src/gromacs/nbnxm/pairlist_tuning.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief Implements functions for tuning adjustable parameters for the nbnxn non-bonded search and interaction kernels
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup module_nbnxm
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairlist_tuning.h"
  47
  48 #include <cassert>
  49 #include <cmath>
  50 #include <cstdlib>
  51
  52 #include <algorithm>
  53 #include <string>
  54
  55 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  56 #include "gromacs/hardware/cpuinfo.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/calc_verletbuf.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  64 #include "gromacs/topology/topology.h"
  65 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  66 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  67 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  68 #include "gromacs/utility/logger.h"
  69 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  70 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  71
  72 #include "nbnxm_geometry.h"
  73 #include "pairlistsets.h"
  74
  75 /*! \brief Returns if we can (heuristically) change nstlist and rlist
  76  *
  77  * \param [in] ir  The input parameter record
  78  */
  79 static bool supportsDynamicPairlistGenerationInterval(const t_inputrec& ir)
  80 {
  81     return ir.cutoff_scheme == ecutsVERLET && EI_DYNAMICS(ir.eI)
  82            && !(EI_MD(ir.eI) && ir.etc == etcNO) && ir.verletbuf_tol > 0;
  83 }
  84
  85 /*! \brief Cost of non-bonded kernels
  86  *
  87  * We determine the extra cost of the non-bonded kernels compared to
  88  * a reference nstlist value of 10 (which is the default in grompp).
  89  */
  90 static const int nbnxnReferenceNstlist = 10;
  91 //! The values to try when switching
  92 const int nstlist_try[] = { 20, 25, 40, 50, 80, 100 };
  93 //! Number of elements in the neighborsearch list trials.
  94 #define NNSTL (sizeof(nstlist_try) / sizeof(nstlist_try[0]))
  95 /* Increase nstlist until the size of the pair-list increased by
  96  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? or more, but never more than
  97  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? + \p c_nbnxnListSizeFactorMargin.
  98  * Since we have dynamic pair list pruning, the force kernel cost depends
  99  * only very weakly on nstlist. It depends strongly on nstlistPrune.
 100  * Increasing nstlist mainly affects the cost of the pair search (down due
 101  * to lower frequency, up due to larger list) and the list pruning kernel.
 102  * We increase nstlist conservatively with regard to kernel performance.
 103  * In serial the search cost is not high and thus we don't gain much by
 104  * increasing nstlist a lot. In parallel the MPI and CPU-GPU communication
 105  * volume as well as the communication buffer preparation and reduction time
 106  * increase quickly with rlist and thus nslist. Therefore we should avoid
 107  * large nstlist, even if that also reduces the domain decomposition cost.
 108  * With GPUs we perform the dynamic pruning in a rolling fashion and this
 109  * overlaps with the update on the CPU, which allows even larger nstlist.
 110  */
 111 // CPU: pair-search is a factor ~1.5 slower than the non-bonded kernel.
 112 //! Target pair-list size increase ratio for CPU
 113 static const float c_nbnxnListSizeFactorCpu = 1.25;
 114 // Intel KNL: pair-search is a factor ~2-3 slower than the non-bonded kernel.
 115 //! Target pair-list size increase ratio for Intel KNL
 116 static const float c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi = 1.4;
 117 // GPU: pair-search is a factor 1.5-3 slower than the non-bonded kernel.
 118 //! Target pair-list size increase ratio for GPU
 119 static const float c_nbnxnListSizeFactorGPU = 1.4;
 120 //! Never increase the size of the pair-list more than the factor above plus this margin
 121 static const float c_nbnxnListSizeFactorMargin = 0.1;
 122
 123 void increaseNstlist(FILE*               fp,
 124                      t_commrec*          cr,
 125                      t_inputrec*         ir,
 126                      int                 nstlist_cmdline,
 127                      const gmx_mtop_t*   mtop,
 128                      const matrix        box,
 129                      bool                useOrEmulateGpuForNonbondeds,
 130                      const gmx::CpuInfo& cpuinfo)
 131 {
 132     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 133     {
 134         /* Can only increase nstlist with dynamics */
 135         return;
 136     }
 137
 138     float       listfac_ok, listfac_max;
 139     int         nstlist_orig, nstlist_prev;
 140     real        rlist_inc, rlist_ok, rlist_max;
 141     real        rlist_new, rlist_prev;
 142     size_t      nstlist_ind = 0;
 143     gmx_bool    bBox, bDD, bCont;
 144     const char* nstl_gpu =
 145             "\nFor optimal performance with a GPU nstlist (now %d) should be larger.\nThe "
 146             "optimum depends on your CPU and GPU resources.\nYou might want to try several "
 147             "nstlist values.\n";
 148     const char* nve_err = "Can not increase nstlist because an NVE ensemble is used";
 149     const char* vbd_err =
 150             "Can not increase nstlist because verlet-buffer-tolerance is not set or used";
 151     const char* box_err = "Can not increase nstlist because the box is too small";
 152     const char* dd_err  = "Can not increase nstlist because of domain decomposition limitations";
 153     char        buf[STRLEN];
 154
 155     if (nstlist_cmdline <= 0)
 156     {
 157         if (ir->nstlist == 1)
 158         {
 159             /* The user probably set nstlist=1 for a reason,
 160              * don't mess with the settings.
