src/gromacs/nbnxm/nbnxm_setup.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Common functions for the different NBNXN GPU implementations.
  37  *
  38  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  39  *
  40  * \ingroup module_nbnxm
  41  */
  42
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "gromacs/domdec/domdec.h"
  46 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  47 #include "gromacs/hardware/hw_info.h"
  48 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/commrec.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  53 #include "gromacs/nbnxm/atomdata.h"
  54 #include "gromacs/nbnxm/gpu_data_mgmt.h"
  55 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  56 #include "gromacs/nbnxm/pairlist_tuning.h"
  57 #include "gromacs/simd/simd.h"
  58 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/logger.h"
  61
  62 #include "grid.h"
  63 #include "nbnxm_geometry.h"
  64 #include "nbnxm_simd.h"
  65 #include "pairlist.h"
  66 #include "pairlistset.h"
  67 #include "pairlistsets.h"
  68 #include "pairsearch.h"
  69
  70 namespace Nbnxm
  71 {
  72
  73 /*! \brief Resources that can be used to execute non-bonded kernels on */
  74 enum class NonbondedResource : int
  75 {
  76     Cpu,
  77     Gpu,
  78     EmulateGpu
  79 };
  80
  81 /*! \brief Returns whether CPU SIMD support exists for the given inputrec
  82  *
  83  * If the return value is FALSE and fplog/cr != NULL, prints a fallback
  84  * message to fplog/stderr.
  85  */
  86 static gmx_bool nbnxn_simd_supported(const gmx::MDLogger& mdlog, const t_inputrec* ir)
  87 {
  88     if (ir->vdwtype == evdwPME && ir->ljpme_combination_rule == eljpmeLB)
  89     {
  90         /* LJ PME with LB combination rule does 7 mesh operations.
  91          * This so slow that we don't compile SIMD non-bonded kernels
  92          * for that. */
  93         GMX_LOG(mdlog.warning)
  94                 .asParagraph()
  95                 .appendText(
  96                         "LJ-PME with Lorentz-Berthelot is not supported with SIMD kernels, falling "
  97                         "back to plain C kernels");
  98         return FALSE;
  99     }
 100
 101     return TRUE;
 102 }
 103
 104 /*! \brief Returns the most suitable CPU kernel type and Ewald handling */
 105 static KernelSetup pick_nbnxn_kernel_cpu(const t_inputrec gmx_unused* ir,
 106                                          const gmx_hw_info_t gmx_unused& hardwareInfo)
 107 {
 108     KernelSetup kernelSetup;
 109
 110     if (!GMX_SIMD)
 111     {
 112         kernelSetup.kernelType         = KernelType::Cpu4x4_PlainC;
 113         kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Table;
 114     }
 115     else
 116     {
 117 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_4XN
 118         kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_4xN;
 119 #endif
 120 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_2XNN
 121         kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_2xNN;
 122 #endif
 123
 124 #if defined GMX_NBNXN_SIMD_2XNN && defined GMX_NBNXN_SIMD_4XN
 125         /* We need to choose if we want 2x(N+N) or 4xN kernels.
 126          * This is based on the SIMD acceleration choice and CPU information
 127          * detected at runtime.
 128          *
 129          * 4xN calculates more (zero) interactions, but has less pair-search
 130          * work and much better kernel instruction scheduling.
 131          *
 132          * Up till now we have only seen that on Intel Sandy/Ivy Bridge,
 133          * which doesn't have FMA, both the analytical and tabulated Ewald
 134          * kernels have similar pair rates for 4x8 and 2x(4+4), so we choose
 135          * 2x(4+4) because it results in significantly fewer pairs.
 136          * For RF, the raw pair rate of the 4x8 kernel is higher than 2x(4+4),
 137          * 10% with HT, 50% without HT. As we currently don't detect the actual
 138          * use of HT, use 4x8 to avoid a potential performance hit.
 139          * On Intel Haswell 4x8 is always faster.
