src/gromacs/nbnxm/gpu_types_common.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Implements common internal types for different NBNXN GPU implementations
  37  *
  38  * \author Szilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
  39  * \ingroup module_nbnxm
  40  */
  41
  42 #ifndef GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  43 #define GMX_MDLIB_NBNXN_GPU_COMMON_TYPES_H
  44
  45 #include "config.h"
  46
  47 #include "gromacs/mdtypes/locality.h"
  48 #include "gromacs/utility/enumerationhelpers.h"
  49
  50 #include "pairlist.h"
  51
  52 #if GMX_GPU == GMX_GPU_OPENCL
  53 #    include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer_ocl.h"
  54 #endif
  55
  56 #if GMX_GPU == GMX_GPU_CUDA
  57 #    include "gromacs/gpu_utils/gpuregiontimer.cuh"
  58 #endif
  59
  60 namespace Nbnxm
  61 {
  62
  63 using gmx::AtomLocality;
  64 using gmx::InteractionLocality;
  65
  66 /*! \internal
  67  * \brief GPU region timers used for timing GPU kernels and H2D/D2H transfers.
  68  *
  69  * The two-sized arrays hold the local and non-local values and should always
  70  * be indexed with eintLocal/eintNonlocal.
  71  */
  72 struct gpu_timers_t
  73 {
  74     /*! \internal
  75      * \brief Timers for local or non-local coordinate/force transfers
  76      */
  77     struct XFTransfers
  78     {
  79         GpuRegionTimer nb_h2d; /**< timer for x/q H2D transfers (l/nl, every step) */
  80         GpuRegionTimer nb_d2h; /**< timer for f D2H transfer (l/nl, every step) */
  81     };
  82
  83     /*! \internal
  84      * \brief Timers for local or non-local interaction related operations
  85      */
  86     struct Interaction
  87     {
  88         GpuRegionTimer pl_h2d;       /**< timer for pair-list H2D transfers (l/nl, every PS step) */
  89         bool didPairlistH2D = false; /**< true when a pair-list transfer has been done at this step */
  90         GpuRegionTimer nb_k;         /**< timer for non-bonded kernels (l/nl, every step)         */
  91         GpuRegionTimer prune_k; /**< timer for the 1st pass list pruning kernel (l/nl, every PS step) */
  92         bool didPrune = false; /**< true when we timed pruning and the timings need to be accounted for */
  93         GpuRegionTimer rollingPrune_k; /**< timer for rolling pruning kernels (l/nl, frequency depends on chunk size)  */
  94         bool           didRollingPrune =
  95                 false; /**< true when we timed rolling pruning (at the previous step) and the timings need to be accounted for */
  96     };
  97
  98     //! timer for atom data transfer (every PS step)
  99     GpuRegionTimer atdat;
 100     //! timers for coordinate/force transfers (every step)
 101     gmx::EnumerationArray<AtomLocality, XFTransfers> xf;
 102     //! timers for interaction related transfers
 103     gmx::EnumerationArray<InteractionLocality, Nbnxm::gpu_timers_t::Interaction> interaction;
 104 };
 105
 106 struct gpu_plist
 107 {
 108     int na_c; /**< number of atoms per cluster                  */
 109
 110     int                       nsci;       /**< size of sci, # of i clusters in the list     */
 111     int                       sci_nalloc; /**< allocation size of sci                       */
 112     DeviceBuffer<nbnxn_sci_t> sci;        /**< list of i-cluster ("super-clusters")         */
 113
 114     int                       ncj4;          /**< total # of 4*j clusters                      */
 115     int                       cj4_nalloc;    /**< allocation size of cj4                       */
 116     DeviceBuffer<nbnxn_cj4_t> cj4;           /**< 4*j cluster list, contains j cluster number
 117                                                 and index into the i cluster list            */
 118     int                        nimask;       /**< # of 4*j clusters * # of warps               */
 119     int                        imask_nalloc; /**< allocation size of imask                     */
 120     DeviceBuffer<unsigned int> imask;        /**< imask for 2 warps for each 4*j cluster group */
 121     DeviceBuffer<nbnxn_excl_t> excl;         /**< atom interaction bits                        */
 122     int                        nexcl;        /**< count for excl                               */
 123     int                        excl_nalloc;  /**< allocation size of excl                      */
 124
 125     /* parameter+variables for normal and rolling pruning */
 126     bool haveFreshList; /**< true after search, indictes that initial pruning with outer prunning is needed */
 127     int  rollingPruningNumParts; /**< the number of parts/steps over which one cyle of roling pruning takes places */
 128     int  rollingPruningPart; /**< the next part to which the roling pruning needs to be applied */
 129 };
 130
 131 } // namespace Nbnxm
 132
 133 #endif