src/gromacs/nbnxm/pairsearch.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements the PairSearch class
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup module_nbnxm
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairsearch.h"
  47
  48 #include "gromacs/nbnxm/pairlist.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51
  52 void PairSearch::SearchCycleCounting::printCycles(FILE                               *fp,
  53                                                   gmx::ArrayRef<const PairsearchWork> work) const
  54 {
  55     fprintf(fp, "\n");
  56     fprintf(fp, "ns %4d grid %4.1f search %4.1f",
  57             cc_[enbsCCgrid].count(),
  58             cc_[enbsCCgrid].averageMCycles(),
  59             cc_[enbsCCsearch].averageMCycles());
  60
  61     if (work.size() > 1)
  62     {
  63         if (cc_[enbsCCcombine].count() > 0)
  64         {
  65             fprintf(fp, " comb %5.2f",
  66                     cc_[enbsCCcombine].averageMCycles());
  67         }
  68         fprintf(fp, " s. th");
  69         for (const PairsearchWork &workEntry : work)
  70         {
  71             fprintf(fp, " %4.1f",
  72                     workEntry.cycleCounter.averageMCycles());
  73         }
  74     }
  75     fprintf(fp, "\n");
  76 }
  77
  78 /*! \brief Frees the contents of a legacy t_nblist struct */
  79 static void free_nblist(t_nblist *nl)
  80 {
  81     sfree(nl->iinr);
  82     sfree(nl->gid);
  83     sfree(nl->shift);
  84     sfree(nl->jindex);
  85     sfree(nl->jjnr);
  86     sfree(nl->excl_fep);
  87 }
  88
  89 #ifndef DOXYGEN
  90
  91 PairsearchWork::PairsearchWork() :
  92     cp0({{0}}
  93         ),
  94     buffer_flags({0, nullptr, 0}),
  95     ndistc(0),
  96     nbl_fep(new t_nblist),
  97     cp1({{0}})
  98 {
  99     nbnxn_init_pairlist_fep(nbl_fep.get());
 100 }
 101
 102 #endif // !DOXYGEN
 103
 104 PairsearchWork::~PairsearchWork()
 105 {
 106     sfree(buffer_flags.flag);
 107
 108     free_nblist(nbl_fep.get());
 109 }
 110
 111 PairSearch::DomainSetup::DomainSetup(const int                 ePBC,
 112                                      const ivec               *numDDCells,
 113                                      const gmx_domdec_zones_t *ddZones) :
 114     ePBC(ePBC),
 115     haveDomDec(numDDCells != nullptr),
 116     zones(ddZones)
 117 {
 118     for (int d = 0; d < DIM; d++)
 119     {
 120         haveDomDecPerDim[d] = (numDDCells != nullptr && (*numDDCells)[d] > 1);
 121     }
 122 }
 123
 124 PairSearch::PairSearch(const int                 ePBC,
 125                        const ivec               *numDDCells,
 126                        const gmx_domdec_zones_t *ddZones,
 127                        const PairlistType        pairlistType,
 128                        const bool                haveFep,
 129                        const int                 maxNumThreads) :
 130     domainSetup_(ePBC, numDDCells, ddZones),
 131     gridSet_(domainSetup_.haveDomDecPerDim, pairlistType, haveFep, maxNumThreads),
 132     work_(maxNumThreads)
 133 {
 134     cycleCounting_.recordCycles_ = (getenv("GMX_NBNXN_CYCLE") != nullptr);
 135 }