src/gromacs/nbnxm/gpu_types_common.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Implements common internal types for different NBNXN GPU implementations
  37  *
  38  * \author Szilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
  39  * \ingroup module_nbnxm
  40  */
  41
  42 #ifndef GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  43 #define GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  44
  45 #include "config.h"
  46
  47 #include "gromacs/mdtypes/interaction_const.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/locality.h"
  49 #include "gromacs/utility/enumerationhelpers.h"
  50
  51 #include "nbnxm.h"
  52 #include "pairlist.h"
  53
  54 #if GMX_GPU_OPENCL
  55 #    include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer_ocl.h"
  56 #endif
  57
  58 #if GMX_GPU_CUDA
  59 #    include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer.cuh"
  60 #endif
  61
  62 #if GMX_GPU_SYCL
  63 #    include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer_sycl.h"
  64 #endif
  65
  66 /** \internal
  67  * \brief Parameters required for the GPU nonbonded calculations.
  68  */
  69 struct NBParamGpu
  70 {
  71
  72     //! type of electrostatics
  73     enum Nbnxm::ElecType elecType;
  74     //! type of VdW impl.
  75     enum Nbnxm::VdwType vdwType;
  76
  77     //! charge multiplication factor
  78     float epsfac;
  79     //! Reaction-field/plain cutoff electrostatics const.
  80     float c_rf;
  81     //! Reaction-field electrostatics constant
  82     float two_k_rf;
  83     //! Ewald/PME parameter
  84     float ewald_beta;
  85     //! Ewald/PME correction term subtracted from the direct-space potential
  86     float sh_ewald;
  87     //! LJ-Ewald/PME correction term added to the correction potential
  88     float sh_lj_ewald;
  89     //! LJ-Ewald/PME coefficient
  90     float ewaldcoeff_lj;
  91
  92     //! Coulomb cut-off squared
  93     float rcoulomb_sq;
  94
  95     //! VdW cut-off squared
  96     float rvdw_sq;
  97     //! VdW switched cut-off
  98     float rvdw_switch;
  99     //! Full, outer pair-list cut-off squared
 100     float rlistOuter_sq;
 101     //! Inner, dynamic pruned pair-list cut-off squared
 102     float rlistInner_sq;
 103     //! True if we use dynamic pair-list pruning
 104     bool useDynamicPruning;
 105
 106     //! VdW shift dispersion constants
 107     shift_consts_t dispersion_shift;
 108     //! VdW shift repulsion constants
 109     shift_consts_t repulsion_shift;
 110     //! VdW switch constants
 111     switch_consts_t vdw_switch;
 112
 113     /* LJ non-bonded parameters - accessed through texture memory */
 114     //! nonbonded parameter table with C6/C12 pairs per atom type-pair, 2*ntype^2 elements
 115     DeviceBuffer<float> nbfp;
 116     //! texture object bound to nbfp
 117     DeviceTexture nbfp_texobj;
 118     //! nonbonded parameter table per atom type, 2*ntype elements
 119     DeviceBuffer<float> nbfp_comb;
 120     //! texture object bound to nbfp_comb
 121     DeviceTexture nbfp_comb_texobj;
 122
 123     /* Ewald Coulomb force table data - accessed through texture memory */
 124     //! table scale/spacing
 125     float coulomb_tab_scale;
 126     //! pointer to the table in the device memory
 127     DeviceBuffer<float> coulomb_tab;
 128     //! texture object bound to coulomb_tab
 129     DeviceTexture coulomb_tab_texobj;
 130 };
 131
 132 namespace Nbnxm
 133 {
 134
 135 using gmx::AtomLocality;
 136 using gmx::InteractionLocality;
 137
 138 /*! \internal
 139  * \brief GPU region timers used for timing GPU kernels and H2D/D2H transfers.
 140  *
 141  * The two-sized arrays hold the local and non-local values and should always
 142  * be indexed with eintLocal/eintNonlocal.
 143  */
 144 struct gpu_timers_t
 145 {
 146     /*! \internal
 147      * \brief Timers for local or non-local coordinate/force transfers
 148      */
 149     struct XFTransfers
 150     {
 151         //! timer for x/q H2D transfers (l/nl, every step)
 152         GpuRegionTimer nb_h2d;
 153         //! timer for f D2H transfer (l/nl, every step)
 154         GpuRegionTimer nb_d2h;
 155     };
 156
 157     /*! \internal
 158      * \brief Timers for local or non-local interaction related operations
 159      */
 160     struct Interaction
 161     {
 162         //! timer for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step)
 163         GpuRegionTimer pl_h2d;
 164         //! true when a pair-list transfer has been done at this step
 165         bool didPairlistH2D = false;
 166         //! timer for non-bonded kernels (l/nl, every step)
 167         GpuRegionTimer nb_k;
 168         //! timer for the 1st pass list pruning kernel (l/nl, every PS step)
 169         GpuRegionTimer prune_k;
 170         //! true when we timed pruning and the timings need to be accounted for
 171         bool didPrune = false;
 172         //! timer for rolling pruning kernels (l/nl, frequency depends on chunk size)
 173         GpuRegionTimer rollingPrune_k;
 174         //! true when we timed rolling pruning (at the previous step) and the timings need to be accounted for
 175         bool didRollingPrune = false;
 176     };
 177
 178     //! timer for atom data transfer (every PS step)
 179     GpuRegionTimer atdat;
 180     //! timers for coordinate/force transfers (every step)
 181     gmx::EnumerationArray<AtomLocality, XFTransfers> xf;
 182     //! timers for interaction related transfers
 183     gmx::EnumerationArray<InteractionLocality, Nbnxm::gpu_timers_t::Interaction> interaction;
 184 };
 185
 186 /*! \internal
 187  * \brief GPU pair list structure */
 188 struct gpu_plist
 189 {
 190     //! number of atoms per cluster
 191     int na_c;
 192
 193     //! size of sci, # of i clusters in the list
 194     int nsci;
 195     //! allocation size of sci
 196     int sci_nalloc;
 197     //! list of i-cluster ("super-clusters")
 198     DeviceBuffer<nbnxn_sci_t> sci;
 199
 200     //! total # of 4*j clusters
 201     int ncj4;
 202     //! allocation size of cj4
 203     int cj4_nalloc;
 204     //! 4*j cluster list, contains j cluster number and index into the i cluster list
 205     DeviceBuffer<nbnxn_cj4_t> cj4;
 206     //! # of 4*j clusters * # of warps
 207     int nimask;
 208     //! allocation size of imask
 209     int imask_nalloc;
 210     //! imask for 2 warps for each 4*j cluster group
 211     DeviceBuffer<unsigned int> imask;
 212     //! atom interaction bits
 213     DeviceBuffer<nbnxn_excl_t> excl;
 214     //! count for excl
 215     int nexcl;
 216     //! allocation size of excl
 217     int excl_nalloc;
 218
 219     /* parameter+variables for normal and rolling pruning */
 220     //! true after search, indicates that initial pruning with outer pruning is needed
 221     bool haveFreshList;
 222     //! the number of parts/steps over which one cycle of rolling pruning takes places
 223     int rollingPruningNumParts;
 224     //! the next part to which the rolling pruning needs to be applied
 225     int rollingPruningPart;
 226 };
 227
 228 } // namespace Nbnxm
 229
 230 #endif