src/gromacs/nbnxm/nbnxm_geometry.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "nbnxm_geometry.h"
  39
  40 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  41 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  42 #include "gromacs/utility/real.h"
  43
  44 #include "pairlist.h"
  45
  46 /* Clusters at the cut-off only increase rlist by 60% of their size */
  47 static constexpr real c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor = 0.6;
  48
  49 real nbnxn_get_rlist_effective_inc(const int jClusterSize, const real atomDensity)
  50 {
  51     /* We should get this from the setup, but currently it's the same for
  52      * all setups, including GPUs.
  53      */
  54     const real iClusterSize = c_nbnxnCpuIClusterSize;
  55
  56     const real iVolumeIncrease = (iClusterSize - 1) / atomDensity;
  57     const real jVolumeIncrease = (jClusterSize - 1) / atomDensity;
  58
  59     return c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor * std::cbrt(iVolumeIncrease + jVolumeIncrease);
  60 }
  61
  62 real nbnxn_get_rlist_effective_inc(const int clusterSize, const gmx::RVec& averageClusterBoundingBox)
  63 {
  64     /* The average length of the diagonal of a sub cell */
  65     const real diagonal = std::sqrt(norm2(averageClusterBoundingBox));
  66
  67     const real volumeRatio = (clusterSize - 1.0_real) / clusterSize;
  68
  69     return c_nbnxnRlistIncreaseOutsideFactor * gmx::square(volumeRatio) * 0.5_real * diagonal;
  70 }