src/gromacs/nbnxm/gridset.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \internal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Implements the GridSet class.
  40  *
  41  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  42  * \ingroup module_nbnxm
  43  */
  44
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "gridset.h"
  48
  49 #include "gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.h"
  50 #include "gromacs/mdlib/updategroupscog.h"
  51 #include "gromacs/nbnxm/atomdata.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53
  54 namespace Nbnxm
  55 {
  56
  57 //! Returns the number of search grids
  58 static int numGrids(const GridSet::DomainSetup& domainSetup)
  59 {
  60     // One grid for the test particle, one for the rest
  61     static constexpr int sc_numGridsForTestParticleInsertion = 2;
  62     if (domainSetup.doTestParticleInsertion)
  63     {
  64         return sc_numGridsForTestParticleInsertion;
  65     }
  66     else
  67     {
  68         int numGrids = 1;
  69         for (auto haveDD : domainSetup.haveMultipleDomainsPerDim)
  70         {
  71             if (haveDD)
  72             {
  73                 numGrids *= 2;
  74             }
  75         }
  76         return numGrids;
  77     }
  78 }
  79
  80 GridSet::DomainSetup::DomainSetup(const PbcType             pbcType,
  81                                   const bool                doTestParticleInsertion,
  82                                   const ivec*               numDDCells,
  83                                   const gmx_domdec_zones_t* ddZones) :
  84     pbcType(pbcType),
  85     doTestParticleInsertion(doTestParticleInsertion),
  86     haveMultipleDomains(numDDCells != nullptr),
  87     zones(ddZones)
  88 {
  89     for (int d = 0; d < DIM; d++)
  90     {
  91         haveMultipleDomainsPerDim[d] = (numDDCells != nullptr && (*numDDCells)[d] > 1);
  92     }
  93 }
  94
  95 GridSet::GridSet(const PbcType             pbcType,
  96                  const bool                doTestParticleInsertion,
  97                  const ivec*               numDDCells,
  98                  const gmx_domdec_zones_t* ddZones,
  99                  const PairlistType        pairlistType,
 100                  const bool                haveFep,
 101                  const int                 numThreads,
 102                  gmx::PinningPolicy        pinningPolicy) :
 103     domainSetup_(pbcType, doTestParticleInsertion, numDDCells, ddZones),
 104     grids_(numGrids(domainSetup_), Grid(pairlistType, haveFep_)),
 105     haveFep_(haveFep),
 106     numRealAtomsLocal_(0),
 107     numRealAtomsTotal_(0),
 108     gridWork_(numThreads)
 109 {
 110     clear_mat(box_);
 111     changePinningPolicy(&gridSetData_.cells, pinningPolicy);
 112     changePinningPolicy(&gridSetData_.atomIndices, pinningPolicy);
 113 }
 114
 115 void GridSet::setLocalAtomOrder()
 116 {
 117     /* Set the atom order for the home cell (index 0) */
 118     const Nbnxm::Grid& grid = grids_[0];
 119
 120     int atomIndex = 0;
 121     for (int cxy = 0; cxy < grid.numColumns(); cxy++)
 122     {
 123         const int numAtoms  = grid.numAtomsInColumn(cxy);
 124         int       cellIndex = grid.firstCellInColumn(cxy) * grid.geometry().numAtomsPerCell;
 125         for (int i = 0; i < numAtoms; i++)
 126         {
 127             gridSetData_.atomIndices[cellIndex] = atomIndex;
 128             gridSetData_.cells[atomIndex]       = cellIndex;
 129             atomIndex++;
 130             cellIndex++;
 131         }
 132     }
 133 }
 134
 135 static int getGridOffset(gmx::ArrayRef<const Grid> grids, int gridIndex)
 136 {
 137     if (gridIndex == 0)
 138     {
 139         return 0;
 140     }
 141     else
 142     {
 143         const Nbnxm::Grid& previousGrid = grids[gridIndex - 1];
 144         return previousGrid.atomIndexEnd() / previousGrid.geometry().numAtomsPerCell;
 145     }
 146 }
 147
 148 void GridSet::putOnGrid(const matrix                   box,
 149                         const int                      gridIndex,
 150                         const rvec                     lowerCorner,
 151                         const rvec                     upperCorner,
 152                         const gmx::UpdateGroupsCog*    updateGroupsCog,
 153                         const gmx::Range<int>          atomRange,
 154                         real                           atomDensity,
 155                         gmx::ArrayRef<const int>       atomInfo,
 156                         gmx::ArrayRef<const gmx::RVec> x,
 157                         const int                      numAtomsMoved,
 158                         const int*                     move,
 159                         nbnxn_atomdata_t*              nbat)
 160 {
 161     Nbnxm::Grid& grid               = grids_[gridIndex];
 162     const int    cellOffset         = getGridOffset(grids_, gridIndex);
 163     const int    n                  = atomRange.size();
 164     real         maxAtomGroupRadius = NAN;
 165
 166     if (gridIndex == 0)
 167     {
 168         copy_mat(box, box_);
 169
 170         numRealAtomsLocal_ = *atomRange.end() - numAtomsMoved;
 171         /* We assume that nbnxn_put_on_grid is called first
 172          * for the local atoms (gridIndex=0).