 140          */
 141         kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_4xN;
 142
 143         if (!GMX_SIMD_HAVE_FMA && (EEL_PME_EWALD(ir->coulombtype) || EVDW_PME(ir->vdwtype)))
 144         {
 145             /* We have Ewald kernels without FMA (Intel Sandy/Ivy Bridge).
 146              * There are enough instructions to make 2x(4+4) efficient.
 147              */
 148             kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_2xNN;
 149         }
 150
 151         if (hardwareInfo.haveAmdZen1Cpu)
 152         {
 153             /* One 256-bit FMA per cycle makes 2xNN faster */
 154             kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_2xNN;
 155         }
 156 #endif /* GMX_NBNXN_SIMD_2XNN && GMX_NBNXN_SIMD_4XN */
 157
 158
 159         if (getenv("GMX_NBNXN_SIMD_4XN") != nullptr)
 160         {
 161 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_4XN
 162             kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_4xN;
 163 #else
 164             gmx_fatal(FARGS,
 165                       "SIMD 4xN kernels requested, but GROMACS has been compiled without support "
 166                       "for these kernels");
 167 #endif
 168         }
 169         if (getenv("GMX_NBNXN_SIMD_2XNN") != nullptr)
 170         {
 171 #ifdef GMX_NBNXN_SIMD_2XNN
 172             kernelSetup.kernelType = KernelType::Cpu4xN_Simd_2xNN;
 173 #else
 174             gmx_fatal(FARGS,
 175                       "SIMD 2x(N+N) kernels requested, but GROMACS has been compiled without "
 176                       "support for these kernels");
 177 #endif
 178         }
 179
 180         /* Analytical Ewald exclusion correction is only an option in
 181          * the SIMD kernel.
 182          * Since table lookup's don't parallelize with SIMD, analytical
 183          * will probably always be faster for a SIMD width of 8 or more.
 184          * With FMA analytical is sometimes faster for a width if 4 as well.
 185          * In single precision, this is faster on Bulldozer.
 186          * On AMD Zen, tabulated Ewald kernels are faster on all 4 combinations
 187          * of single or double precision and 128 or 256-bit AVX2.
 188          */
 189         if (
 190 #if GMX_SIMD
 191                 (GMX_SIMD_REAL_WIDTH >= 8 || (GMX_SIMD_REAL_WIDTH >= 4 && GMX_SIMD_HAVE_FMA && !GMX_DOUBLE)) &&
 192 #endif
 193                 !hardwareInfo.haveAmdZen1Cpu)
 194         {
 195             kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Analytical;
 196         }
 197         else
 198         {
 199             kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Table;
 200         }
 201         if (getenv("GMX_NBNXN_EWALD_TABLE") != nullptr)
 202         {
 203             kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Table;
 204         }
 205         if (getenv("GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL") != nullptr)
 206         {
 207             kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Analytical;
 208         }
 209     }
 210
 211     return kernelSetup;
 212 }
 213
 214 const char* lookup_kernel_name(const KernelType kernelType)
 215 {
 216     const char* returnvalue = nullptr;
 217     switch (kernelType)
 218     {
 219         case KernelType::NotSet: returnvalue = "not set"; break;
 220         case KernelType::Cpu4x4_PlainC: returnvalue = "plain C"; break;
 221         case KernelType::Cpu4xN_Simd_4xN:
 222         case KernelType::Cpu4xN_Simd_2xNN:
 223 #if GMX_SIMD
 224             returnvalue = "SIMD";
 225 #else  // GMX_SIMD
 226             returnvalue = "not available";
 227 #endif // GMX_SIMD
 228             break;
 229         case KernelType::Gpu8x8x8: returnvalue = "GPU"; break;
 230         case KernelType::Cpu8x8x8_PlainC: returnvalue = "plain C"; break;
 231
 232         default: gmx_fatal(FARGS, "Illegal kernel type selected");
 233     }
 234     return returnvalue;
 235 };
 236
 237 /*! \brief Returns the most suitable kernel type and Ewald handling */
 238 static KernelSetup pick_nbnxn_kernel(const gmx::MDLogger&     mdlog,
 239                                      gmx_bool                 use_simd_kernels,
 240                                      const gmx_hw_info_t&     hardwareInfo,