 161              */
 162             return;
 163         }
 164
 165         /* With a GPU and fixed nstlist suggest tuning nstlist */
 166         if (fp != nullptr && useOrEmulateGpuForNonbondeds && ir->nstlist < nstlist_try[0]
 167             && !supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 168         {
 169             fprintf(fp, nstl_gpu, ir->nstlist);
 170         }
 171
 172         nstlist_ind = 0;
 173         while (nstlist_ind < NNSTL && ir->nstlist >= nstlist_try[nstlist_ind])
 174         {
 175             nstlist_ind++;
 176         }
 177         if (nstlist_ind == NNSTL)
 178         {
 179             /* There are no larger nstlist value to try */
 180             return;
 181         }
 182     }
 183
 184     if (EI_MD(ir->eI) && ir->etc == etcNO)
 185     {
 186         if (MASTER(cr))
 187         {
 188             fprintf(stderr, "%s\n", nve_err);
 189         }
 190         if (fp != nullptr)
 191         {
 192             fprintf(fp, "%s\n", nve_err);
 193         }
 194
 195         return;
 196     }
 197
 198     if (ir->verletbuf_tol == 0 && useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 199     {
 200         gmx_fatal(FARGS,
 201                   "You are using an old tpr file with a GPU, please generate a new tpr file with "
 202                   "an up to date version of grompp");
 203     }
 204
 205     if (ir->verletbuf_tol < 0)
 206     {
 207         if (MASTER(cr))
 208         {
 209             fprintf(stderr, "%s\n", vbd_err);
 210         }
 211         if (fp != nullptr)
 212         {
 213             fprintf(fp, "%s\n", vbd_err);
 214         }
 215
 216         return;
 217     }
 218
 219     GMX_RELEASE_ASSERT(supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir),
 220                        "In all cases that do not support dynamic nstlist, we should have returned "
 221                        "with an appropriate message above");
 222
 223     if (useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 224     {
 225         listfac_ok = c_nbnxnListSizeFactorGPU;
 226     }
 227     else if (cpuinfo.brandString().find("Xeon Phi") != std::string::npos)
 228     {
 229         listfac_ok = c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi;
 230     }
 231     else
 232     {
 233         listfac_ok = c_nbnxnListSizeFactorCpu;
 234     }
 235     listfac_max = listfac_ok + c_nbnxnListSizeFactorMargin;
 236
 237     nstlist_orig = ir->nstlist;
 238     if (nstlist_cmdline > 0)
 239     {
 240         if (fp)
 241         {
 242             sprintf(buf, "Getting nstlist=%d from command line option", nstlist_cmdline);
 243         }
 244         ir->nstlist = nstlist_cmdline;
 245     }
 246
 247     ListSetupType listType =
 248             (useOrEmulateGpuForNonbondeds ? ListSetupType::Gpu : ListSetupType::CpuSimdWhenSupported);
 249     VerletbufListSetup listSetup = verletbufGetSafeListSetup(listType);
 250
 251     /* Allow rlist to make the list a given factor larger than the list
 252      * would be with the reference value for nstlist (10).
