src/gromacs/nbnxm/pairlist_tuning.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief Implements functions for tuning adjustable parameters for the nbnxn non-bonded search and interaction kernels
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup __module_nb_verlet
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "pairlist_tuning.h"
  47
  48 #include <cassert>
  49 #include <cmath>
  50 #include <cstdlib>
  51
  52 #include <algorithm>
  53 #include <string>
  54
  55 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  56 #include "gromacs/hardware/cpuinfo.h"
  57 #include "gromacs/math/vec.h"
  58 #include "gromacs/mdlib/calc_verletbuf.h"
  59 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  60 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  63 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  64 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm_geometry.h"
  65 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  66 #include "gromacs/topology/topology.h"
  67 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  68 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  69 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  70 #include "gromacs/utility/logger.h"
  71 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  72 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  73
  74 /*! \brief Returns if we can (heuristically) change nstlist and rlist
  75  *
  76  * \param [in] ir  The input parameter record
  77  */
  78 static bool supportsDynamicPairlistGenerationInterval(const t_inputrec &ir)
  79 {
  80     return
  81         ir.cutoff_scheme == ecutsVERLET &&
  82         EI_DYNAMICS(ir.eI) &&
  83         !(EI_MD(ir.eI) && ir.etc == etcNO) &&
  84         ir.verletbuf_tol > 0;
  85 }
  86
  87 /*! \brief Cost of non-bonded kernels
  88  *
  89  * We determine the extra cost of the non-bonded kernels compared to
  90  * a reference nstlist value of 10 (which is the default in grompp).
  91  */
  92 static const int    nbnxnReferenceNstlist = 10;
  93 //! The values to try when switching
  94 const int           nstlist_try[] = { 20, 25, 40, 50, 80, 100 };
  95 //! Number of elements in the neighborsearch list trials.
  96 #define NNSTL  (sizeof(nstlist_try)/sizeof(nstlist_try[0]))
  97 /* Increase nstlist until the size of the pair-list increased by
  98  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? or more, but never more than
  99  * \p c_nbnxnListSizeFactor??? + \p c_nbnxnListSizeFactorMargin.
 100  * Since we have dynamic pair list pruning, the force kernel cost depends
 101  * only very weakly on nstlist. It depends strongly on nstlistPrune.
 102  * Increasing nstlist mainly affects the cost of the pair search (down due
 103  * to lower frequency, up due to larger list) and the list pruning kernel.
 104  * We increase nstlist conservatively with regard to kernel performance.
 105  * In serial the search cost is not high and thus we don't gain much by
 106  * increasing nstlist a lot. In parallel the MPI and CPU-GPU communication
 107  * volume as well as the communication buffer preparation and reduction time
 108  * increase quickly with rlist and thus nslist. Therefore we should avoid
 109  * large nstlist, even if that also reduces the domain decomposition cost.
 110  * With GPUs we perform the dynamic pruning in a rolling fashion and this
 111  * overlaps with the update on the CPU, which allows even larger nstlist.
 112  */
 113 // CPU: pair-search is a factor ~1.5 slower than the non-bonded kernel.
 114 //! Target pair-list size increase ratio for CPU
 115 static const float c_nbnxnListSizeFactorCpu           = 1.25;
 116 // Intel KNL: pair-search is a factor ~2-3 slower than the non-bonded kernel.
 117 //! Target pair-list size increase ratio for Intel KNL
 118 static const float c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi  = 1.4;
 119 // GPU: pair-search is a factor 1.5-3 slower than the non-bonded kernel.