 241                                      const NonbondedResource& nonbondedResource,
 242                                      const t_inputrec*        ir,
 243                                      gmx_bool                 bDoNonbonded)
 244 {
 245     KernelSetup kernelSetup;
 246
 247     if (nonbondedResource == NonbondedResource::EmulateGpu)
 248     {
 249         kernelSetup.kernelType         = KernelType::Cpu8x8x8_PlainC;
 250         kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::DecidedByGpuModule;
 251
 252         if (bDoNonbonded)
 253         {
 254             GMX_LOG(mdlog.warning)
 255                     .asParagraph()
 256                     .appendText("Emulating a GPU run on the CPU (slow)");
 257         }
 258     }
 259     else if (nonbondedResource == NonbondedResource::Gpu)
 260     {
 261         kernelSetup.kernelType         = KernelType::Gpu8x8x8;
 262         kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::DecidedByGpuModule;
 263     }
 264     else
 265     {
 266         if (use_simd_kernels && nbnxn_simd_supported(mdlog, ir))
 267         {
 268             kernelSetup = pick_nbnxn_kernel_cpu(ir, hardwareInfo);
 269         }
 270         else
 271         {
 272             kernelSetup.kernelType         = KernelType::Cpu4x4_PlainC;
 273             kernelSetup.ewaldExclusionType = EwaldExclusionType::Analytical;
 274         }
 275     }
 276
 277     if (bDoNonbonded)
 278     {
 279         GMX_LOG(mdlog.info)
 280                 .asParagraph()
 281                 .appendTextFormatted("Using %s %dx%d nonbonded short-range kernels",
 282                                      lookup_kernel_name(kernelSetup.kernelType),
 283                                      IClusterSizePerKernelType[kernelSetup.kernelType],
 284                                      JClusterSizePerKernelType[kernelSetup.kernelType]);
 285
 286         if (KernelType::Cpu4x4_PlainC == kernelSetup.kernelType
 287             || KernelType::Cpu8x8x8_PlainC == kernelSetup.kernelType)
 288         {
 289             GMX_LOG(mdlog.warning)
 290                     .asParagraph()
 291                     .appendTextFormatted(
 292                             "WARNING: Using the slow %s kernels. This should\n"
 293                             "not happen during routine usage on supported platforms.",
 294                             lookup_kernel_name(kernelSetup.kernelType));
 295         }
 296     }
 297
 298     GMX_RELEASE_ASSERT(kernelSetup.kernelType != KernelType::NotSet
 299                                && kernelSetup.ewaldExclusionType != EwaldExclusionType::NotSet,
 300                        "All kernel setup parameters should be set here");
 301
 302     return kernelSetup;
 303 }
 304
 305 } // namespace Nbnxm
 306
 307 PairlistSets::PairlistSets(const PairlistParams& pairlistParams,
 308                            const bool            haveMultipleDomains,
 309                            const int             minimumIlistCountForGpuBalancing) :
 310     params_(pairlistParams),
 311     minimumIlistCountForGpuBalancing_(minimumIlistCountForGpuBalancing)
 312 {
 313     localSet_ = std::make_unique<PairlistSet>(gmx::InteractionLocality::Local, params_);
 314
 315     if (haveMultipleDomains)
 316     {
 317         nonlocalSet_ = std::make_unique<PairlistSet>(gmx::InteractionLocality::NonLocal, params_);
 318     }
 319 }
 320
 321 namespace Nbnxm
 322 {
 323
 324 /*! \brief Gets and returns the minimum i-list count for balacing based on the GPU used or env.var. when set */
 325 static int getMinimumIlistCountForGpuBalancing(NbnxmGpu* nbnxmGpu)
 326 {
 327     int minimumIlistCount;
 328
 329     if (const char* env = getenv("GMX_NB_MIN_CI"))
 330     {
 331         char* end;
 332
 333         minimumIlistCount = strtol(env, &end, 10);
 334         if (!end || (*end != 0) || minimumIlistCount < 0)
 335         {
 336             gmx_fatal(FARGS,
 337                       "Invalid value passed in GMX_NB_MIN_CI=%s, non-negative integer required", env);
 338         }
 339
 340         if (debug)
 341         {
 342             fprintf(debug, "Neighbor-list balancing parameter: %d (passed as env. var.)\n",
