src/gromacs/nbnxm/kernel_common.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2017 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 /*! \internal \file
  38  *
  39  * \brief
  40  * Declares the nbnxm pair interaction kernel function types and kind counts, also declares utility functions used in nbnxm_kernel.cpp.
  41  *
  42  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  43  * \ingroup module_nbnxm
  44  */
  45
  46 #ifndef GMX_NBXNM_KERNEL_COMMON_H
  47 #define GMX_NBXNM_KERNEL_COMMON_H
  48
  49 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  50 /* nbnxn_atomdata_t and nbnxn_pairlist_t could be forward declared, but that requires modifications in all SIMD kernel files */
  51 #include "gromacs/nbnxm/atomdata.h"
  52 #include "gromacs/utility/real.h"
  53
  54 #include "pairlist.h"
  55
  56 struct interaction_const_t;
  57 enum class CoulombInteractionType : int;
  58
  59 namespace Nbnxm
  60 {
  61 enum class EwaldExclusionType : int;
  62 }
  63
  64 // TODO: Consider using one nbk_func type now ener and noener are identical
  65
  66 /*! \brief Pair-interaction kernel type that also calculates energies.
  67  */
  68 typedef void(nbk_func_ener)(const NbnxnPairlistCpu*    nbl,
  69                             const nbnxn_atomdata_t*    nbat,
  70                             const interaction_const_t* ic,
  71                             const rvec*                shift_vec,
  72                             nbnxn_atomdata_output_t*   out);
  73
  74 /*! \brief Pointer to \p nbk_func_ener.
  75  */
  76 typedef nbk_func_ener* p_nbk_func_ener;
  77
  78 /*! \brief Pair-interaction kernel type that does not calculates energies.
  79  */
  80 typedef void(nbk_func_noener)(const NbnxnPairlistCpu*    nbl,
  81                               const nbnxn_atomdata_t*    nbat,
  82                               const interaction_const_t* ic,
  83                               const rvec*                shift_vec,
  84                               nbnxn_atomdata_output_t*   out);
  85
  86 /*! \brief Pointer to \p nbk_func_noener.
  87  */
  88 typedef nbk_func_noener* p_nbk_func_noener;
  89
  90 /*! \brief Kinds of electrostatic treatments in SIMD Verlet kernels
  91  */
  92 enum class CoulombKernelType : int
  93 {
  94     ReactionField,
  95     Table,
  96     TableTwin,
  97     Ewald,
  98     EwaldTwin,
  99     Count
 100 };
 101
 102 //! \brief Lookup function for Coulomb kernel type
 103 CoulombKernelType getCoulombKernelType(Nbnxm::EwaldExclusionType ewaldExclusionType,
 104                                        CoulombInteractionType    coulombInteractionType,
 105                                        bool                      haveEqualCoulombVwdRadii);
 106
 107 /*! \brief Kinds of Van der Waals treatments in SIMD Verlet kernels
 108  *
 109  * The \p LJCUT_COMB refers to the LJ combination rule for the short range.
 110  * The \p EWALDCOMB refers to the combination rule for the grid part.
 111  * \p vdwktNR is the number of VdW treatments for the SIMD kernels.
 112  * \p vdwktNR_ref is the number of VdW treatments for the C reference kernels.
 113  * These two numbers differ, because currently only the reference kernels
 114  * support LB combination rules for the LJ-Ewald grid part.
 115  */
 116 enum
 117 {
 118     vdwktLJCUT_COMBGEOM,
 119     vdwktLJCUT_COMBLB,
 120     vdwktLJCUT_COMBNONE,
 121     vdwktLJFORCESWITCH,
 122     vdwktLJPOTSWITCH,
 123     vdwktLJEWALDCOMBGEOM,
 124     vdwktLJEWALDCOMBLB,
 125     vdwktNR = vdwktLJEWALDCOMBLB,
 126     vdwktNR_ref
 127 };
 128
 129 /*! \brief Clears the force buffer.
 130  *
 131  * Either the whole buffer is cleared or only the parts used
 132  * by thread/task \p outputIndex when nbat->bUseBufferFlags is set.
 133  *
 134  * \param[in,out] nbat         The Nbnxm atom data
 135  * \param[in]     outputIndex  The index of the output object to clear
 136  */
 137 void clearForceBuffer(nbnxn_atomdata_t* nbat, int outputIndex);
 138
 139 /*! \brief Clears the shift forces.
 140  */
 141 void clear_fshift(real* fshift);
 142
 143 /*! \brief Reduces the collected energy terms over the pair-lists/threads.
 144  */
 145 void reduce_energies_over_lists(const nbnxn_atomdata_t* nbat, int nlist, real* Vvdw, real* Vc);
 146
 147 #endif