src/gromacs/nbnxm/kernels_reference/kernel_ref.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "kernel_ref.h"
  39
  40 #include <cassert>
  41 #include <cmath>
  42
  43 #include <algorithm>
  44
  45 #include "gromacs/math/functions.h"
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  50 #include "gromacs/nbnxm/nbnxm.h"
  51 #include "gromacs/pbcutil/ishift.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  54
  55 /* Analytical reaction-field kernels */
  56 #define CALC_COUL_RF
  57 #define LJ_CUT
  58 #include "kernel_ref_includes.h"
  59 #undef LJ_CUT
  60 #define LJ_FORCE_SWITCH
  61 #include "kernel_ref_includes.h"
  62 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  63 #define LJ_POT_SWITCH
  64 #include "kernel_ref_includes.h"
  65 #undef LJ_POT_SWITCH
  66 #define LJ_EWALD
  67 #define LJ_CUT
  68 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  69 #include "kernel_ref_includes.h"
  70 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  71 #define LJ_EWALD_COMB_LB
  72 #include "kernel_ref_includes.h"
  73 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
  74 #undef LJ_CUT
  75 #undef LJ_EWALD
  76 #undef CALC_COUL_RF
  77
  78
  79 /* Tabulated exclusion interaction electrostatics kernels */
  80 #define CALC_COUL_TAB
  81 #define LJ_CUT
  82 #include "kernel_ref_includes.h"
  83 #undef LJ_CUT
  84 #define LJ_FORCE_SWITCH
  85 #include "kernel_ref_includes.h"
  86 #undef LJ_FORCE_SWITCH
  87 #define LJ_POT_SWITCH
  88 #include "kernel_ref_includes.h"
  89 #undef LJ_POT_SWITCH
  90 #define LJ_EWALD
  91 #define LJ_CUT
  92 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
  93 #include "kernel_ref_includes.h"
  94 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
  95 #define LJ_EWALD_COMB_LB
  96 #include "kernel_ref_includes.h"
  97 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
  98 #undef LJ_CUT
  99 #undef LJ_EWALD
 100 /* Twin-range cut-off kernels */
 101 #define VDW_CUTOFF_CHECK
 102 #define LJ_CUT
 103 #include "kernel_ref_includes.h"
 104 #undef LJ_CUT
 105 #define LJ_FORCE_SWITCH
 106 #include "kernel_ref_includes.h"
 107 #undef LJ_FORCE_SWITCH
 108 #define LJ_POT_SWITCH
 109 #include "kernel_ref_includes.h"
 110 #undef LJ_POT_SWITCH
 111 #define LJ_EWALD
 112 #define LJ_CUT
 113 #define LJ_EWALD_COMB_GEOM
 114 #include "kernel_ref_includes.h"
 115 #undef LJ_EWALD_COMB_GEOM
 116 #define LJ_EWALD_COMB_LB
 117 #include "kernel_ref_includes.h"
 118 #undef LJ_EWALD_COMB_LB
 119 #undef LJ_CUT
 120 #undef LJ_EWALD
 121 #undef VDW_CUTOFF_CHECK
 122 #undef CALC_COUL_TAB