 SelectionData::initializeMassesAndCharges(const t_topology *top)
 182 {
 183     GMX_ASSERT(posMass_.empty() && posCharge_.empty(),
 184                "Should not be called more than once");
 185     posMass_.reserve(posCount());
 186     posCharge_.reserve(posCount());
 187     if (top == NULL)
 188     {
 189         posMass_.resize(posCount(), 1.0);
 190         posCharge_.resize(posCount(), 0.0);
 191     }
 192     else
 193     {
 194         computeMassesAndCharges(top, rawPositions_, &posMass_, &posCharge_);
 195     }
 196 }
 197
 198
 199 void
 200 SelectionData::refreshMassesAndCharges(const t_topology *top)
 201 {
 202     if (top != NULL && isDynamic() && !hasFlag(efSelection_DynamicMask))
 203     {
 204         computeMassesAndCharges(top, rawPositions_, &posMass_, &posCharge_);
 205     }
 206 }
 207
 208
 209 void
 210 SelectionData::updateCoveredFractionForFrame()
 211 {
 212     if (isCoveredFractionDynamic())
 213     {
 214         real cfrac = _gmx_selelem_estimate_coverfrac(rootElement());
 215         coveredFraction_         = cfrac;
 216         averageCoveredFraction_ += cfrac;
 217     }
 218 }
 219
 220
 221 void
 222 SelectionData::computeAverageCoveredFraction(int nframes)
 223 {
 224     if (isCoveredFractionDynamic() && nframes > 0)
 225     {
 226         averageCoveredFraction_ /= nframes;
 227     }
 228 }
 229
 230
 231 void
 232 SelectionData::restoreOriginalPositions(const t_topology *top)
 233 {
 234     if (isDynamic())
 235     {
 236         gmx_ana_pos_t &p = rawPositions_;
 237         gmx_ana_index_copy(p.g, rootElement().v.u.g, false);
 238         gmx_ana_indexmap_update(&p.m, p.g, hasFlag(gmx::efSelection_DynamicMask));
 239         p.nr = p.m.nr;
 240         refreshMassesAndCharges(top);
 241     }
 242 }
 243
 244 }   // namespace internal
 245
 246 /********************************************************************
 247  * Selection
 248  */
 249
 250 Selection::operator AnalysisNeighborhoodPositions() const
 251 {
 252     return AnalysisNeighborhoodPositions(data().rawPositions_.x,
 253                                          data().rawPositions_.nr);
 254 }
 255
 256
 257 void
 258 Selection::printInfo(FILE *fp) const
 259 {
 260     fprintf(fp, "\"%s\" (%d position%s, %d atom%s%s)", name(),
 261             posCount(),  posCount()  == 1 ? "" : "s",
 262             atomCount(), atomCount() == 1 ? "" : "s",
 263             isDynamic() ? ", dynamic" : "");
 264     fprintf(fp, "\n");
 265 }
 266
 267
 268 void
 269 Selection::printDebugInfo(FILE *fp, int nmaxind) const
 270 {
 271     const gmx_ana_pos_t &p = data().rawPositions_;
 272
 273     fprintf(fp, "  ");
 274     printInfo(fp);
 275     fprintf(fp, "    Group ");
 276     gmx_ana_index_dump(fp, p.g, nmaxind);
 277
 278     fprintf(fp, "    Block (size=%d):", p.m.mapb.nr);
 279     if (!p.m.mapb.index)
 280     {
 281         fprintf(fp, " (null)");
 282     }
 283     else
 284     {
 285         int n = p.m.mapb.nr;
 286         if (nmaxind >= 0 && n > nmaxind)
 287         {
 288             n = nmaxind;
 289         }
 290         for (int i = 0; i <= n; ++i)
 291         {
 292             fprintf(fp, " %d", p.m.mapb.index[i]);
 293         }
 294         if (n < p.m.mapb.nr)
 295         {
 296             fprintf(fp, " ...");
 297         }
 298     }
 299     fprintf(fp, "\n");
 300
 301     int n = posCount();
 302     if (nmaxind >= 0 && n > nmaxind)
 303     {
 304         n = nmaxind;
 305     }
 306     fprintf(fp, "    RefId:");
 307     if (!p.m.refid)
 308     {
 309         fprintf(fp, " (null)");
 310     }
 311     else
 312     {
 313         for (int i = 0; i < n; ++i)
 314         {
 315             fprintf(fp, " %d", p.m.refid[i]);
 316         }
 317         if (n < posCount())
 318         {
 319             fprintf(fp, " ...");
 320         }
 321     }
 322     fprintf(fp, "\n");
 323
 324     fprintf(fp, "    MapId:");
 325     if (!p.m.mapid)
 326     {
 327         fprintf(fp, " (null)");
 328     }
 329     else
 330     {
 331         for (int i = 0; i < n; ++i)
 332         {
 333             fprintf(fp, " %d", p.m.mapid[i]);
 334         }
 335         if (n < posCount())
 336         {
 337             fprintf(fp, " ...");
 338         }
 339     }
 340     fprintf(fp, "\n");
 341 }
 342
 343
 344 /********************************************************************
 345  * SelectionPosition
 346  */
 347
 348 SelectionPosition::operator AnalysisNeighborhoodPositions() const
 349 {
 350     return AnalysisNeighborhoodPositions(sel_->rawPositions_.x,
 351                                          sel_->rawPositions_.nr)
 352                .selectSingleFromArray(i_);
 353 }
 354
 355 } // namespace gmx