src/gromacs/nbnxm/prunekerneldispatch.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  39 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  40 #include "gromacs/timing/wallcycle.h"
  41 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  42
  43 #include "clusterdistancekerneltype.h"
  44 #include "pairlistset.h"
  45 #include "pairlistsets.h"
  46 #include "kernels_reference/kernel_ref_prune.h"
  47 #include "kernels_simd_2xmm/kernel_prune.h"
  48 #include "kernels_simd_4xm/kernel_prune.h"
  49
  50 void PairlistSets::dispatchPruneKernel(const gmx::InteractionLocality iLocality,
  51                                        const nbnxn_atomdata_t*        nbat,
  52                                        const rvec*                    shift_vec)
  53 {
  54     pairlistSet(iLocality).dispatchPruneKernel(nbat, shift_vec);
  55 }
  56
  57 void PairlistSet::dispatchPruneKernel(const nbnxn_atomdata_t* nbat, const rvec* shift_vec)
  58 {
  59     const real rlistInner = params_.rlistInner;
  60
  61     GMX_ASSERT(cpuLists_[0].ciOuter.size() >= cpuLists_[0].ci.size(),
  62                "Here we should either have an empty ci list or ciOuter should be >= ci");
  63
  64     int gmx_unused nthreads = gmx_omp_nthreads_get(emntNonbonded);
  65     GMX_ASSERT(nthreads == static_cast<gmx::index>(cpuLists_.size()),
  66                "The number of threads should match the number of lists");
  67 #pragma omp parallel for schedule(static) num_threads(nthreads)
  68     for (int i = 0; i < nthreads; i++)
  69     {
  70         NbnxnPairlistCpu* nbl = &cpuLists_[i];
  71
  72         switch (getClusterDistanceKernelType(params_.pairlistType, *nbat))
  73         {
  74             case ClusterDistanceKernelType::CpuSimd_4xM:
  75                 nbnxn_kernel_prune_4xn(nbl, nbat, shift_vec, rlistInner);
  76                 break;
  77             case ClusterDistanceKernelType::CpuSimd_2xMM:
  78                 nbnxn_kernel_prune_2xnn(nbl, nbat, shift_vec, rlistInner);
  79                 break;
  80             case ClusterDistanceKernelType::CpuPlainC:
  81                 nbnxn_kernel_prune_ref(nbl, nbat, shift_vec, rlistInner);
  82                 break;
  83             default: GMX_RELEASE_ASSERT(false, "kernel type not handled (yet)");
  84         }
  85     }
  86 }
  87
  88 void nonbonded_verlet_t::dispatchPruneKernelCpu(const gmx::InteractionLocality iLocality, const rvec* shift_vec)
  89 {
  90     pairlistSets_->dispatchPruneKernel(iLocality, nbat.get(), shift_vec);
  91 }
  92
  93 void nonbonded_verlet_t::dispatchPruneKernelGpu(int64_t step)
  94 {
  95     wallcycle_start_nocount(wcycle_, ewcLAUNCH_GPU);
  96     wallcycle_sub_start_nocount(wcycle_, ewcsLAUNCH_GPU_NONBONDED);
  97
  98     const bool stepIsEven = (pairlistSets().numStepsWithPairlist(step) % 2 == 0);
  99
 100     Nbnxm::gpu_launch_kernel_pruneonly(
 101             gpu_nbv, stepIsEven ? gmx::InteractionLocality::Local : gmx::InteractionLocality::NonLocal,
 102             pairlistSets().params().numRollingPruningParts);
 103
 104     wallcycle_sub_stop(wcycle_, ewcsLAUNCH_GPU_NONBONDED);
 105     wallcycle_stop(wcycle_, ewcLAUNCH_GPU);
 106 }