 253      */
 254     nstlist_prev = ir->nstlist;
 255     ir->nstlist  = nbnxnReferenceNstlist;
 256     const real rlistWithReferenceNstlist =
 257             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1, -1, listSetup);
 258     ir->nstlist = nstlist_prev;
 259
 260     /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 261     rlist_inc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j, mtop->natoms / det(box));
 262     rlist_ok  = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc) * std::cbrt(listfac_ok) - rlist_inc;
 263     rlist_max = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc) * std::cbrt(listfac_max) - rlist_inc;
 264     if (debug)
 265     {
 266         fprintf(debug, "nstlist tuning: rlist_inc %.3f rlist_ok %.3f rlist_max %.3f\n", rlist_inc,
 267                 rlist_ok, rlist_max);
 268     }
 269
 270     nstlist_prev = nstlist_orig;
 271     rlist_prev   = ir->rlist;
 272     do
 273     {
 274         if (nstlist_cmdline <= 0)
 275         {
 276             ir->nstlist = nstlist_try[nstlist_ind];
 277         }
 278
 279         /* Set the pair-list buffer size in ir */
 280         rlist_new = calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1, -1, listSetup);
 281
 282         /* Does rlist fit in the box? */
 283         bBox = (gmx::square(rlist_new) < max_cutoff2(ir->ePBC, box));
 284         bDD  = TRUE;
 285         if (bBox && DOMAINDECOMP(cr))
 286         {
 287             /* Check if rlist fits in the domain decomposition */
 288             if (inputrec2nboundeddim(ir) < DIM)
 289             {
 290                 gmx_incons(
 291                         "Changing nstlist with domain decomposition and unbounded dimensions is "
 292                         "not implemented yet");
 293             }
 294             bDD = change_dd_cutoff(cr, box, gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>(), rlist_new);
 295         }
 296
 297         if (debug)
 298         {
 299             fprintf(debug, "nstlist %d rlist %.3f bBox %s bDD %s\n", ir->nstlist, rlist_new,
 300                     gmx::boolToString(bBox), gmx::boolToString(bDD));
 301         }
 302
 303         bCont = FALSE;
 304
 305         if (nstlist_cmdline <= 0)
 306         {
 307             if (bBox && bDD && rlist_new <= rlist_max)
 308             {
 309                 /* Increase nstlist */
 310                 nstlist_prev = ir->nstlist;
 311                 rlist_prev   = rlist_new;
 312                 bCont        = (nstlist_ind + 1 < NNSTL && rlist_new < rlist_ok);
 313             }
 314             else
 315             {
 316                 /* Stick with the previous nstlist */
 317                 ir->nstlist = nstlist_prev;
 318                 rlist_new   = rlist_prev;
 319                 bBox        = TRUE;
 320                 bDD         = TRUE;
 321             }
 322         }
 323
 324         nstlist_ind++;
 325     } while (bCont);
 326
 327     if (!bBox || !bDD)
 328     {
 329         gmx_warning("%s", !bBox ? box_err : dd_err);
 330         if (fp != nullptr)
 331         {
 332             fprintf(fp, "\n%s\n", !bBox ? box_err : dd_err);
 333         }
 334         ir->nstlist = nstlist_orig;
 335     }
 336     else if (ir->nstlist != nstlist_orig || rlist_new != ir->rlist)
 337     {
 338         sprintf(buf, "Changing nstlist from %d to %d, rlist from %g to %g", nstlist_orig,
 339                 ir->nstlist, ir->rlist, rlist_new);
 340         if (MASTER(cr))
 341         {
 342             fprintf(stderr, "%s\n\n", buf);
 343         }
 344         if (fp != nullptr)
 345         {
 346             fprintf(fp, "%s\n\n", buf);
 347         }
 348         ir->rlist = rlist_new;
 349     }
 350 }
 351
 352 /*! \brief The interval in steps at which we perform dynamic, rolling pruning on a GPU.
 353  *
 354  * Ideally we should auto-tune this value.
 355  * Not considering overheads, 1 would be the ideal value. But 2 seems
 356  * a reasonable compromise that reduces GPU kernel launch overheads and
 357  * also avoids inefficiency on large GPUs when pruning small lists.
 358  * Because with domain decomposition we alternate local/non-local pruning
 359  * at even/odd steps, which gives a period of 2, this value currenly needs
 360  * to be 2, which is indirectly asserted when the GPU pruning is dispatched
 361  * during the force evaluation.
 362  */
 363 static const int c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval = 2;
 364
 365 /*! \brief The minimum nstlist for dynamic pair list pruning.
 366  *
 367  * In most cases going lower than 4 will lead to a too high pruning cost.
 368  * This value should be a multiple of \p c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval
 369  */
 370 static const int c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime = 4;
 371
 372 /*! \brief Set the dynamic pairlist pruning parameters in \p ic
 373  *
 374  * \param[in]     ir          The input parameter record
 375  * \param[in]     mtop        The global topology
 376  * \param[in]     box         The unit cell
 377  * \param[in]     useGpuList  Tells if we are using a GPU type pairlist
 378  * \param[in]     listSetup   The nbnxn pair list setup
 379  * \param[in]     userSetNstlistPrune  The user set ic->nstlistPrune (using an env.var.)
