src/gromacs/pbcutil/boxutilities.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements routines in boxutilities.h.
  38  *
  39  * Utility functions for handling boxes.
  40  */
  41 #include "gmxpre.h"
  42
  43 #include "boxutilities.h"
  44
  45 #include <cmath>
  46
  47 #include <algorithm>
  48
  49 #include "gromacs/math/vec.h"
  50 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  54 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  55 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  56 #include "gromacs/utility/real.h"
  57
  58 /*! \brief Change box components to preserve the relative box shape
  59  *
  60  * Change box components to box[XX][XX]*box_rel to preserve the relative box shape
  61  */
  62 static void do_box_rel(const t_inputrec *ir, matrix box_rel,
  63                        matrix b, gmx_bool bInit)
  64 {
  65     int d, d2;
  66
  67     for (d = YY; d <= ZZ; d++)
  68     {
  69         for (d2 = XX; d2 <= (ir->epct == epctSEMIISOTROPIC ? YY : ZZ); d2++)
  70         {
  71             /* We need to check if this box component is deformed
  72              * or if deformation of another component might cause
  73              * changes in this component due to box corrections.
  74              */
  75             if (ir->deform[d][d2] == 0 &&
  76                 !(d == ZZ && d2 == XX && ir->deform[d][YY] != 0 &&
  77                   (b[YY][d2] != 0 || ir->deform[YY][d2] != 0)))
  78             {
  79                 if (bInit)
  80                 {
  81                     box_rel[d][d2] = b[d][d2]/b[XX][XX];
  82                 }
  83                 else
  84                 {
  85                     b[d][d2] = b[XX][XX]*box_rel[d][d2];
  86                 }
  87             }
  88         }
  89     }
  90 }
  91
  92 void preserve_box_shape(const t_inputrec *ir, matrix box_rel, matrix b)
  93 {
  94     if (inputrecPreserveShape(ir))
  95     {
  96         do_box_rel(ir, box_rel, b, FALSE);
  97     }
  98 }
  99
 100 void set_box_rel(const t_inputrec *ir, t_state *state)
 101 {
 102     /* Make sure the box obeys the restrictions before we fix the ratios */
 103     correct_box(NULL, 0, state->box, NULL);
 104
 105     clear_mat(state->box_rel);
 106
 107     if (inputrecPreserveShape(ir))
 108     {
 109         do_box_rel(ir, state->box_rel, state->box, TRUE);
 110     }
 111 }