src/gromacs/restraint/manager.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief Implement the restraint manager.
  38  *
  39  * \author M. Eric Irrgang <ericirrgang@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_restraint
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "manager.h"
  47
  48 #include <iostream>
  49 #include <map>
  50 #include <memory>
  51 #include <mutex>
  52 #include <vector>
  53
  54 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58
  59 /*! \internal
  60  * \brief Implementation class for restraint manager.
  61  */
  62 class RestraintManager::Impl
  63 {
  64     public:
  65
  66         /*!
  67          * \brief Implement Manager::addToSpec()
  68          *
  69          * \param restraint Handle to be added to the manager.
  70          * \param name Identifying string for restraint.
  71          */
  72         void add(std::shared_ptr<::gmx::IRestraintPotential> restraint, const std::string &name);
  73
  74         /*!
  75          * \brief Clear registered restraints and reset the manager.
  76          */
  77         void clear() noexcept;
  78
  79         /*!
  80          * \brief The list of configured restraints.
  81          *
  82          * Clients can extend the life of a restraint implementation object that
  83          * is being used by holding the shared_ptr handle. A RestraintManager::Impl is logically
  84          * const when its owning Manager is logically const, but the Manager can still
  85          * grant access to individual restraints.
  86          */
  87         std::vector< std::shared_ptr<::gmx::IRestraintPotential> > restraint_;
  88
  89     private:
  90         //! Regulate initialization of the shared resource when (re)initialized.
  91         static std::mutex initializationMutex_;
  92
  93 };
  94
  95 // Initialize static members
  96 std::mutex RestraintManager::Impl::initializationMutex_ {};
  97
  98
  99 void RestraintManager::Impl::add(std::shared_ptr<::gmx::IRestraintPotential> restraint, const std::string &name)
 100 {
 101     (void)name;
 102     restraint_.emplace_back(std::move(restraint));
 103 }
 104
 105 RestraintManager::RestraintManager() : instance_(std::make_shared<RestraintManager::Impl>()) {};
 106
 107 RestraintManager::~RestraintManager() = default;
 108
 109 void RestraintManager::Impl::clear() noexcept
 110 {
 111     std::lock_guard<std::mutex> lock(initializationMutex_);
 112     restraint_.resize(0);
 113 }
 114
 115 void RestraintManager::clear() noexcept
 116 {
 117     GMX_ASSERT(instance_, "instance_ member should never be null.");
 118     instance_->clear();
 119 }
 120
 121 void RestraintManager::addToSpec(std::shared_ptr<gmx::IRestraintPotential> puller,
 122                                  const std::string                        &name)
 123 {
 124     instance_->add(std::move(puller), name);
 125 }
 126
 127 std::vector< std::shared_ptr<IRestraintPotential> > RestraintManager::getRestraints() const
 128 {
 129     return instance_->restraint_;
 130 }
 131
 132 unsigned long RestraintManager::countRestraints() noexcept
 133 {
 134     return instance_->restraint_.size();
 135 }
 136
 137 } // end namespace gmx