src/gromacs/nbnxm/pairlist_tuning.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief Implements functions for tuning adjustable parameters for the nbnxn non-bonded search and interaction kernels
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup __module_nb_verlet
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairlist_tuning.h"
  47
  48 #include <cassert>
  49 #include <cmath>
  50 #include <cstdlib>
  51
  52 #include <algorithm>
  53 #include <string>
  54
  55 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  56 #include "gromacs/hardware/cpuinfo.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/calc_verletbuf.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm_geometry.h"
  64 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  65 #include "gromacs/topology/topology.h"
  66 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  67 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  68 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  69 #include "gromacs/utility/logger.h"
  70 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  71 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  72
  73 #include "pairlistsets.h"
  74
  75 /*! \brief Returns if we can (heuristically) change nstlist and rlist
  76  *
  77  * \param [in] ir  The input parameter record
  78  */
  79 static bool supportsDynamicPairlistGenerationInterval(const t_inputrec &ir)
  80 {
  81     return
  82         ir.cutoff_scheme == ecutsVERLET &&
  83         EI_DYNAMICS(ir.eI) &&
  84         !(EI_MD(ir.eI) && ir.etc == etcNO) &&
  85         ir.verletbuf_tol > 0;
  86 }
  87
  88 /*! \brief Cost of non-bonded kernels
  89  *
  90  * We determine the extra cost of the non-bonded kernels compared to
  91  * a reference nstlist value of 10 (which is the default in grompp).
  92  */
  93 static const int    nbnxnReferenceNstlist = 10;
  94 //! The values to try when switching
  95 const int           nstlist_try[] = { 20, 25, 40, 50, 80, 100 };
  96 //! Number of elements in the neighborsearch list trials.
  97 #define NNSTL  (sizeof(nstlist_try)/sizeof(nstlist_try[0]))
  98 /* Increase nstlist until the size of the pair-list increased by
  99  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? or more, but never more than
 100  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? + \p c_nbnxnListSizeFactorMargin.
 101  * Since we have dynamic pair list pruning, the force kernel cost depends
 102  * only very weakly on nstlist. It depends strongly on nstlistPrune.
 103  * Increasing nstlist mainly affects the cost of the pair search (down due
 104  * to lower frequency, up due to larger list) and the list pruning kernel.
 105  * We increase nstlist conservatively with regard to kernel performance.
 106  * In serial the search cost is not high and thus we don't gain much by
 107  * increasing nstlist a lot. In parallel the MPI and CPU-GPU communication
 108  * volume as well as the communication buffer preparation and reduction time
 109  * increase quickly with rlist and thus nslist. Therefore we should avoid
 110  * large nstlist, even if that also reduces the domain decomposition cost.
 111  * With GPUs we perform the dynamic pruning in a rolling fashion and this
 112  * overlaps with the update on the CPU, which allows even larger nstlist.
 113  */
 114 // CPU: pair-search is a factor ~1.5 slower than the non-bonded kernel.
 115 //! Target pair-list size increase ratio for CPU
 116 static const float c_nbnxnListSizeFactorCpu           = 1.25;
 117 // Intel KNL: pair-search is a factor ~2-3 slower than the non-bonded kernel.
 118 //! Target pair-list size increase ratio for Intel KNL
 119 static const float c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi  = 1.4;
 120 // GPU: pair-search is a factor 1.5-3 slower than the non-bonded kernel.
 121 //! Target pair-list size increase ratio for GPU
 122 static const float c_nbnxnListSizeFactorGPU           = 1.4;
 123 //! Never increase the size of the pair-list more than the factor above plus this margin
 124 static const float c_nbnxnListSizeFactorMargin        = 0.1;
 125
 126 void increaseNstlist(FILE *fp, t_commrec *cr,
 127                      t_inputrec *ir, int nstlist_cmdline,
 128                      const gmx_mtop_t *mtop,
 129                      const matrix box,
 130                      bool useOrEmulateGpuForNonbondeds,
 131                      const gmx::CpuInfo &cpuinfo)
 132 {
 133     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 134     {
 135         /* Can only increase nstlist with dynamics */
 136         return;
 137     }
 138
 139     float                  listfac_ok, listfac_max;
 140     int                    nstlist_orig, nstlist_prev;
 141     real                   rlist_inc, rlist_ok, rlist_max;
 142     real                   rlist_new, rlist_prev;
 143     size_t                 nstlist_ind = 0;
 144     gmx_bool               bBox, bDD, bCont;
 145     const char            *nstl_gpu = "\nFor optimal performance with a GPU nstlist (now %d) should be larger.\nThe optimum depends on your CPU and GPU resources.\nYou might want to try several nstlist values.\n";
 146     const char            *nve_err  = "Can not increase nstlist because an NVE ensemble is used";
 147     const char            *vbd_err  = "Can not increase nstlist because verlet-buffer-tolerance is not set or used";
 148     const char            *box_err  = "Can not increase nstlist because the box is too small";
 149     const char            *dd_err   = "Can not increase nstlist because of domain decomposition limitations";
 150     char                   buf[STRLEN];
 151
 152     if (nstlist_cmdline <= 0)
 153     {
 154         if (ir->nstlist == 1)
 155         {
 156             /* The user probably set nstlist=1 for a reason,
 157              * don't mess with the settings.
