src/gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "kernel_ref.h"
  38
  39 #include <cassert>
  40 #include <cmath>
  41
  42 #include <algorithm>
  43
  44 #include "gromacs/math/functions.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  49 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  50 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  51 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  52 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  53
  54 /* Analytical reaction-field kernels */
  55 #define CALC_COUL_RF
  56 #define LJ_CUT
  57 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  58 #undef LJ_CUT
  59 #define LJ_FORCE_SWITCH
  60 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  61 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  62 #define LJ_POT_SWITCH
  63 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  64 #undef LJ_POT_SWITCH
  65 #define LJ_EWALD
  66 #define LJ_CUT
  67 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  68 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  69 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  70 #define LJ_EWALD_COMB_LB
  71 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  72 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
  73 #undef LJ_CUT
  74 #undef LJ_EWALD
  75 #undef CALC_COUL_RF
  76
  77
  78 /* Tabulated exclusion interaction electrostatics kernels */
  79 #define CALC_COUL_TAB
  80 #define LJ_CUT
  81 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  82 #undef LJ_CUT
  83 #define LJ_FORCE_SWITCH
  84 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  85 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  86 #define LJ_POT_SWITCH
  87 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  88 #undef LJ_POT_SWITCH
  89 #define LJ_EWALD
  90 #define LJ_CUT
  91 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  92 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  93 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  94 #define LJ_EWALD_COMB_LB
  95 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
  96 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
  97 #undef LJ_CUT
  98 #undef LJ_EWALD
  99 /* Twin-range cut-off kernels */
 100 #define VDW_CUTOFF_CHECK
 101 #define LJ_CUT
 102 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
 103 #undef LJ_CUT
 104 #define LJ_FORCE_SWITCH
 105 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
 106 #undef LJ_FORCE_SWITCH
 107 #define LJ_POT_SWITCH
 108 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
 109 #undef LJ_POT_SWITCH
 110 #define LJ_EWALD
 111 #define LJ_CUT
 112 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
 113 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
 114 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
 115 #define LJ_EWALD_COMB_LB
 116 #include "gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref_includes.h"
 117 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
 118 #undef LJ_CUT
 119 #undef LJ_EWALD
 120 #undef VDW_CUTOFF_CHECK
 121 #undef CALC_COUL_TAB