 173          */
 174         numRealAtomsTotal_ = *atomRange.end() - numAtomsMoved;
 175
 176         maxAtomGroupRadius = (updateGroupsCog ? updateGroupsCog->maxUpdateGroupRadius() : 0);
 177
 178         if (debug)
 179         {
 180             fprintf(debug, "natoms_local = %5d atom_density = %5.1f\n", numRealAtomsLocal_, atomDensity);
 181         }
 182     }
 183     else
 184     {
 185         const Nbnxm::Grid::Dimensions& dimsGrid0 = grids_[0].dimensions();
 186         atomDensity                              = dimsGrid0.atomDensity;
 187         maxAtomGroupRadius                       = dimsGrid0.maxAtomGroupRadius;
 188
 189         numRealAtomsTotal_ = std::max(numRealAtomsTotal_, *atomRange.end());
 190     }
 191
 192     /* We always use the home zone (grid[0]) for setting the cell size,
 193      * since determining densities for non-local zones is difficult.
 194      */
 195     const int ddZone = (domainSetup_.doTestParticleInsertion ? 0 : gridIndex);
 196     // grid data used in GPU transfers inherits the gridset pinning policy
 197     auto pinPolicy = gridSetData_.cells.get_allocator().pinningPolicy();
 198     grid.setDimensions(
 199             ddZone, n - numAtomsMoved, lowerCorner, upperCorner, atomDensity, maxAtomGroupRadius, haveFep_, pinPolicy);
 200
 201     for (GridWork& work : gridWork_)
 202     {
 203         work.numAtomsPerColumn.resize(grid.numColumns() + 1);
 204     }
 205
 206     /* Make space for the new cell indices */
 207     gridSetData_.cells.resize(*atomRange.end());
 208
 209     const int nthread = gmx_omp_nthreads_get(ModuleMultiThread::Pairsearch);
 210     GMX_ASSERT(nthread > 0, "We expect the OpenMP thread count to be set");
 211
 212 #pragma omp parallel for num_threads(nthread) schedule(static)
 213     for (int thread = 0; thread < nthread; thread++)
 214     {
 215         try
 216         {
 217             Grid::calcColumnIndices(grid.dimensions(),
 218                                     updateGroupsCog,
 219                                     atomRange,
 220                                     x,
 221                                     ddZone,
 222                                     move,
 223                                     thread,
 224                                     nthread,
 225                                     gridSetData_.cells,
 226                                     gridWork_[thread].numAtomsPerColumn);
 227         }
 228         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 229     }
 230
 231     /* Copy the already computed cell indices to the grid and sort, when needed */
 232     grid.setCellIndices(
 233             ddZone, cellOffset, &gridSetData_, gridWork_, atomRange, atomInfo.data(), x, numAtomsMoved, nbat);
 234
 235     if (gridIndex == 0)
 236     {
 237         nbat->natoms_local = nbat->numAtoms();
 238     }
 239     if (gridIndex == gmx::ssize(grids_) - 1)
 240     {
 241         /* We are done setting up all grids, we can resize the force buffers */
 242         nbat->resizeForceBuffers();
 243     }
 244
 245     int maxNumColumns = 0;
 246     for (int i = 0; i <= gridIndex; i++)
 247     {
 248         maxNumColumns = std::max(maxNumColumns, grids_[i].numColumns());
 249     }
 250     setNumColumnsMax(maxNumColumns);
 251 }
 252
 253 } // namespace Nbnxm