 380  * \param[in] ic              The nonbonded interactions constants
 381  * \param[in,out] listParams  The list setup parameters
 382  */
 383 static void setDynamicPairlistPruningParameters(const t_inputrec*          ir,
 384                                                 const gmx_mtop_t*          mtop,
 385                                                 const matrix               box,
 386                                                 const bool                 useGpuList,
 387                                                 const VerletbufListSetup&  listSetup,
 388                                                 const bool                 userSetNstlistPrune,
 389                                                 const interaction_const_t* ic,
 390                                                 PairlistParams*            listParams)
 391 {
 392     listParams->lifetime = ir->nstlist - 1;
 393
 394     /* When nstlistPrune was set by the user, we need to execute one loop
 395      * iteration to determine rlistInner.
 396      * Otherwise we compute rlistInner and increase nstlist as long as
 397      * we have a pairlist buffer of length 0 (i.e. rlistInner == cutoff).
 398      */
 399     const real interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 400     int        tunedNstlistPrune = listParams->nstlistPrune;
 401     do
 402     {
 403         /* Dynamic pruning on the GPU is performed on the list for
 404          * the next step on the coordinates of the current step,
 405          * so the list lifetime is nstlistPrune (not the usual nstlist-1).
 406          */
 407         int listLifetime         = tunedNstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 408         listParams->nstlistPrune = tunedNstlistPrune;
 409         listParams->rlistInner   = calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, tunedNstlistPrune,
 410                                                       listLifetime, -1, listSetup);
 411
 412         /* On the GPU we apply the dynamic pruning in a rolling fashion
 413          * every c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval steps,
 414          * so keep nstlistPrune a multiple of the interval.
 415          */
 416         tunedNstlistPrune += useGpuList ? c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval : 1;
 417     } while (!userSetNstlistPrune && tunedNstlistPrune < ir->nstlist
 418              && listParams->rlistInner == interactionCutoff);
 419
 420     if (userSetNstlistPrune)
 421     {
 422         listParams->useDynamicPruning = true;
 423     }
 424     else
 425     {
 426         /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 427         real rlistInc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j, mtop->natoms / det(box));
 428
 429         /* Dynamic pruning is only useful when the inner list is smaller than
 430          * the outer. The factor 0.99 ensures at least 3% list size reduction.
 431          *
 432          * With dynamic pruning on the CPU we prune after updating,
 433          * so nstlistPrune=nstlist-1 would add useless extra work.
 434          * With the GPU there will probably be more overhead than gain
 435          * with nstlistPrune=nstlist-1, so we disable dynamic pruning.
 436          * Note that in such cases the first sub-condition is likely also false.
 437          */
 438         listParams->useDynamicPruning =
 439                 (listParams->rlistInner + rlistInc < 0.99 * (listParams->rlistOuter + rlistInc)
 440                  && listParams->nstlistPrune < listParams->lifetime);
 441     }
 442
 443     if (!listParams->useDynamicPruning)
 444     {
 445         /* These parameters should not be used, but set them to useful values */
 446         listParams->nstlistPrune = -1;
 447         listParams->rlistInner   = listParams->rlistOuter;
 448     }
 449 }
 450
 451 /*! \brief Returns a string describing the setup of a single pair-list
 452  *
 453  * \param[in] listName           Short name of the list, can be ""
 454  * \param[in] nstList            The list update interval in steps
 455  * \param[in] nstListForSpacing  Update interval for setting the number characters for printing \p nstList
 456  * \param[in] rList              List cut-off radius
 457  * \param[in] interactionCutoff  The interaction cut-off, use for printing the list buffer size
 458  */
 459 static std::string formatListSetup(const std::string& listName,
 460                                    int                nstList,
 461                                    int                nstListForSpacing,
 462                                    real               rList,
 463                                    real               interactionCutoff)
 464 {
 465     std::string listSetup = "  ";
 466     if (!listName.empty())
 467     {
 468         listSetup += listName + " list: ";
 469     }
 470     listSetup += "updated every ";
 471     // Make the shortest int format string that fits nstListForSpacing
 472     std::string nstListFormat =
 473             "%" + gmx::formatString("%zu", gmx::formatString("%d", nstListForSpacing).size()) + "d";
 474     listSetup += gmx::formatString(nstListFormat.c_str(), nstList);
 475     listSetup += gmx::formatString(" steps, buffer %.3f nm, rlist %.3f nm\n",
 476                                    rList - interactionCutoff, rList);
 477
 478     return listSetup;
 479 }
 480
 481 void setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger&       mdlog,
 482                                  const t_inputrec*          ir,
 483                                  const gmx_mtop_t*          mtop,
 484                                  matrix                     box,
 485                                  const interaction_const_t* ic,
 486                                  PairlistParams*            listParams)
 487 {
 488     GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->rlistOuter > 0, "With the nbnxn setup rlist should be > 0");
 489
 490     /* Initialize the parameters to no dynamic list pruning */
 491     listParams->useDynamicPruning = false;
 492
 493     const VerletbufListSetup ls = { IClusterSizePerListType[listParams->pairlistType],
 494                                     JClusterSizePerListType[listParams->pairlistType] };
 495
 496     /* Currently emulation mode does not support dual pair-lists */
 497     const bool useGpuList = (listParams->pairlistType == PairlistType::HierarchicalNxN);
 498
 499     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir) && getenv("GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING") == nullptr)
 500     {
 501         /* Note that nstlistPrune can have any value independently of nstlist.