 158              */
 159             return;
 160         }
 161
 162         /* With a GPU and fixed nstlist suggest tuning nstlist */
 163         if (fp != nullptr &&
 164             useOrEmulateGpuForNonbondeds &&
 165             ir->nstlist < nstlist_try[0] &&
 166             !supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 167         {
 168             fprintf(fp, nstl_gpu, ir->nstlist);
 169         }
 170
 171         nstlist_ind = 0;
 172         while (nstlist_ind < NNSTL && ir->nstlist >= nstlist_try[nstlist_ind])
 173         {
 174             nstlist_ind++;
 175         }
 176         if (nstlist_ind == NNSTL)
 177         {
 178             /* There are no larger nstlist value to try */
 179             return;
 180         }
 181     }
 182
 183     if (EI_MD(ir->eI) && ir->etc == etcNO)
 184     {
 185         if (MASTER(cr))
 186         {
 187             fprintf(stderr, "%s\n", nve_err);
 188         }
 189         if (fp != nullptr)
 190         {
 191             fprintf(fp, "%s\n", nve_err);
 192         }
 193
 194         return;
 195     }
 196
 197     if (ir->verletbuf_tol == 0 && useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 198     {
 199         gmx_fatal(FARGS, "You are using an old tpr file with a GPU, please generate a new tpr file with an up to date version of grompp");
 200     }
 201
 202     if (ir->verletbuf_tol < 0)
 203     {
 204         if (MASTER(cr))
 205         {
 206             fprintf(stderr, "%s\n", vbd_err);
 207         }
 208         if (fp != nullptr)
 209         {
 210             fprintf(fp, "%s\n", vbd_err);
 211         }
 212
 213         return;
 214     }
 215
 216     GMX_RELEASE_ASSERT(supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir), "In all cases that do not support dynamic nstlist, we should have returned with an appropriate message above");
 217
 218     if (useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 219     {
 220         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorGPU;
 221     }
 222     else if (cpuinfo.brandString().find("Xeon Phi") != std::string::npos)
 223     {
 224         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi;
 225     }
 226     else
 227     {
 228         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorCpu;
 229     }
 230     listfac_max     = listfac_ok + c_nbnxnListSizeFactorMargin;
 231
 232     nstlist_orig    = ir->nstlist;
 233     if (nstlist_cmdline > 0)
 234     {
 235         if (fp)
 236         {
 237             sprintf(buf, "Getting nstlist=%d from command line option",
 238                     nstlist_cmdline);
 239         }
 240         ir->nstlist = nstlist_cmdline;
 241     }
 242
 243     ListSetupType      listType  = (useOrEmulateGpuForNonbondeds ? ListSetupType::Gpu : ListSetupType::CpuSimdWhenSupported);
 244     VerletbufListSetup listSetup = verletbufGetSafeListSetup(listType);
 245
 246     /* Allow rlist to make the list a given factor larger than the list
 247      * would be with the reference value for nstlist (10).