 120 //! Target pair-list size increase ratio for GPU
 121 static const float c_nbnxnListSizeFactorGPU           = 1.4;
 122 //! Never increase the size of the pair-list more than the factor above plus this margin
 123 static const float c_nbnxnListSizeFactorMargin        = 0.1;
 124
 125 void increaseNstlist(FILE *fp, t_commrec *cr,
 126                      t_inputrec *ir, int nstlist_cmdline,
 127                      const gmx_mtop_t *mtop,
 128                      const matrix box,
 129                      bool useOrEmulateGpuForNonbondeds,
 130                      const gmx::CpuInfo &cpuinfo)
 131 {
 132     if (!EI_DYNAMICS(ir->eI))
 133     {
 134         /* Can only increase nstlist with dynamics */
 135         return;
 136     }
 137
 138     float                  listfac_ok, listfac_max;
 139     int                    nstlist_orig, nstlist_prev;
 140     real                   rlist_inc, rlist_ok, rlist_max;
 141     real                   rlist_new, rlist_prev;
 142     size_t                 nstlist_ind = 0;
 143     gmx_bool               bBox, bDD, bCont;
 144     const char            *nstl_gpu = "\nFor optimal performance with a GPU nstlist (now %d) should be larger.\nThe optimum depends on your CPU and GPU resources.\nYou might want to try several nstlist values.\n";
 145     const char            *nve_err  = "Can not increase nstlist because an NVE ensemble is used";
 146     const char            *vbd_err  = "Can not increase nstlist because verlet-buffer-tolerance is not set or used";
 147     const char            *box_err  = "Can not increase nstlist because the box is too small";
 148     const char            *dd_err   = "Can not increase nstlist because of domain decomposition limitations";
 149     char                   buf[STRLEN];
 150
 151     if (nstlist_cmdline <= 0)
 152     {
 153         if (ir->nstlist == 1)
 154         {
 155             /* The user probably set nstlist=1 for a reason,
 156              * don't mess with the settings.
 157              */
 158             return;
 159         }
 160
 161         /* With a GPU and fixed nstlist suggest tuning nstlist */
 162         if (fp != nullptr &&
 163             useOrEmulateGpuForNonbondeds &&
 164             ir->nstlist < nstlist_try[0] &&
 165             !supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 166         {
 167             fprintf(fp, nstl_gpu, ir->nstlist);
 168         }
 169
 170         nstlist_ind = 0;
 171         while (nstlist_ind < NNSTL && ir->nstlist >= nstlist_try[nstlist_ind])
 172         {
 173             nstlist_ind++;
 174         }
 175         if (nstlist_ind == NNSTL)
 176         {
 177             /* There are no larger nstlist value to try */
 178             return;
 179         }
 180     }
 181
 182     if (EI_MD(ir->eI) && ir->etc == etcNO)
 183     {
 184         if (MASTER(cr))
 185         {
 186             fprintf(stderr, "%s\n", nve_err);
 187         }
 188         if (fp != nullptr)
 189         {
 190             fprintf(fp, "%s\n", nve_err);
 191         }
 192
 193         return;
 194     }
 195
 196     if (ir->verletbuf_tol == 0 && useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 197     {
 198         gmx_fatal(FARGS, "You are using an old tpr file with a GPU, please generate a new tpr file with an up to date version of grompp");
 199     }
 200
 201     if (ir->verletbuf_tol < 0)
 202     {
 203         if (MASTER(cr))
 204         {
 205             fprintf(stderr, "%s\n", vbd_err);
 206         }
 207         if (fp != nullptr)
 208         {
 209             fprintf(fp, "%s\n", vbd_err);
 210         }
 211
 212         return;
 213     }
 214
 215     GMX_RELEASE_ASSERT(supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir), "In all cases that do not support dynamic nstlist, we should have returned with an appropriate message above");
 216
 217     if (useOrEmulateGpuForNonbondeds)
 218     {
 219         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorGPU;
 220     }
 221     else if (cpuinfo.brandString().find("Xeon Phi") != std::string::npos)
 222     {
 223         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorIntelXeonPhi;
 224     }
 225     else
 226     {
 227         listfac_ok  = c_nbnxnListSizeFactorCpu;
 228     }
 229     listfac_max     = listfac_ok + c_nbnxnListSizeFactorMargin;
 230
 231     nstlist_orig    = ir->nstlist;
 232     if (nstlist_cmdline > 0)
 233     {
 234         if (fp)
 235         {
 236             sprintf(buf, "Getting nstlist=%d from command line option",
 237                     nstlist_cmdline);
 238         }
 239         ir->nstlist = nstlist_cmdline;
 240     }
 241
 242     ListSetupType      listType  = (useOrEmulateGpuForNonbondeds ? ListSetupType::Gpu : ListSetupType::CpuSimdWhenSupported);
 243     VerletbufListSetup listSetup = verletbufGetSafeListSetup(listType);
 244
 245     /* Allow rlist to make the list a given factor larger than the list
 246      * would be with the reference value for nstlist (10).
