src/gromacs/modularsimulator/freeenergyperturbationdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Declares the free energy perturbation element for the modular simulator
  37  *
  38  * \author Pascal Merz <pascal.merz@me.com>
  39  * \ingroup module_modularsimulator
  40  *
  41  * This header is only used within the modular simulator module
  42  */
  43
  44 #ifndef GMX_MODULARSIMULATOR_FREEENERGYPERTURBATIONELEMENT_H
  45 #define GMX_MODULARSIMULATOR_FREEENERGYPERTURBATIONELEMENT_H
  46
  47 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  48 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  49 #include "gromacs/utility/real.h"
  50
  51 #include "modularsimulatorinterfaces.h"
  52
  53 struct t_inputrec;
  54 struct t_trxframe;
  55
  56 namespace gmx
  57 {
  58 enum class CheckpointDataOperation;
  59 class EnergyData;
  60 class GlobalCommunicationHelper;
  61 class LegacySimulatorData;
  62 class MDAtoms;
  63 class ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper;
  64 class StatePropagatorData;
  65
  66 /*! \internal
  67  * \ingroup module_modularsimulator
  68  * \brief The free energy perturbation data
  69  *
  70  * The lambda vector and the current FEP state are held by the
  71  * FreeEnergyPerturbationData, offering access to its values via getter
  72  * functions. The FreeEnergyPerturbationData::Element is responsible for
  73  * lambda update (if applicable) and checkpointing.
  74  */
  75 class FreeEnergyPerturbationData final
  76 {
  77 public:
  78     //! Constructor
  79     FreeEnergyPerturbationData(FILE* fplog, const t_inputrec* inputrec, MDAtoms* mdAtoms);
  80
  81     //! Get a view of the current lambda vector
  82     ArrayRef<real> lambdaView();
  83     //! Get a const view of the current lambda vector
  84     ArrayRef<const real> constLambdaView();
  85     //! Get the current FEP state
  86     int currentFEPState();
  87     //! Update MDAtoms (public because it's called by DomDec - see #3700)
  88     void updateMDAtoms();
  89
  90     //! The element taking part in the simulator loop
  91     class Element;
  92     //! Get pointer to element (whose lifetime is managed by this)
  93     Element* element();
  94
  95     //! Read everything that can be stored in t_trxframe from a checkpoint file
  96     static void readCheckpointToTrxFrame(t_trxframe*                       trxFrame,
  97                                          std::optional<ReadCheckpointData> readCheckpointData);
  98     //! CheckpointHelper identifier
  99     static const std::string& checkpointID();
 100
 101 private:
 102     //! Default constructor - only used internally
 103     FreeEnergyPerturbationData() = default;
 104     //! Update the lambda values
 105     void updateLambdas(Step step);
 106     //! Helper function to read from / write to CheckpointData
 107     template<CheckpointDataOperation operation>
 108     void doCheckpointData(CheckpointData<operation>* checkpointData);
 109
 110     //! The element
 111     std::unique_ptr<Element> element_;
 112
 113     //! The lambda vector
 114     std::array<real, efptNR> lambda_;
 115     //! The current free energy state
 116     int currentFEPState_;
 117
 118     //! Handles logging.
 119     FILE* fplog_;
 120     //! Contains user input mdp options.
 121     const t_inputrec* inputrec_;
 122     //! Atom parameters for this domain.
 123     MDAtoms* mdAtoms_;
 124 };
 125
 126
 127 /*! \internal
 128  * \ingroup module_modularsimulator
 129  * \brief The free energy perturbation data element
 130  *
 131  * The FreeEnergyPerturbationData::Element does update the lambda
 132  * values during the simulation run if lambda is non-static. It does
 133  * implement the checkpointing client interface to save its current
 134  * state for restart.
 135  */
 136 class FreeEnergyPerturbationData::Element final : public ISimulatorElement, public ICheckpointHelperClient
 137 {
 138 public:
 139     //! Constructor
 140     explicit Element(FreeEnergyPerturbationData* freeEnergyPerturbationElement, double deltaLambda);
 141
 142     //! Update lambda and mdatoms
 143     void scheduleTask(Step step, Time time, const RegisterRunFunction& registerRunFunction) override;
 144
 145     //! Update the MdAtoms object
 146     void elementSetup() override;
 147
 148     //! No teardown needed
 149     void elementTeardown() override{};
 150
 151     //! ICheckpointHelperClient write checkpoint implementation
 152     void saveCheckpointState(std::optional<WriteCheckpointData> checkpointData, const t_commrec* cr) override;
 153     //! ICheckpointHelperClient read checkpoint implementation
 154     void restoreCheckpointState(std::optional<ReadCheckpointData> checkpointData, const t_commrec* cr) override;
 155     //! ICheckpointHelperClient key implementation
 156     const std::string& clientID() override;
 157
 158     /*! \brief Factory method implementation
 159      *
 160      * \param legacySimulatorData  Pointer allowing access to simulator level data
 161      * \param builderHelper  ModularSimulatorAlgorithmBuilder helper object
 162      * \param statePropagatorData  Pointer to the \c StatePropagatorData object
 163      * \param energyData  Pointer to the \c EnergyData object
 164      * \param freeEnergyPerturbationData  Pointer to the \c FreeEnergyPerturbationData object
 165      * \param globalCommunicationHelper  Pointer to the \c GlobalCommunicationHelper object
 166      *
 167      * \return  Pointer to the element to be added. Element needs to have been stored using \c storeElement
 168      */
 169     static ISimulatorElement* getElementPointerImpl(LegacySimulatorData* legacySimulatorData,
 170                                                     ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper* builderHelper,
 171                                                     StatePropagatorData*        statePropagatorData,
 172                                                     EnergyData*                 energyData,
 173                                                     FreeEnergyPerturbationData* freeEnergyPerturbationData,
 174                                                     GlobalCommunicationHelper* globalCommunicationHelper);
 175
 176 private:
 177     //! The free energy data
 178     FreeEnergyPerturbationData* freeEnergyPerturbationData_;
 179     //! Whether lambda values are non-static
 180     const bool lambdasChange_;
 181 };
 182
 183 } // namespace gmx
 184
 185 #endif // GMX_MODULARSIMULATOR_FREEENERGYPERTURBATIONELEMENT_H