src/gromacs/nbnxm/gpu_types_common.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Implements common internal types for different NBNXN GPU implementations
  37  *
  38  * \author Szilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
  39  * \ingroup module_nbnxm
  40  */
  41
  42 #ifndef GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  43 #define GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  44
  45 #include "config.h"
  46
  47 #include "gromacs/nbnxm/pairlist.h"
  48
  49 #if GMX_GPU == GMX_GPU_OPENCL
  50 #include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer_ocl.h"
  51 #endif
  52
  53 #if GMX_GPU == GMX_GPU_CUDA
  54 #include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer.cuh"
  55 #endif
  56
  57 /*! \internal
  58  * \brief GPU region timers used for timing GPU kernels and H2D/D2H transfers.
  59  *
  60  * The two-sized arrays hold the local and non-local values and should always
  61  * be indexed with eintLocal/eintNonlocal.
  62  */
  63 struct nbnxn_gpu_timers_t
  64 {
  65     GpuRegionTimer atdat;              /**< timer for atom data transfer (every PS step)            */
  66     GpuRegionTimer nb_h2d[2];          /**< timer for x/q H2D transfers (l/nl, every step)          */
  67     GpuRegionTimer nb_d2h[2];          /**< timer for f D2H transfer (l/nl, every step)             */
  68     GpuRegionTimer pl_h2d[2];          /**< timer for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
  69     bool           didPairlistH2D[2];  /**< true when a pair-list transfer has been done at this step */
  70     GpuRegionTimer nb_k[2];            /**< timer for non-bonded kernels (l/nl, every step)         */
  71     GpuRegionTimer prune_k[2];         /**< timer for the 1st pass list pruning kernel (l/nl, every PS step)   */
  72     bool           didPrune[2];        /**< true when we timed pruning and the timings need to be accounted for */
  73     GpuRegionTimer rollingPrune_k[2];  /**< timer for rolling pruning kernels (l/nl, frequency depends on chunk size)  */
  74     bool           didRollingPrune[2]; /**< true when we timed rolling pruning (at the previous step) and the timings need to be accounted for */
  75 };
  76
  77 struct gpu_plist
  78 {
  79     int                        na_c;         /**< number of atoms per cluster                  */
  80
  81     int                        nsci;         /**< size of sci, # of i clusters in the list     */
  82     int                        sci_nalloc;   /**< allocation size of sci                       */
  83     DeviceBuffer<nbnxn_sci_t>  sci;          /**< list of i-cluster ("super-clusters")         */
  84
  85     int                        ncj4;         /**< total # of 4*j clusters                      */
  86     int                        cj4_nalloc;   /**< allocation size of cj4                       */
  87     DeviceBuffer<nbnxn_cj4_t>  cj4;          /**< 4*j cluster list, contains j cluster number
  88                                                 and index into the i cluster list            */
  89     int                        nimask;       /**< # of 4*j clusters * # of warps               */
  90     int                        imask_nalloc; /**< allocation size of imask                     */
  91     DeviceBuffer<unsigned int> imask;        /**< imask for 2 warps for each 4*j cluster group */
  92     DeviceBuffer<nbnxn_excl_t> excl;         /**< atom interaction bits                        */
  93     int                        nexcl;        /**< count for excl                               */
  94     int                        excl_nalloc;  /**< allocation size of excl                      */
  95
  96     /* parameter+variables for normal and rolling pruning */
  97     bool             haveFreshList;          /**< true after search, indictes that initial pruning with outer prunning is needed */
  98     int              rollingPruningNumParts; /**< the number of parts/steps over which one cyle of roling pruning takes places */
  99     int              rollingPruningPart;     /**< the next part to which the roling pruning needs to be applied */
 100 };
 101
 102 #endif