src/gromacs/nbnxm/atomdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef GMX_NBNXN_ATOMDATA_H
  37 #define GMX_NBNXN_ATOMDATA_H
  38
  39 #include <cstdio>
  40
  41 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  42 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 #include "locality.h"
  46
  47 namespace gmx
  48 {
  49 class MDLogger;
  50 }
  51
  52 struct nbnxn_atomdata_t;
  53 struct nbnxn_search;
  54 struct nonbonded_verlet_t;
  55 struct t_mdatoms;
  56 struct gmx_wallcycle;
  57
  58 namespace Nbnxm
  59 {
  60 enum class KernelType;
  61 }
  62
  63 /* Reallocate the nbnxn_atomdata_t for a size of n atoms */
  64 void nbnxn_atomdata_realloc(nbnxn_atomdata_t *nbat, int n);
  65
  66 /* Copy na rvec elements from x to xnb using nbatFormat, start dest a0,
  67  * and fills up to na_round with coordinates that are far away.
  68  */
  69 void copy_rvec_to_nbat_real(const int *a, int na, int na_round,
  70                             const rvec *x, int nbatFormat,
  71                             real *xnb, int a0);
  72
  73 enum {
  74     enbnxninitcombruleDETECT, enbnxninitcombruleGEOM, enbnxninitcombruleLB, enbnxninitcombruleNONE
  75 };
  76
  77 /* Initialize the non-bonded atom data structure.
  78  * The enum for nbatXFormat is in the file defining nbnxn_atomdata_t.
  79  * Copy the ntypes*ntypes*2 sized nbfp non-bonded parameter list
  80  * to the atom data structure.
  81  * enbnxninitcombrule sets what combination rule data gets stored in nbat.
  82  */
  83 void nbnxn_atomdata_init(const gmx::MDLogger &mdlog,
  84                          nbnxn_atomdata_t *nbat,
  85                          Nbnxm::KernelType kernelType,
  86                          int enbnxninitcombrule,
  87                          int ntype, const real *nbfp,
  88                          int n_energygroups,
  89                          int nout);
  90
  91 void nbnxn_atomdata_set(nbnxn_atomdata_t    *nbat,
  92                         const nbnxn_search  *nbs,
  93                         const t_mdatoms     *mdatoms,
  94                         const int           *atinfo);
  95
  96 /* Copy the shift vectors to nbat */
  97 void nbnxn_atomdata_copy_shiftvec(gmx_bool          dynamic_box,
  98                                   rvec             *shift_vec,
  99                                   nbnxn_atomdata_t *nbat);
 100
 101 /* Copy x to nbat->x.
 102  * FillLocal tells if the local filler particle coordinates should be zeroed.
 103  */
 104 void nbnxn_atomdata_copy_x_to_nbat_x(const nbnxn_search  *nbs,
 105                                      Nbnxm::AtomLocality  locality,
 106                                      gmx_bool             FillLocal,
 107                                      rvec                *x,
 108                                      nbnxn_atomdata_t    *nbat,
 109                                      gmx_wallcycle       *wcycle);
 110
 111 /* Add the fshift force stored in nbat to fshift */
 112 void nbnxn_atomdata_add_nbat_fshift_to_fshift(const nbnxn_atomdata_t *nbat,
 113                                               rvec                   *fshift);
 114
 115 #endif