 248      */
 249     nstlist_prev = ir->nstlist;
 250     ir->nstlist  = nbnxnReferenceNstlist;
 251     const real rlistWithReferenceNstlist =
 252         calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1,
 253                              -1, listSetup);
 254     ir->nstlist  = nstlist_prev;
 255
 256     /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 257     rlist_inc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j,
 258                                               mtop->natoms/det(box));
 259     rlist_ok  = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc)*std::cbrt(listfac_ok) - rlist_inc;
 260     rlist_max = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc)*std::cbrt(listfac_max) - rlist_inc;
 261     if (debug)
 262     {
 263         fprintf(debug, "nstlist tuning: rlist_inc %.3f rlist_ok %.3f rlist_max %.3f\n",
 264                 rlist_inc, rlist_ok, rlist_max);
 265     }
 266
 267     nstlist_prev = nstlist_orig;
 268     rlist_prev   = ir->rlist;
 269     do
 270     {
 271         if (nstlist_cmdline <= 0)
 272         {
 273             ir->nstlist = nstlist_try[nstlist_ind];
 274         }
 275
 276         /* Set the pair-list buffer size in ir */
 277         rlist_new =
 278             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1, -1, listSetup);
 279
 280         /* Does rlist fit in the box? */
 281         bBox = (gmx::square(rlist_new) < max_cutoff2(ir->ePBC, box));
 282         bDD  = TRUE;
 283         if (bBox && DOMAINDECOMP(cr))
 284         {
 285             /* Check if rlist fits in the domain decomposition */
 286             if (inputrec2nboundeddim(ir) < DIM)
 287             {
 288                 gmx_incons("Changing nstlist with domain decomposition and unbounded dimensions is not implemented yet");
 289             }
 290             t_state state_tmp;
 291             copy_mat(box, state_tmp.box);
 292             bDD = change_dd_cutoff(cr, state_tmp, rlist_new);
 293         }
 294
 295         if (debug)
 296         {
 297             fprintf(debug, "nstlist %d rlist %.3f bBox %s bDD %s\n",
 298                     ir->nstlist, rlist_new, gmx::boolToString(bBox), gmx::boolToString(bDD));
 299         }
 300
 301         bCont = FALSE;
 302
 303         if (nstlist_cmdline <= 0)
 304         {
 305             if (bBox && bDD && rlist_new <= rlist_max)
 306             {
 307                 /* Increase nstlist */
 308                 nstlist_prev = ir->nstlist;
 309                 rlist_prev   = rlist_new;
 310                 bCont        = (nstlist_ind+1 < NNSTL && rlist_new < rlist_ok);
 311             }
 312             else
 313             {
 314                 /* Stick with the previous nstlist */
 315                 ir->nstlist = nstlist_prev;
 316                 rlist_new   = rlist_prev;
 317                 bBox        = TRUE;
 318                 bDD         = TRUE;
 319             }
 320         }
 321
 322         nstlist_ind++;
 323     }
 324     while (bCont);
 325
 326     if (!bBox || !bDD)
 327     {
 328         gmx_warning("%s", !bBox ? box_err : dd_err);
 329         if (fp != nullptr)
 330         {
 331             fprintf(fp, "\n%s\n", !bBox ? box_err : dd_err);
 332         }
 333         ir->nstlist = nstlist_orig;
 334     }
 335     else if (ir->nstlist != nstlist_orig || rlist_new != ir->rlist)
 336     {
 337         sprintf(buf, "Changing nstlist from %d to %d, rlist from %g to %g",
 338                 nstlist_orig, ir->nstlist,
 339                 ir->rlist, rlist_new);
 340         if (MASTER(cr))
 341         {
 342             fprintf(stderr, "%s\n\n", buf);
 343         }
 344         if (fp != nullptr)
 345         {
 346             fprintf(fp, "%s\n\n", buf);
 347         }
 348         ir->rlist     = rlist_new;
 349     }
 350 }
 351
 352 /*! \brief The interval in steps at which we perform dynamic, rolling pruning on a GPU.
 353  *
 354  * Ideally we should auto-tune this value.
 355  * Not considering overheads, 1 would be the ideal value. But 2 seems
 356  * a reasonable compromise that reduces GPU kernel launch overheads and
 357  * also avoids inefficiency on large GPUs when pruning small lists.
 358  * Because with domain decomposition we alternate local/non-local pruning
 359  * at even/odd steps, which gives a period of 2, this value currenly needs
 360  * to be 2, which is indirectly asserted when the GPU pruning is dispatched
 361  * during the force evaluation.
 362  */
 363 static const int c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval = 2;
 364
 365 /*! \brief The minimum nstlist for dynamic pair list pruning.
 366  *
 367  * In most cases going lower than 4 will lead to a too high pruning cost.
 368  * This value should be a multiple of \p c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval
 369  */
 370 static const int c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime = 4;
 371
 372 /*! \brief Set the dynamic pairlist pruning parameters in \p ic
 373  *
 374  * \param[in]     ir          The input parameter record
 375  * \param[in]     mtop        The global topology
 376  * \param[in]     box         The unit cell
 377  * \param[in]     useGpuList  Tells if we are using a GPU type pairlist
 378  * \param[in]     listSetup   The nbnxn pair list setup
 379  * \param[in]     userSetNstlistPrune  The user set ic->nstlistPrune (using an env.var.)
