src/gromacs/pulling/output.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 /*! \libinternal \file
  40  *
  41  * \brief
  42  * This file declares functions for pull output writing.
  43  *
  44  * \author Berk Hess
  45  *
  46  * \inlibraryapi
  47  */
  48
  49 #ifndef GMX_PULLING_OUTPUT_H
  50 #define GMX_PULLING_OUTPUT_H
  51
  52 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  53
  54 struct pull_t;
  55 struct gmx_output_env_t;
  56 struct ObservablesHistory;
  57 struct t_filenm;
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61 enum class StartingBehavior;
  62 }
  63
  64 /*! \brief Set up and open the pull output files, when requested.
  65  *
  66  * NOTE: This should only be called on the master rank and only when
  67  *       doing dynamics (e.g. not with energy minimization).
  68  *
  69  * \param pull        The pull work data struct
  70  * \param nfile       Number of files.
  71  * \param fnm         Standard filename struct.
  72  * \param oenv        Output options.
  73  * \param startingBehavior  Describes whether this is a restart appending to output files
  74  */
  75 void init_pull_output_files(pull_t*                 pull,
  76                             int                     nfile,
  77                             const t_filenm          fnm[],
  78                             const gmx_output_env_t* oenv,
  79                             gmx::StartingBehavior   startingBehavior);
  80
  81 /*! \brief Print the pull output (x and/or f)
  82  *
  83  * \param pull     The pull data structure.
  84  * \param step     Time step number.
  85  * \param time     Time.
  86  */
  87 void pull_print_output(pull_t* pull, int64_t step, double time);
  88
  89 /*! \brief Allocate and initialize pull work history (for average pull output) and set it in a pull work struct
  90  *
  91  * \param pull                The pull work struct
  92  * \param observablesHistory  Container of history data, e.g., pull history.
  93  */
  94 void initPullHistory(pull_t* pull, ObservablesHistory* observablesHistory);
  95
  96 #endif