src/gromacs/nbnxm/pairsearch.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements the PairSearch class
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup module_nbnxm
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairsearch.h"
  47
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49
  50 #include "pairlist.h"
  51
  52
  53 void SearchCycleCounting::printCycles(FILE* fp, gmx::ArrayRef<const PairsearchWork> work) const
  54 {
  55     fprintf(fp, "\n");
  56     fprintf(fp, "ns %4d grid %4.1f search %4.1f", cc_[enbsCCgrid].count(),
  57             cc_[enbsCCgrid].averageMCycles(), cc_[enbsCCsearch].averageMCycles());
  58
  59     if (work.size() > 1)
  60     {
  61         if (cc_[enbsCCcombine].count() > 0)
  62         {
  63             fprintf(fp, " comb %5.2f", cc_[enbsCCcombine].averageMCycles());
  64         }
  65         fprintf(fp, " s. th");
  66         for (const PairsearchWork& workEntry : work)
  67         {
  68             fprintf(fp, " %4.1f", workEntry.cycleCounter.averageMCycles());
  69         }
  70     }
  71     fprintf(fp, "\n");
  72 }
  73
  74 /*! \brief Frees the contents of a legacy t_nblist struct */
  75 static void free_nblist(t_nblist* nl)
  76 {
  77     sfree(nl->iinr);
  78     sfree(nl->gid);
  79     sfree(nl->shift);
  80     sfree(nl->jindex);
  81     sfree(nl->jjnr);
  82     sfree(nl->excl_fep);
  83 }
  84
  85 #ifndef DOXYGEN
  86
  87 PairsearchWork::PairsearchWork() :
  88     cp0({ { 0 } }),
  89     buffer_flags({ 0, nullptr, 0 }),
  90     ndistc(0),
  91     nbl_fep(new t_nblist),
  92     cp1({ { 0 } })
  93 {
  94     nbnxn_init_pairlist_fep(nbl_fep.get());
  95 }
  96
  97 #endif // !DOXYGEN
  98
  99 PairsearchWork::~PairsearchWork()
 100 {
 101     sfree(buffer_flags.flag);
 102
 103     free_nblist(nbl_fep.get());
 104 }
 105
 106 PairSearch::PairSearch(const int                 ePBC,
 107                        const bool                doTestParticleInsertion,
 108                        const ivec*               numDDCells,
 109                        const gmx_domdec_zones_t* ddZones,
 110                        const PairlistType        pairlistType,
 111                        const bool                haveFep,
 112                        const int                 maxNumThreads,
 113                        gmx::PinningPolicy        pinningPolicy) :
 114     gridSet_(ePBC, doTestParticleInsertion, numDDCells, ddZones, pairlistType, haveFep, maxNumThreads, pinningPolicy),
 115     work_(maxNumThreads)
 116 {
 117     cycleCounting_.recordCycles_ = (getenv("GMX_NBNXN_CYCLE") != nullptr);
 118 }