 247      */
 248     nstlist_prev = ir->nstlist;
 249     ir->nstlist  = nbnxnReferenceNstlist;
 250     const real rlistWithReferenceNstlist =
 251         calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1,
 252                              -1, listSetup);
 253     ir->nstlist  = nstlist_prev;
 254
 255     /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 256     rlist_inc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j,
 257                                               mtop->natoms/det(box));
 258     rlist_ok  = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc)*std::cbrt(listfac_ok) - rlist_inc;
 259     rlist_max = (rlistWithReferenceNstlist + rlist_inc)*std::cbrt(listfac_max) - rlist_inc;
 260     if (debug)
 261     {
 262         fprintf(debug, "nstlist tuning: rlist_inc %.3f rlist_ok %.3f rlist_max %.3f\n",
 263                 rlist_inc, rlist_ok, rlist_max);
 264     }
 265
 266     nstlist_prev = nstlist_orig;
 267     rlist_prev   = ir->rlist;
 268     do
 269     {
 270         if (nstlist_cmdline <= 0)
 271         {
 272             ir->nstlist = nstlist_try[nstlist_ind];
 273         }
 274
 275         /* Set the pair-list buffer size in ir */
 276         rlist_new =
 277             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1, -1, listSetup);
 278
 279         /* Does rlist fit in the box? */
 280         bBox = (gmx::square(rlist_new) < max_cutoff2(ir->ePBC, box));
 281         bDD  = TRUE;
 282         if (bBox && DOMAINDECOMP(cr))
 283         {
 284             /* Check if rlist fits in the domain decomposition */
 285             if (inputrec2nboundeddim(ir) < DIM)
 286             {
 287                 gmx_incons("Changing nstlist with domain decomposition and unbounded dimensions is not implemented yet");
 288             }
 289             t_state state_tmp;
 290             copy_mat(box, state_tmp.box);
 291             bDD = change_dd_cutoff(cr, state_tmp, rlist_new);
 292         }
 293
 294         if (debug)
 295         {
 296             fprintf(debug, "nstlist %d rlist %.3f bBox %s bDD %s\n",
 297                     ir->nstlist, rlist_new, gmx::boolToString(bBox), gmx::boolToString(bDD));
 298         }
 299
 300         bCont = FALSE;
 301
 302         if (nstlist_cmdline <= 0)
 303         {
 304             if (bBox && bDD && rlist_new <= rlist_max)
 305             {
 306                 /* Increase nstlist */
 307                 nstlist_prev = ir->nstlist;
 308                 rlist_prev   = rlist_new;
 309                 bCont        = (nstlist_ind+1 < NNSTL && rlist_new < rlist_ok);
 310             }
 311             else
 312             {
 313                 /* Stick with the previous nstlist */
 314                 ir->nstlist = nstlist_prev;
 315                 rlist_new   = rlist_prev;
 316                 bBox        = TRUE;
 317                 bDD         = TRUE;
 318             }
 319         }
 320
 321         nstlist_ind++;
 322     }
 323     while (bCont);
 324
 325     if (!bBox || !bDD)
 326     {
 327         gmx_warning("%s", !bBox ? box_err : dd_err);
 328         if (fp != nullptr)
 329         {
 330             fprintf(fp, "\n%s\n", !bBox ? box_err : dd_err);
 331         }
 332         ir->nstlist = nstlist_orig;
 333     }
 334     else if (ir->nstlist != nstlist_orig || rlist_new != ir->rlist)
 335     {
 336         sprintf(buf, "Changing nstlist from %d to %d, rlist from %g to %g",
 337                 nstlist_orig, ir->nstlist,
 338                 ir->rlist, rlist_new);
 339         if (MASTER(cr))
 340         {
 341             fprintf(stderr, "%s\n\n", buf);
 342         }
 343         if (fp != nullptr)
 344         {
 345             fprintf(fp, "%s\n\n", buf);
 346         }
 347         ir->rlist     = rlist_new;
 348     }
 349 }
 350
 351 /*! \brief The interval in steps at which we perform dynamic, rolling pruning on a GPU.
