src/gromacs/nbnxm/opencl/nbnxm_ocl_kernel_pruneonly.clh

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *  \brief OpenCL pruning kernel.
  38  *
  39  *  OpenCL 1.2 support is expected; tested on AMD GCN and NVIDIA CC >3.0.
  40  *
  41  *  \author Szilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
  42  *  \ingroup module_nbnxm
  43  */
  44
  45 #include "nbnxm_ocl_kernel_utils.clh"
  46
  47 /* Note: the AMD compiler testing was done with (fglrx 15.12) performs best with wg
  48  * size 256 (this is an artificial compiler limitation). The compiler is also
  49  * sensitive to tidx/widx declaration and warp_any initialization.
  50  * With the current tweaks the regular prune kenel achieves 90%, the rolling 100%
  51  * occupancy with both Fiji and Hawaii.
  52  * TODO: if the wg size limit is removed in an upcoming AMD compiler the NTHREAD_Z=4
  53  * should be revisited.
  54  *
  55  */
  56 #define NTHREAD_Z GMX_NBNXN_PRUNE_KERNEL_J4_CONCURRENCY
  57
  58 __attribute__((reqd_work_group_size(CL_SIZE, CL_SIZE, NTHREAD_Z)))
  59 #ifdef HAVE_FRESH_LIST
  60 __kernel void
  61 nbnxn_kernel_prune_opencl
  62 #else
  63 __kernel void
  64 nbnxn_kernel_prune_rolling_opencl
  65 #endif
  66         (cl_nbparam_params_t nbparam_params,
  67          const __global float4* restrict xq,
  68          const __global float* restrict shift_vec,
  69          const __global nbnxn_sci_t* pl_sci,
  70          __global nbnxn_cj4_t* pl_cj4,
  71 #if !defined HAVE_FRESH_LIST
  72          const
  73 #endif
  74          __global unsigned int* restrict prePrunedImask,
  75          int                             numParts,
  76          int                             part,
  77          __local float4* xib)
  78 {
  79     /* convenience variables */
  80     const cl_nbparam_params_t* const nbparam = &nbparam_params;
  81
  82     const float rlistOuter_sq = nbparam->rlistOuter_sq;
  83     const float rlistInner_sq = nbparam->rlistInner_sq;
  84
  85     /* thread/block/warp id-s */
  86     const unsigned int tidxi = get_local_id(0);
  87     const unsigned int tidxj = get_local_id(1);
  88     const unsigned int tidx  = get_local_id(1) * get_local_size(0) + get_local_id(0);
  89 #if NTHREAD_Z == 1
  90     const unsigned int tidxz = 0;
  91 #else
  92     const unsigned int tidxz         = get_local_id(2);
  93 #endif
  94     const unsigned int bidx = get_group_id(0);
  95     const unsigned int widx = tidx / WARP_SIZE;
  96
  97 #ifdef HAVE_FRESH_LIST
  98     const bool haveFreshList = true;
  99 #else
 100     const bool         haveFreshList = false;
 101 #endif
 102
 103     // TODO move these consts to utils and unify their use with the nonbonded kernels
 104     const int c_numClPerSupercl = NCL_PER_SUPERCL;
 105     const int c_clSize          = CL_SIZE;
 106
 107     // TODO pass this value at compile-time as a macro
 108     const int c_nbnxnGpuClusterpairSplit = 2;
 109
 110     /*! i-cluster interaction mask for a super-cluster with all c_numClPerSupercl=8 bits set */
 111     const unsigned superClInteractionMask = ((1U << c_numClPerSupercl) - 1U);
 112
 113 #define LOCAL_OFFSET (xib + c_numClPerSupercl * c_clSize)
 114     /* shmem buffer for i cj pre-loading */
 115     CjType cjs = 0;
 116 #if USE_CJ_PREFETCH
 117     cjs = (((__local int*)(LOCAL_OFFSET)) + tidxz * c_nbnxnGpuClusterpairSplit * c_nbnxnGpuJgroupSize);
 118 #    undef LOCAL_OFFSET
 119 /* Offset calculated using xib because cjs depends on on tidxz! */
 120 #    define LOCAL_OFFSET                                      \
 121         (((__local int*)(xib + c_numClPerSupercl * c_clSize)) \
 122          + (NTHREAD_Z * c_nbnxnGpuClusterpairSplit * c_nbnxnGpuJgroupSize))
 123 #endif
 124 #if !USE_SUBGROUP_ANY
 125     /* Local buffer used to implement __any warp vote function from CUDA.
