src/gromacs/nbnxm/gridsetdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Declares the GridSetData struct which holds grid data that is shared over all grids
  40  *
  41  * Also declares a struct for work data that is shared over grids.
  42  *
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \ingroup module_nbnxm
  45  */
  46
  47 #ifndef GMX_NBNXM_GRIDSETDATA_H
  48 #define GMX_NBNXM_GRIDSETDATA_H
  49
  50 #include <vector>
  51
  52 #include "gromacs/gpu_utils/hostallocator.h"
  53
  54 namespace Nbnxm
  55 {
  56
  57 /*! \internal
  58  * \brief Struct that holds grid data that is shared over all grids
  59  *
  60  * To enable a single coordinate and force array, a single cell range
  61  * is needed which covers all grids.
  62  */
  63 struct GridSetData
  64 {
  65     //! The cell indices for all atoms
  66     gmx::HostVector<int> cells;
  67     //! The atom indices for all atoms stored in cell order
  68     gmx::HostVector<int> atomIndices;
  69 };
  70
  71 /*! \internal
  72  * \brief Working arrays for constructing a grid
  73  */
  74 struct GridWork
  75 {
  76     //! Number of atoms for each grid column
  77     std::vector<int> numAtomsPerColumn;
  78     //! Buffer for sorting integers
  79     std::vector<int> sortBuffer;
  80 };
  81
  82 } // namespace Nbnxm
  83
  84 #endif