 352  *
 353  * Ideally we should auto-tune this value.
 354  * Not considering overheads, 1 would be the ideal value. But 2 seems
 355  * a reasonable compromise that reduces GPU kernel launch overheads and
 356  * also avoids inefficiency on large GPUs when pruning small lists.
 357  * Because with domain decomposition we alternate local/non-local pruning
 358  * at even/odd steps, which gives a period of 2, this value currenly needs
 359  * to be 2, which is indirectly asserted when the GPU pruning is dispatched
 360  * during the force evaluation.
 361  */
 362 static const int c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval = 2;
 363
 364 /*! \brief The minimum nstlist for dynamic pair list pruning.
 365  *
 366  * In most cases going lower than 4 will lead to a too high pruning cost.
 367  * This value should be a multiple of \p c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval
 368  */
 369 static const int c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime = 4;
 370
 371 /*! \brief Set the dynamic pairlist pruning parameters in \p ic
 372  *
 373  * \param[in]     ir          The input parameter record
 374  * \param[in]     mtop        The global topology
 375  * \param[in]     box         The unit cell
 376  * \param[in]     useGpuList  Tells if we are using a GPU type pairlist
 377  * \param[in]     listSetup   The nbnxn pair list setup
 378  * \param[in]     userSetNstlistPrune  The user set ic->nstlistPrune (using an env.var.)
 379  * \param[in] ic              The nonbonded interactions constants
 380  * \param[in,out] listParams  The list setup parameters
 381  */
 382 static void
 383 setDynamicPairlistPruningParameters(const t_inputrec             *ir,
 384                                     const gmx_mtop_t             *mtop,
 385                                     const matrix                  box,
 386                                     const bool                    useGpuList,
 387                                     const VerletbufListSetup     &listSetup,
 388                                     const bool                    userSetNstlistPrune,
 389                                     const interaction_const_t    *ic,
 390                                     NbnxnListParameters          *listParams)
 391 {
 392     listParams->lifetime = ir->nstlist - 1;
 393
 394     /* When nstlistPrune was set by the user, we need to execute one loop
 395      * iteration to determine rlistInner.
 396      * Otherwise we compute rlistInner and increase nstlist as long as
 397      * we have a pairlist buffer of length 0 (i.e. rlistInner == cutoff).
 398      */
 399     const real interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 400     int        tunedNstlistPrune = listParams->nstlistPrune;
 401     do
 402     {
 403         /* Dynamic pruning on the GPU is performed on the list for
 404          * the next step on the coordinates of the current step,
 405          * so the list lifetime is nstlistPrune (not the usual nstlist-1).
 406          */
 407         int listLifetime         = tunedNstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 408         listParams->nstlistPrune = tunedNstlistPrune;
 409         listParams->rlistInner   =
 410             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir,
 411                                  tunedNstlistPrune, listLifetime,
 412                                  -1, listSetup);
 413
 414         /* On the GPU we apply the dynamic pruning in a rolling fashion
 415          * every c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval steps,
 416          * so keep nstlistPrune a multiple of the interval.
