src/gromacs/nbnxm/nbnxm.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  * \brief
  38  * Implements the Nbnxm class
  39  *
  40  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  41  * \ingroup module_nbnxm
  42  */
  43
  44 #include "gmxpre.h"
  45
  46 #include "nbnxm.h"
  47
  48 #include "gromacs/domdec/domdec_struct.h"
  49 #include "gromacs/nbnxm/atomdata.h"
  50
  51 #include "internal.h"
  52
  53 /*! \cond INTERNAL */
  54
  55 void nbnxn_put_on_grid(nonbonded_verlet_t             *nb_verlet,
  56                        const matrix                    box,
  57                        int                             ddZone,
  58                        const rvec                      lowerCorner,
  59                        const rvec                      upperCorner,
  60                        const gmx::UpdateGroupsCog     *updateGroupsCog,
  61                        int                             atomStart,
  62                        int                             atomEnd,
  63                        real                            atomDensity,
  64                        const int                      *atinfo,
  65                        gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  x,
  66                        int                             numAtomsMoved,
  67                        const int                      *move)
  68 {
  69     nb_verlet->pairSearch_->putOnGrid(box, ddZone, lowerCorner, upperCorner,
  70                                       updateGroupsCog, atomStart, atomEnd, atomDensity,
  71                                       atinfo, x, numAtomsMoved, move,
  72                                       nb_verlet->nbat.get());
  73 }
  74
  75 /* Calls nbnxn_put_on_grid for all non-local domains */
  76 void nbnxn_put_on_grid_nonlocal(nonbonded_verlet_t              *nbv,
  77                                 const struct gmx_domdec_zones_t *zones,
  78                                 const int                       *atinfo,
  79                                 gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>   x)
  80 {
  81     for (int zone = 1; zone < zones->n; zone++)
  82     {
  83         rvec c0, c1;
  84         for (int d = 0; d < DIM; d++)
  85         {
  86             c0[d] = zones->size[zone].bb_x0[d];
  87             c1[d] = zones->size[zone].bb_x1[d];
  88         }
  89
  90         nbnxn_put_on_grid(nbv, nullptr,
  91                           zone, c0, c1,
  92                           nullptr,
  93                           zones->cg_range[zone],
  94                           zones->cg_range[zone+1],
  95                           -1,
  96                           atinfo,
  97                           x,
  98                           0, nullptr);
  99     }
 100 }
 101
 102 gmx::ArrayRef<const int> nonbonded_verlet_t::getLocalAtomOrder() const
 103 {
 104     /* Return the atom order for the home cell (index 0) */
 105     const Nbnxm::Grid &grid       = pairSearch_->gridSet().grids()[0];
 106
 107     const int          numIndices = grid.atomIndexEnd() - grid.firstAtomInColumn(0);
 108
 109     return gmx::constArrayRefFromArray(pairSearch_->gridSet().atomIndices().data(), numIndices);
 110 }
 111
 112 void nonbonded_verlet_t::setLocalAtomOrder()
 113 {
 114     pairSearch_->setLocalAtomOrder();
 115 }
 116
 117 void nonbonded_verlet_t::setAtomProperties(const t_mdatoms &mdatoms,
 118                                            const int       &atinfo)
 119 {
 120     nbnxn_atomdata_set(nbat.get(), *pairSearch_, &mdatoms, &atinfo);
 121 }
 122
 123 void nonbonded_verlet_t::setCoordinates(const Nbnxm::AtomLocality       locality,
 124                                         const bool                      fillLocal,
 125                                         gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  x,
 126                                         gmx_wallcycle                  *wcycle)
 127 {
 128     nbnxn_atomdata_copy_x_to_nbat_x(*pairSearch_, locality, fillLocal,
 129                                     as_rvec_array(x.data()),
 130                                     nbat.get(), wcycle);
 131 }
 132
 133 void nonbonded_verlet_t::getLocalNumCells(int *numCellsX,
 134                                           int *numCellsY) const
 135 {
 136     pairSearch_->gridSet().getLocalNumCells(numCellsX, numCellsY);
 137 }
 138
 139 gmx::ArrayRef<const int> nonbonded_verlet_t::getGridIndices() const
 140 {
 141     return pairSearch_->gridSet().cells();
 142 }
 143
 144 /*! \endcond */