src/gromacs/nbnxm/pairsearch.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements the PairSearch class
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup module_nbnxm
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairsearch.h"
  47
  48 #include "gromacs/mdtypes/nblist.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51 #include "pairlist.h"
  52
  53
  54 void SearchCycleCounting::printCycles(FILE* fp, gmx::ArrayRef<const PairsearchWork> work) const
  55 {
  56     fprintf(fp, "\n");
  57     fprintf(fp,
  58             "ns %4d grid %4.1f search %4.1f",
  59             cc_[enbsCCgrid].count(),
  60             cc_[enbsCCgrid].averageMCycles(),
  61             cc_[enbsCCsearch].averageMCycles());
  62
  63     if (work.size() > 1)
  64     {
  65         if (cc_[enbsCCcombine].count() > 0)
  66         {
  67             fprintf(fp, " comb %5.2f", cc_[enbsCCcombine].averageMCycles());
  68         }
  69         fprintf(fp, " s. th");
  70         for (const PairsearchWork& workEntry : work)
  71         {
  72             fprintf(fp, " %4.1f", workEntry.cycleCounter.averageMCycles());
  73         }
  74     }
  75     fprintf(fp, "\n");
  76 }
  77
  78 /*! \brief Frees the contents of a legacy t_nblist struct */
  79 static void free_nblist(t_nblist* nl)
  80 {
  81     sfree(nl->iinr);
  82     sfree(nl->gid);
  83     sfree(nl->shift);
  84     sfree(nl->jindex);
  85     sfree(nl->jjnr);
  86     sfree(nl->excl_fep);
  87 }
  88
  89 #ifndef DOXYGEN
  90
  91 PairsearchWork::PairsearchWork() : cp0({ { 0 } }), ndistc(0), nbl_fep(new t_nblist), cp1({ { 0 } })
  92 {
  93     nbnxn_init_pairlist_fep(nbl_fep.get());
  94 }
  95
  96 #endif // !DOXYGEN
  97
  98 PairsearchWork::~PairsearchWork()
  99 {
 100     free_nblist(nbl_fep.get());
 101 }
 102
 103 PairSearch::PairSearch(const PbcType             pbcType,
 104                        const bool                doTestParticleInsertion,
 105                        const ivec*               numDDCells,
 106                        const gmx_domdec_zones_t* ddZones,
 107                        const PairlistType        pairlistType,
 108                        const bool                haveFep,
 109                        const int                 maxNumThreads,
 110                        gmx::PinningPolicy        pinningPolicy) :
 111     gridSet_(pbcType, doTestParticleInsertion, numDDCells, ddZones, pairlistType, haveFep, maxNumThreads, pinningPolicy),
 112     work_(maxNumThreads)
 113 {
 114     cycleCounting_.recordCycles_ = (getenv("GMX_NBNXN_CYCLE") != nullptr);
 115 }