 502          * Actually applying rolling pruning is only useful when
 503          * nstlistPrune < nstlist -1
 504          */
 505         char* env                 = getenv("GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING");
 506         bool  userSetNstlistPrune = (env != nullptr);
 507
 508         if (userSetNstlistPrune)
 509         {
 510             char* end;
 511             listParams->nstlistPrune = strtol(env, &end, 10);
 512             if (!end || (*end != 0)
 513                 || !(listParams->nstlistPrune > 0 && listParams->nstlistPrune < ir->nstlist))
 514             {
 515                 gmx_fatal(FARGS,
 516                           "Invalid value passed in GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING=%s, should be > 0 "
 517                           "and < nstlist",
 518                           env);
 519             }
 520         }
 521         else
 522         {
 523             static_assert(c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime % c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval == 0,
 524                           "c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime sets the starting value for "
 525                           "nstlistPrune, which should be divisible by the rolling pruning interval "
 526                           "for efficiency reasons.");
 527
 528             // TODO: Use auto-tuning to determine nstlistPrune
 529             listParams->nstlistPrune = c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime;
 530         }
 531
 532         setDynamicPairlistPruningParameters(ir, mtop, box, useGpuList, ls, userSetNstlistPrune, ic,
 533                                             listParams);
 534
 535         if (listParams->useDynamicPruning && useGpuList)
 536         {
 537             /* Note that we can round down here. This makes the effective
 538              * rolling pruning interval slightly shorter than nstlistTune,
 539              * thus giving correct results, but a slightly lower efficiency.
 540              */
 541             GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->nstlistPrune >= c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval, ("With dynamic list pruning on GPUs pruning frequency must be at least as large as the rolling pruning interval ("
 542                                                                                                   + std::to_string(c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval)
 543                                                                                                   + ").")
 544                                                                                                          .c_str());
 545             listParams->numRollingPruningParts =
 546                     listParams->nstlistPrune / c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval;
 547         }
 548         else
 549         {
 550             listParams->numRollingPruningParts = 1;
 551         }
 552     }
 553
 554     std::string mesg;
 555
 556     const real interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 557     if (listParams->useDynamicPruning)
 558     {
 559         mesg += gmx::formatString(
 560                 "Using a dual %dx%d pair-list setup updated with dynamic%s pruning:\n", ls.cluster_size_i,
 561                 ls.cluster_size_j, listParams->numRollingPruningParts > 1 ? ", rolling" : "");
 562         mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 563         mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist,
 564                                 listParams->rlistInner, interactionCutoff);
 565     }
 566     else
 567     {
 568         mesg += gmx::formatString("Using a %dx%d pair-list setup:\n", ls.cluster_size_i, ls.cluster_size_j);
 569         mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 570     }
 571     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 572     {
 573         const VerletbufListSetup listSetup1x1 = { 1, 1 };
 574         const real rlistOuter = calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist,
 575                                                      ir->nstlist - 1, -1, listSetup1x1);
 576         real       rlistInner = rlistOuter;
 577         if (listParams->useDynamicPruning)
 578         {
 579             int listLifeTime = listParams->nstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 580             rlistInner       = calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, listParams->nstlistPrune,
 581                                               listLifeTime, -1, listSetup1x1);
 582         }
 583
 584         mesg += gmx::formatString(
 585                 "At tolerance %g kJ/mol/ps per atom, equivalent classical 1x1 list would be:\n",
 586                 ir->verletbuf_tol);
 587         if (listParams->useDynamicPruning)
 588         {
 589             mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 590             mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist, rlistInner,
 591                                     interactionCutoff);
 592         }
 593         else
 594         {
 595             mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 596         }
 597     }
 598
 599     GMX_LOG(mdlog.info).asParagraph().appendText(mesg);
 600 }