 343                     minimumIlistCount);
 344         }
 345     }
 346     else
 347     {
 348         minimumIlistCount = gpu_min_ci_balanced(nbnxmGpu);
 349         if (debug)
 350         {
 351             fprintf(debug,
 352                     "Neighbor-list balancing parameter: %d (auto-adjusted to the number of GPU "
 353                     "multi-processors)\n",
 354                     minimumIlistCount);
 355         }
 356     }
 357
 358     return minimumIlistCount;
 359 }
 360
 361 std::unique_ptr<nonbonded_verlet_t> init_nb_verlet(const gmx::MDLogger& mdlog,
 362                                                    const t_inputrec*    ir,
 363                                                    const t_forcerec*    fr,
 364                                                    const t_commrec*     cr,
 365                                                    const gmx_hw_info_t& hardwareInfo,
 366                                                    const bool           useGpuForNonbonded,
 367                                                    const gmx::DeviceStreamManager* deviceStreamManager,
 368                                                    const gmx_mtop_t*               mtop,
 369                                                    matrix                          box,
 370                                                    gmx_wallcycle*                  wcycle)
 371 {
 372     const bool emulateGpu = (getenv("GMX_EMULATE_GPU") != nullptr);
 373
 374     GMX_RELEASE_ASSERT(!(emulateGpu && useGpuForNonbonded),
 375                        "When GPU emulation is active, there cannot be a GPU assignment");
 376
 377     NonbondedResource nonbondedResource;
 378     if (useGpuForNonbonded)
 379     {
 380         nonbondedResource = NonbondedResource::Gpu;
 381     }
 382     else if (emulateGpu)
 383     {
 384         nonbondedResource = NonbondedResource::EmulateGpu;
 385     }
 386     else
 387     {
 388         nonbondedResource = NonbondedResource::Cpu;
 389     }
 390
 391     Nbnxm::KernelSetup kernelSetup = pick_nbnxn_kernel(mdlog, fr->use_simd_kernels, hardwareInfo,
 392                                                        nonbondedResource, ir, fr->bNonbonded);
 393
 394     const bool haveMultipleDomains = havePPDomainDecomposition(cr);
 395
 396     bool           bFEP_NonBonded = (fr->efep != efepNO) && haveFepPerturbedNBInteractions(mtop);
 397     PairlistParams pairlistParams(kernelSetup.kernelType, bFEP_NonBonded, ir->rlist, haveMultipleDomains);
 398
 399     setupDynamicPairlistPruning(mdlog, ir, mtop, box, fr->ic, &pairlistParams);
 400
 401     int enbnxninitcombrule;
 402     if (fr->ic->vdwtype == evdwCUT
 403         && (fr->ic->vdw_modifier == eintmodNONE || fr->ic->vdw_modifier == eintmodPOTSHIFT)
 404         && getenv("GMX_NO_LJ_COMB_RULE") == nullptr)
 405     {
 406         /* Plain LJ cut-off: we can optimize with combination rules */
 407         enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleDETECT;
 408     }
 409     else if (fr->ic->vdwtype == evdwPME)
 410     {
 411         /* LJ-PME: we need to use a combination rule for the grid */
 412         if (fr->ljpme_combination_rule == eljpmeGEOM)
 413         {
 414             enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleGEOM;
 415         }
 416         else
 417         {
 418             enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleLB;
 419         }
 420     }
 421     else
 422     {
 423         /* We use a full combination matrix: no rule required */
 424         enbnxninitcombrule = enbnxninitcombruleNONE;
 425     }
 426
 427     auto pinPolicy = (useGpuForNonbonded ? gmx::PinningPolicy::PinnedIfSupported
 428                                          : gmx::PinningPolicy::CannotBePinned);
 429
 430     auto nbat = std::make_unique<nbnxn_atomdata_t>(pinPolicy);
 431
 432     int mimimumNumEnergyGroupNonbonded = ir->opts.ngener;
 433     if (ir->opts.ngener - ir->nwall == 1)
 434     {
 435         /* We have only one non-wall energy group, we do not need energy group
 436          * support in the non-bondeds kernels, since all non-bonded energy
 437          * contributions go to the first element of the energy group matrix.