 380  * \param[in] ic              The nonbonded interactions constants
 381  * \param[in,out] listParams  The list setup parameters
 382  */
 383 static void
 384 setDynamicPairlistPruningParameters(const t_inputrec             *ir,
 385                                     const gmx_mtop_t             *mtop,
 386                                     const matrix                  box,
 387                                     const bool                    useGpuList,
 388                                     const VerletbufListSetup     &listSetup,
 389                                     const bool                    userSetNstlistPrune,
 390                                     const interaction_const_t    *ic,
 391                                     PairlistParams               *listParams)
 392 {
 393     listParams->lifetime = ir->nstlist - 1;
 394
 395     /* When nstlistPrune was set by the user, we need to execute one loop
 396      * iteration to determine rlistInner.
 397      * Otherwise we compute rlistInner and increase nstlist as long as
 398      * we have a pairlist buffer of length 0 (i.e. rlistInner == cutoff).
 399      */
 400     const real interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 401     int        tunedNstlistPrune = listParams->nstlistPrune;
 402     do
 403     {
 404         /* Dynamic pruning on the GPU is performed on the list for
 405          * the next step on the coordinates of the current step,
 406          * so the list lifetime is nstlistPrune (not the usual nstlist-1).
 407          */
 408         int listLifetime         = tunedNstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 409         listParams->nstlistPrune = tunedNstlistPrune;
 410         listParams->rlistInner   =
 411             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir,
 412                                  tunedNstlistPrune, listLifetime,
 413                                  -1, listSetup);
 414
 415         /* On the GPU we apply the dynamic pruning in a rolling fashion
 416          * every c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval steps,
 417          * so keep nstlistPrune a multiple of the interval.
 418          */
 419         tunedNstlistPrune += useGpuList ? c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval : 1;
 420     }
 421     while (!userSetNstlistPrune &&
 422            tunedNstlistPrune < ir->nstlist &&
 423            listParams->rlistInner == interactionCutoff);
 424
 425     if (userSetNstlistPrune)
 426     {
 427         listParams->useDynamicPruning = true;
 428     }
 429     else
 430     {
 431         /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 432         real rlistInc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j,
 433                                                       mtop->natoms/det(box));
 434
 435         /* Dynamic pruning is only useful when the inner list is smaller than
 436          * the outer. The factor 0.99 ensures at least 3% list size reduction.
 437          *
 438          * With dynamic pruning on the CPU we prune after updating,
 439          * so nstlistPrune=nstlist-1 would add useless extra work.
 440          * With the GPU there will probably be more overhead than gain
 441          * with nstlistPrune=nstlist-1, so we disable dynamic pruning.
 442          * Note that in such cases the first sub-condition is likely also false.
 443          */
 444         listParams->useDynamicPruning =
 445             (listParams->rlistInner + rlistInc < 0.99*(listParams->rlistOuter + rlistInc) &&
 446              listParams->nstlistPrune < listParams->lifetime);
 447     }
 448
 449     if (!listParams->useDynamicPruning)
 450     {
 451         /* These parameters should not be used, but set them to useful values */
 452         listParams->nstlistPrune  = -1;
 453         listParams->rlistInner    = listParams->rlistOuter;
 454     }
 455 }
 456
 457 /*! \brief Returns a string describing the setup of a single pair-list
 458  *
 459  * \param[in] listName           Short name of the list, can be ""
 460  * \param[in] nstList            The list update interval in steps
 461  * \param[in] nstListForSpacing  Update interval for setting the number characters for printing \p nstList
 462  * \param[in] rList              List cut-off radius
 463  * \param[in] interactionCutoff  The interaction cut-off, use for printing the list buffer size
 464  */
 465 static std::string formatListSetup(const std::string &listName,
 466                                    int                nstList,
 467                                    int                nstListForSpacing,
 468                                    real               rList,
 469                                    real               interactionCutoff)
 470 {
 471     std::string listSetup = "  ";
 472     if (!listName.empty())
 473     {
 474         listSetup += listName + " list: ";
 475     }
 476     listSetup += "updated every ";
 477     // Make the shortest int format string that fits nstListForSpacing
 478     std::string nstListFormat = "%" + gmx::formatString("%zu", gmx::formatString("%d", nstListForSpacing).size()) + "d";
 479     listSetup += gmx::formatString(nstListFormat.c_str(), nstList);
 480     listSetup += gmx::formatString(" steps, buffer %.3f nm, rlist %.3f nm\n",
 481                                    rList - interactionCutoff, rList);
 482
 483     return listSetup;
 484 }
 485
 486 void setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger       &mdlog,
 487                                  const t_inputrec          *ir,
 488                                  const gmx_mtop_t          *mtop,
 489                                  matrix                     box,
 490                                  const interaction_const_t *ic,
 491                                  PairlistParams            *listParams)
 492 {
 493     GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->rlistOuter > 0, "With the nbnxn setup rlist should be > 0");
 494
 495     /* Initialize the parameters to no dynamic list pruning */
 496     listParams->useDynamicPruning = false;
 497
 498     const VerletbufListSetup ls   =
 499     {
 500         IClusterSizePerListType[listParams->pairlistType],
 501         JClusterSizePerListType[listParams->pairlistType]
 502     };
 503
 504     /* Currently emulation mode does not support dual pair-lists */
 505     const bool useGpuList         = (listParams->pairlistType == PairlistType::HierarchicalNxN);
 506
 507     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir) &&
 508         getenv("GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING") == nullptr)
 509     {
 510         /* Note that nstlistPrune can have any value independently of nstlist.
