src/gromacs/pulling/output.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 /*! \libinternal \file
  39  *
  40  * \brief
  41  * This file declares functions for pull output writing.
  42  *
  43  * \author Berk Hess
  44  *
  45  * \inlibraryapi
  46  */
  47
  48 #ifndef GMX_PULLING_OUTPUT_H
  49 #define GMX_PULLING_OUTPUT_H
  50
  51 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  52
  53 struct pull_t;
  54 struct gmx_output_env_t;
  55 struct ObservablesHistory;
  56 struct t_filenm;
  57
  58 namespace gmx
  59 {
  60 enum class StartingBehavior;
  61 }
  62
  63 /*! \brief Set up and open the pull output files, when requested.
  64  *
  65  * NOTE: This should only be called on the master rank and only when
  66  *       doing dynamics (e.g. not with energy minimization).
  67  *
  68  * \param pull        The pull work data struct
  69  * \param nfile       Number of files.
  70  * \param fnm         Standard filename struct.
  71  * \param oenv        Output options.
  72  * \param startingBehavior  Describes whether this is a restart appending to output files
  73  */
  74 void init_pull_output_files(pull_t*                 pull,
  75                             int                     nfile,
  76                             const t_filenm          fnm[],
  77                             const gmx_output_env_t* oenv,
  78                             gmx::StartingBehavior   startingBehavior);
  79
  80 /*! \brief Print the pull output (x and/or f)
  81  *
  82  * \param pull     The pull data structure.
  83  * \param step     Time step number.
  84  * \param time     Time.
  85  */
  86 void pull_print_output(pull_t* pull, int64_t step, double time);
  87
  88 /*! \brief Allocate and initialize pull work history (for average pull output) and set it in a pull work struct
  89  *
  90  * \param pull                The pull work struct
  91  * \param observablesHistory  Container of history data, e.g., pull history.
  92  */
  93 void initPullHistory(pull_t* pull, ObservablesHistory* observablesHistory);
  94
  95 #endif