 417          */
 418         tunedNstlistPrune += useGpuList ? c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval : 1;
 419     }
 420     while (!userSetNstlistPrune &&
 421            tunedNstlistPrune < ir->nstlist &&
 422            listParams->rlistInner == interactionCutoff);
 423
 424     if (userSetNstlistPrune)
 425     {
 426         listParams->useDynamicPruning = true;
 427     }
 428     else
 429     {
 430         /* Determine the pair list size increase due to zero interactions */
 431         real rlistInc = nbnxn_get_rlist_effective_inc(listSetup.cluster_size_j,
 432                                                       mtop->natoms/det(box));
 433
 434         /* Dynamic pruning is only useful when the inner list is smaller than
 435          * the outer. The factor 0.99 ensures at least 3% list size reduction.
 436          *
 437          * With dynamic pruning on the CPU we prune after updating,
 438          * so nstlistPrune=nstlist-1 would add useless extra work.
 439          * With the GPU there will probably be more overhead than gain
 440          * with nstlistPrune=nstlist-1, so we disable dynamic pruning.
 441          * Note that in such cases the first sub-condition is likely also false.
 442          */
 443         listParams->useDynamicPruning =
 444             (listParams->rlistInner + rlistInc < 0.99*(listParams->rlistOuter + rlistInc) &&
 445              listParams->nstlistPrune < listParams->lifetime);
 446     }
 447
 448     if (!listParams->useDynamicPruning)
 449     {
 450         /* These parameters should not be used, but set them to useful values */
 451         listParams->nstlistPrune  = -1;
 452         listParams->rlistInner    = listParams->rlistOuter;
 453     }
 454 }
 455
 456 /*! \brief Returns a string describing the setup of a single pair-list
 457  *
 458  * \param[in] listName           Short name of the list, can be ""
 459  * \param[in] nstList            The list update interval in steps
 460  * \param[in] nstListForSpacing  Update interval for setting the number characters for printing \p nstList
 461  * \param[in] rList              List cut-off radius
 462  * \param[in] interactionCutoff  The interaction cut-off, use for printing the list buffer size
 463  */
 464 static std::string formatListSetup(const std::string &listName,
 465                                    int                nstList,
 466                                    int                nstListForSpacing,
 467                                    real               rList,
 468                                    real               interactionCutoff)
 469 {
 470     std::string listSetup = "  ";
 471     if (!listName.empty())
 472     {
 473         listSetup += listName + " list: ";
 474     }
 475     listSetup += "updated every ";
 476     // Make the shortest int format string that fits nstListForSpacing
 477     std::string nstListFormat = "%" + gmx::formatString("%zu", gmx::formatString("%d", nstListForSpacing).size()) + "d";
 478     listSetup += gmx::formatString(nstListFormat.c_str(), nstList);
 479     listSetup += gmx::formatString(" steps, buffer %.3f nm, rlist %.3f nm\n",
 480                                    rList - interactionCutoff, rList);
 481
 482     return listSetup;
 483 }
 484
 485 void setupDynamicPairlistPruning(const gmx::MDLogger       &mdlog,
 486                                  const t_inputrec          *ir,
 487                                  const gmx_mtop_t          *mtop,
 488                                  matrix                     box,
 489                                  const interaction_const_t *ic,
 490                                  NbnxnListParameters       *listParams)
 491 {
 492     GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->rlistOuter > 0, "With the nbnxn setup rlist should be > 0");
 493
 494     /* Initialize the parameters to no dynamic list pruning */
 495     listParams->useDynamicPruning = false;
 496
 497     const VerletbufListSetup ls   =
 498     {
 499         IClusterSizePerListType[listParams->pairlistType],
 500         JClusterSizePerListType[listParams->pairlistType]
 501     };
 502
 503     /* Currently emulation mode does not support dual pair-lists */
 504     const bool useGpuList         = (listParams->pairlistType == PairlistType::Hierarchical8x8);
 505
 506     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir) &&
 507         getenv("GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING") == nullptr)
 508     {
 509         /* Note that nstlistPrune can have any value independently of nstlist.