 511          * Actually applying rolling pruning is only useful when
 512          * nstlistPrune < nstlist -1
 513          */
 514         char *env                 = getenv("GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING");
 515         bool  userSetNstlistPrune = (env != nullptr);
 516
 517         if (userSetNstlistPrune)
 518         {
 519             char *end;
 520             listParams->nstlistPrune = strtol(env, &end, 10);
 521             if (!end || (*end != 0) ||
 522                 !(listParams->nstlistPrune > 0 && listParams->nstlistPrune < ir->nstlist))
 523             {
 524                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid value passed in GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING=%s, should be > 0 and < nstlist", env);
 525             }
 526         }
 527         else
 528         {
 529             static_assert(c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime % c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval == 0,
 530                           "c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime sets the starting value for nstlistPrune, which should be divisible by the rolling pruning interval for efficiency reasons.");
 531
 532             // TODO: Use auto-tuning to determine nstlistPrune
 533             listParams->nstlistPrune = c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime;
 534         }
 535
 536         setDynamicPairlistPruningParameters(ir, mtop, box, useGpuList, ls,
 537                                             userSetNstlistPrune, ic,
 538                                             listParams);
 539
 540         if (listParams->useDynamicPruning && useGpuList)
 541         {
 542             /* Note that we can round down here. This makes the effective
 543              * rolling pruning interval slightly shorter than nstlistTune,
 544              * thus giving correct results, but a slightly lower efficiency.
 545              */
 546             GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->nstlistPrune >= c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval,
 547                                ( "With dynamic list pruning on GPUs pruning frequency must be at least as large as the rolling pruning interval (" +
 548                                  std::to_string(c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval) +
 549                                  ").").c_str() );
 550             listParams->numRollingPruningParts = listParams->nstlistPrune/c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval;
 551         }
 552         else
 553         {
 554             listParams->numRollingPruningParts = 1;
 555         }
 556     }
 557
 558     std::string mesg;
 559
 560     const real  interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 561     if (listParams->useDynamicPruning)
 562     {
 563         mesg += gmx::formatString("Using a dual %dx%d pair-list setup updated with dynamic%s pruning:\n",
 564                                   ls.cluster_size_i, ls.cluster_size_j,
 565                                   listParams->numRollingPruningParts > 1 ? ", rolling" : "");
 566         mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 567         mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist, listParams->rlistInner, interactionCutoff);
 568     }
 569     else
 570     {
 571         mesg += gmx::formatString("Using a %dx%d pair-list setup:\n",
 572                                   ls.cluster_size_i, ls.cluster_size_j);
 573         mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 574     }
 575     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 576     {
 577         const VerletbufListSetup listSetup1x1 = { 1, 1 };
 578         const real               rlistOuter   =
 579             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1,
 580                                  -1, listSetup1x1);
 581         real                     rlistInner   = rlistOuter;
 582         if (listParams->useDynamicPruning)
 583         {
 584             int listLifeTime = listParams->nstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 585             rlistInner =
 586                 calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, listParams->nstlistPrune, listLifeTime,
 587                                      -1, listSetup1x1);
 588         }
 589
 590         mesg += gmx::formatString("At tolerance %g kJ/mol/ps per atom, equivalent classical 1x1 list would be:\n",
 591                                   ir->verletbuf_tol);
 592         if (listParams->useDynamicPruning)
 593         {
 594             mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 595             mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist, rlistInner, interactionCutoff);
 596         }
 597         else
 598         {
 599             mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 600         }
 601     }
 602
 603     GMX_LOG(mdlog.info).asParagraph().appendText(mesg);
 604 }