 438          */
 439         mimimumNumEnergyGroupNonbonded = 1;
 440     }
 441     nbnxn_atomdata_init(mdlog, nbat.get(), kernelSetup.kernelType, enbnxninitcombrule, fr->ntype,
 442                         fr->nbfp, mimimumNumEnergyGroupNonbonded,
 443                         (useGpuForNonbonded || emulateGpu) ? 1 : gmx_omp_nthreads_get(emntNonbonded));
 444
 445     NbnxmGpu* gpu_nbv                          = nullptr;
 446     int       minimumIlistCountForGpuBalancing = 0;
 447     if (useGpuForNonbonded)
 448     {
 449         /* init the NxN GPU data; the last argument tells whether we'll have
 450          * both local and non-local NB calculation on GPU */
 451         GMX_RELEASE_ASSERT(
 452                 (deviceStreamManager != nullptr),
 453                 "Device stream manager should be initialized in order to use GPU for non-bonded.");
 454         gpu_nbv = gpu_init(*deviceStreamManager, fr->ic, pairlistParams, nbat.get(), haveMultipleDomains);
 455
 456         minimumIlistCountForGpuBalancing = getMinimumIlistCountForGpuBalancing(gpu_nbv);
 457     }
 458
 459     auto pairlistSets = std::make_unique<PairlistSets>(pairlistParams, haveMultipleDomains,
 460                                                        minimumIlistCountForGpuBalancing);
 461
 462     auto pairSearch = std::make_unique<PairSearch>(
 463             ir->pbcType, EI_TPI(ir->eI), DOMAINDECOMP(cr) ? &cr->dd->numCells : nullptr,
 464             DOMAINDECOMP(cr) ? domdec_zones(cr->dd) : nullptr, pairlistParams.pairlistType,
 465             bFEP_NonBonded, gmx_omp_nthreads_get(emntPairsearch), pinPolicy);
 466
 467     return std::make_unique<nonbonded_verlet_t>(std::move(pairlistSets), std::move(pairSearch),
 468                                                 std::move(nbat), kernelSetup, gpu_nbv, wcycle);
 469 }
 470
 471 } // namespace Nbnxm
 472
 473 nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr<PairlistSets>     pairlistSets,
 474                                        std::unique_ptr<PairSearch>       pairSearch,
 475                                        std::unique_ptr<nbnxn_atomdata_t> nbat_in,
 476                                        const Nbnxm::KernelSetup&         kernelSetup,
 477                                        NbnxmGpu*                         gpu_nbv_ptr,
 478                                        gmx_wallcycle*                    wcycle) :
 479     pairlistSets_(std::move(pairlistSets)),
 480     pairSearch_(std::move(pairSearch)),
 481     nbat(std::move(nbat_in)),
 482     kernelSetup_(kernelSetup),
 483     wcycle_(wcycle),
 484     gpu_nbv(gpu_nbv_ptr)
 485 {
 486     GMX_RELEASE_ASSERT(pairlistSets_, "Need valid pairlistSets");
 487     GMX_RELEASE_ASSERT(pairSearch_, "Need valid search object");
 488     GMX_RELEASE_ASSERT(nbat, "Need valid atomdata object");
 489 }
 490
 491 nonbonded_verlet_t::~nonbonded_verlet_t()
 492 {
 493     Nbnxm::gpu_free(gpu_nbv);
 494 }