 510          * Actually applying rolling pruning is only useful when
 511          * nstlistPrune < nstlist -1
 512          */
 513         char *env                 = getenv("GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING");
 514         bool  userSetNstlistPrune = (env != nullptr);
 515
 516         if (userSetNstlistPrune)
 517         {
 518             char *end;
 519             listParams->nstlistPrune = strtol(env, &end, 10);
 520             if (!end || (*end != 0) ||
 521                 !(listParams->nstlistPrune > 0 && listParams->nstlistPrune < ir->nstlist))
 522             {
 523                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid value passed in GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNING=%s, should be > 0 and < nstlist", env);
 524             }
 525         }
 526         else
 527         {
 528             static_assert(c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime % c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval == 0,
 529                           "c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime sets the starting value for nstlistPrune, which should be divisible by the rolling pruning interval for efficiency reasons.");
 530
 531             // TODO: Use auto-tuning to determine nstlistPrune
 532             listParams->nstlistPrune = c_nbnxnDynamicListPruningMinLifetime;
 533         }
 534
 535         setDynamicPairlistPruningParameters(ir, mtop, box, useGpuList, ls,
 536                                             userSetNstlistPrune, ic,
 537                                             listParams);
 538
 539         if (listParams->useDynamicPruning && useGpuList)
 540         {
 541             /* Note that we can round down here. This makes the effective
 542              * rolling pruning interval slightly shorter than nstlistTune,
 543              * thus giving correct results, but a slightly lower efficiency.
 544              */
 545             GMX_RELEASE_ASSERT(listParams->nstlistPrune >= c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval,
 546                                ( "With dynamic list pruning on GPUs pruning frequency must be at least as large as the rolling pruning interval (" +
 547                                  std::to_string(c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval) +
 548                                  ").").c_str() );
 549             listParams->numRollingPruningParts = listParams->nstlistPrune/c_nbnxnGpuRollingListPruningInterval;
 550         }
 551         else
 552         {
 553             listParams->numRollingPruningParts = 1;
 554         }
 555     }
 556
 557     std::string mesg;
 558
 559     const real  interactionCutoff = std::max(ic->rcoulomb, ic->rvdw);
 560     if (listParams->useDynamicPruning)
 561     {
 562         mesg += gmx::formatString("Using a dual %dx%d pair-list setup updated with dynamic%s pruning:\n",
 563                                   ls.cluster_size_i, ls.cluster_size_j,
 564                                   listParams->numRollingPruningParts > 1 ? ", rolling" : "");
 565         mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 566         mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist, listParams->rlistInner, interactionCutoff);
 567     }
 568     else
 569     {
 570         mesg += gmx::formatString("Using a %dx%d pair-list setup:\n",
 571                                   ls.cluster_size_i, ls.cluster_size_j);
 572         mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, listParams->rlistOuter, interactionCutoff);
 573     }
 574     if (supportsDynamicPairlistGenerationInterval(*ir))
 575     {
 576         const VerletbufListSetup listSetup1x1 = { 1, 1 };
 577         const real               rlistOuter   =
 578             calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, ir->nstlist, ir->nstlist - 1,
 579                                  -1, listSetup1x1);
 580         real                     rlistInner   = rlistOuter;
 581         if (listParams->useDynamicPruning)
 582         {
 583             int listLifeTime = listParams->nstlistPrune - (useGpuList ? 0 : 1);
 584             rlistInner =
 585                 calcVerletBufferSize(*mtop, det(box), *ir, listParams->nstlistPrune, listLifeTime,
 586                                      -1, listSetup1x1);
 587         }
 588
 589         mesg += gmx::formatString("At tolerance %g kJ/mol/ps per atom, equivalent classical 1x1 list would be:\n",
 590                                   ir->verletbuf_tol);
 591         if (listParams->useDynamicPruning)
 592         {
 593             mesg += formatListSetup("outer", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 594             mesg += formatListSetup("inner", listParams->nstlistPrune, ir->nstlist, rlistInner, interactionCutoff);
 595         }
 596         else
 597         {
 598             mesg += formatListSetup("", ir->nstlist, ir->nstlist, rlistOuter, interactionCutoff);
 599         }
 600     }
 601
 602     GMX_LOG(mdlog.info).asParagraph().appendText(mesg);
 603 }