 126        volatile is used to avoid compiler optimizations for AMD builds. */
 127     volatile __local uint* const warp_any     = (__local uint*)(LOCAL_OFFSET);
 128     const unsigned int           warpVoteSlot = NTHREAD_Z * tidxz + widx;
 129     /* Initialise warp vote.*/
 130     if (tidx == 0 || tidx == 32)
 131     {
 132         warp_any[warpVoteSlot] = 0;
 133     }
 134 #else
 135     __local uint* const warp_any     = 0;
 136     const unsigned int  warpVoteSlot = 0;
 137 #endif
 138 #undef LOCAL_OFFSET
 139
 140     const nbnxn_sci_t nb_sci =
 141             pl_sci[bidx * numParts + part]; /* my i super-cluster's index = sciOffset + current bidx * numParts + part */
 142     const int sci        = nb_sci.sci;           /* super-cluster */
 143     const int cij4_start = nb_sci.cj4_ind_start; /* first ...*/
 144     const int cij4_end   = nb_sci.cj4_ind_end;   /* and last index of j clusters */
 145
 146     if (tidxz == 0)
 147     {
 148         for (int i = 0; i < NCL_PER_SUPERCL; i += CL_SIZE)
 149         {
 150             /* Pre-load i-atom x and q into shared memory */
 151             const int ci = sci * c_numClPerSupercl + tidxj + i;
 152             const int ai = ci * c_clSize + tidxi;
 153
 154             /* We don't need q, but using float4 in shmem avoids bank conflicts */
 155             const float4 tmp = xq[ai];
 156             const float4 xi  = tmp
 157                               + (float4)(shift_vec[3 * nb_sci.shift], shift_vec[3 * nb_sci.shift + 1],
 158                                          shift_vec[3 * nb_sci.shift + 2], 0.0f);
 159             xib[(tidxj + i) * c_clSize + tidxi] = xi;
 160         }
 161     }
 162     barrier(CLK_LOCAL_MEM_FENCE);
 163
 164
 165     /* loop over the j clusters = seen by any of the atoms in the current super-cluster */
 166     for (int j4 = cij4_start + tidxz; j4 < cij4_end; j4 += NTHREAD_Z)
 167     {
 168         unsigned int imaskFull, imaskCheck, imaskNew;
 169
 170         if (haveFreshList)
 171         {
 172             /* Read the mask from the list transferred from the CPU */
 173             imaskFull = pl_cj4[j4].imei[widx].imask;
 174             /* We attempt to prune all pairs present in the original list */
 175             imaskCheck = imaskFull;
 176             imaskNew   = 0;
 177         }
 178         else
 179         {
 180             /* Read the mask from the "warp-pruned" by rlistOuter mask array */
 181             imaskFull = prePrunedImask[j4 * c_nbnxnGpuClusterpairSplit + widx];
 182             /* Read the old rolling pruned mask, use as a base for new */
 183             imaskNew = pl_cj4[j4].imei[widx].imask;
 184             /* We only need to check pairs with different mask */
 185             imaskCheck = (imaskNew ^ imaskFull);
 186         }
 187
 188         preloadCj4(&cjs, pl_cj4[j4].cj, tidxi, tidxj, imaskCheck != 0u);
 189
 190         if (imaskCheck)
 191         {
 192 #pragma unroll 4
 193             for (int jm = 0; jm < c_nbnxnGpuJgroupSize; jm++)
 194             {
 195                 if (imaskCheck & (superClInteractionMask << (jm * c_numClPerSupercl)))
 196                 {
 197                     unsigned int mask_ji = (1U << (jm * c_numClPerSupercl));
 198
 199                     const int cj = loadCj(cjs, pl_cj4[j4].cj, jm, tidxi, tidxj);
 200                     const int aj = cj * c_clSize + tidxj;
 201
 202                     /* load j atom data */
 203                     const float4 tmp = xq[aj];
 204                     const float3 xj  = (float3)(tmp.xyz);
 205
 206 #pragma unroll 8
 207                     for (int i = 0; i < c_numClPerSupercl; i++)
 208                     {
 209                         if (imaskCheck & mask_ji)
 210                         {
 211                             /* load i-cluster coordinates from shmem */
 212                             const float4 xi = xib[i * c_clSize + tidxi];
 213
 214                             /* distance between i and j atoms */
 215                             const float3 rv = (float3)(xi.xyz) - xj;
 216                             const float  r2 = norm2(rv);
 217
 218                             if (haveFreshList)
 219                             {
 220                                 /* If _none_ of the atoms pairs are in cutoff range,
 221                                    the bit corresponding to the current
 222                                    cluster-pair in imask gets set to 0. */
 223                                 if (!gmx_sub_group_any(warp_any, warpVoteSlot, r2 < rlistOuter_sq))
 224                                 {
 225                                     imaskFull &= ~mask_ji;
 226                                 }
 227                             }
 228                             /* If any atom pair is within range, set the bit
 229                                corresponding to the current cluster-pair. */
 230                             if (gmx_sub_group_any(warp_any, warpVoteSlot, r2 < rlistInner_sq))
 231                             {
 232                                 imaskNew |= mask_ji;
 233                             }
 234                         }
 235
 236                         /* shift the mask bit by 1 */
 237                         mask_ji += mask_ji;
 238                     }
 239                 }
 240             }
 241
 242 #ifdef HAVE_FRESH_LIST
 243             {
 244                 /* copy the list pruned to rlistOuter to a separate buffer */
 245                 prePrunedImask[j4 * c_nbnxnGpuClusterpairSplit + widx] = imaskFull;
 246             }
 247 #endif
 248             /* update the imask with only the pairs up to rlistInner */
 249             pl_cj4[j4].imei[widx].imask = imaskNew;
 250         }
 251     }
 252 }
 253
 254 #undef USE_CJ_PREFETCH