src/gromacs/nbnxm/nbnxm_geometry.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "nbnxm_geometry.h"
  40
  41 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  42 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 #include "pairlist.h"
  46
  47 /* Clusters at the cut-off only increase rlist by 60% of their size */
  48 static constexpr real c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor = 0.6;
  49
  50 real nbnxn_get_rlist_effective_inc(const int jClusterSize, const real atomDensity)
  51 {
  52     /* We should get this from the setup, but currently it's the same for
  53      * all setups, including GPUs.
  54      */
  55     const real iClusterSize = c_nbnxnCpuIClusterSize;
  56
  57     const real iVolumeIncrease = (iClusterSize - 1) / atomDensity;
  58     const real jVolumeIncrease = (jClusterSize - 1) / atomDensity;
  59
  60     return c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor * std::cbrt(iVolumeIncrease + jVolumeIncrease);
  61 }
  62
  63 real nbnxn_get_rlist_effective_inc(const int clusterSize, const gmx::RVec& averageClusterBoundingBox)
  64 {
  65     /* The average length of the diagonal of a sub cell */
  66     const real diagonal = std::sqrt(norm2(averageClusterBoundingBox));
  67
  68     const real volumeRatio = (clusterSize - 1.0_real) / clusterSize;
  69
  70     return c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor * gmx::square(volumeRatio) * 0.5_real * diagonal;
  71 }