src/gromacs/modularsimulator/computeglobalselement.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief Defines the global reduction element for the modular simulator
  37  *
  38  * \author Pascal Merz <pascal.merz@me.com>
  39  * \ingroup module_modularsimulator
  40  */
  41
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "computeglobalselement.h"
  45
  46 #include "gromacs/domdec/partition.h"
  47 #include "gromacs/gmxlib/nrnb.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/md_support.h"
  50 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  51 #include "gromacs/mdlib/stat.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/group.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  55 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  56 #include "gromacs/topology/topology.h"
  57
  58 #include "freeenergyperturbationelement.h"
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
  63 ComputeGlobalsElement<algorithm>::ComputeGlobalsElement(StatePropagatorData* statePropagatorData,
  64                                                         EnergyElement*       energyElement,
  65                                                         FreeEnergyPerturbationElement* freeEnergyPerturbationElement,
  66                                                         SimulationSignals* signals,
  67                                                         int                nstglobalcomm,
  68                                                         FILE*              fplog,
  69                                                         const MDLogger&    mdlog,
  70                                                         t_commrec*         cr,
  71                                                         const t_inputrec*  inputrec,
  72                                                         const MDAtoms*     mdAtoms,
  73                                                         t_nrnb*            nrnb,
  74                                                         gmx_wallcycle*     wcycle,
  75                                                         t_forcerec*        fr,
  76                                                         const gmx_mtop_t*  global_top,
  77                                                         Constraints*       constr,
  78                                                         bool               hasReadEkinState) :
  79     energyReductionStep_(-1),
  80     virialReductionStep_(-1),
  81     vvSchedulingStep_(-1),
  82     doStopCM_(inputrec->comm_mode != ecmNO),
  83     nstcomm_(inputrec->nstcomm),
  84     nstglobalcomm_(nstglobalcomm),
  85     lastStep_(inputrec->nsteps + inputrec->init_step),
  86     initStep_(inputrec->init_step),
  87     nullSignaller_(std::make_unique<SimulationSignaller>(nullptr, nullptr, nullptr, false, false)),
  88     hasReadEkinState_(hasReadEkinState),
  89     totalNumberOfBondedInteractions_(0),
  90     shouldCheckNumberOfBondedInteractions_(false),
  91     statePropagatorData_(statePropagatorData),
  92     energyElement_(energyElement),
  93     localTopology_(nullptr),
  94     freeEnergyPerturbationElement_(freeEnergyPerturbationElement),
  95     vcm_(global_top->groups, *inputrec),
  96     signals_(signals),
  97     fplog_(fplog),
  98     mdlog_(mdlog),
  99     cr_(cr),
 100     inputrec_(inputrec),
 101     top_global_(global_top),
 102     mdAtoms_(mdAtoms),
 103     constr_(constr),
 104     nrnb_(nrnb),
 105     wcycle_(wcycle),
 106     fr_(fr)
 107 {
 108     reportComRemovalInfo(fplog, vcm_);
 109     gstat_ = global_stat_init(inputrec_);
 110 }
 111
 112 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 113 ComputeGlobalsElement<algorithm>::~ComputeGlobalsElement()
 114 {
 115     global_stat_destroy(gstat_);
 116 }
 117
 118 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 119 void ComputeGlobalsElement<algorithm>::elementSetup()
 120 {
 121     GMX_ASSERT(localTopology_, "Setup called before local topology was set.");
 122
 123     if (doStopCM_ && !inputrec_->bContinuation)
 124     {
 125         // To minimize communication, compute_globals computes the COM velocity
 126         // and the kinetic energy for the velocities without COM motion removed.
 127         // Thus to get the kinetic energy without the COM contribution, we need
 128         // to call compute_globals twice.
 129
 130         compute(-1, CGLO_GSTAT | CGLO_STOPCM, nullSignaller_.get(), false, true);
 131
 132         auto v = as_rvec_array(statePropagatorData_->velocitiesView().paddedArrayRef().data());
 133         // At initialization, do not pass x with acceleration-correction mode
 134         // to avoid (incorrect) correction of the initial coordinates.
 135         rvec* xPtr = nullptr;
 136         if (vcm_.mode != ecmLINEAR_ACCELERATION_CORRECTION)
 137         {
 138             xPtr = as_rvec_array(statePropagatorData_->positionsView().paddedArrayRef().data());
 139         }
 140         process_and_stopcm_grp(fplog_, &vcm_, *mdAtoms_->mdatoms(), xPtr, v);
 141         inc_nrnb(nrnb_, eNR_STOPCM, mdAtoms_->mdatoms()->homenr);
 142     }
 143
 144     unsigned int cglo_flags =
 145             (CGLO_TEMPERATURE | CGLO_GSTAT
 146              | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions_ ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0)
 147              | (hasReadEkinState_ ? CGLO_READEKIN : 0));
 148
 149     if (algorithm == ComputeGlobalsAlgorithm::VelocityVerlet)
 150     {
 151         cglo_flags |= CGLO_PRESSURE | CGLO_CONSTRAINT;
 152     }
 153
 154     compute(-1, cglo_flags, nullSignaller_.get(), false, true);
 155
 156     // Calculate the initial half step temperature, and save the ekinh_old
 157     for (int i = 0; (i < inputrec_->opts.ngtc); i++)
 158     {
 159         copy_mat(energyElement_->ekindata()->tcstat[i].ekinh,
 160                  energyElement_->ekindata()->tcstat[i].ekinh_old);
 161     }
 162 }
 163
 164 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 165 void ComputeGlobalsElement<algorithm>::scheduleTask(Step step,
 166                                                     Time gmx_unused               time,
 167                                                     const RegisterRunFunctionPtr& registerRunFunction)
 168 {
 169     const bool needComReduction    = doStopCM_ && do_per_step(step, nstcomm_);
 170     const bool needGlobalReduction = step == energyReductionStep_ || step == virialReductionStep_
 171                                      || needComReduction || do_per_step(step, nstglobalcomm_);
 172
 173     // TODO: CGLO_GSTAT is only used for needToSumEkinhOld_, i.e. to signal that we do or do not
 174     //       sum the previous kinetic energy. We should simplify / clarify this.
 175
 176     if (algorithm == ComputeGlobalsAlgorithm::LeapFrog)
 177     {
 178         // With Leap-Frog we can skip compute_globals at
 179         // non-communication steps, but we need to calculate
 180         // the kinetic energy one step before communication.
 181
 182         // With leap-frog we also need to compute the half-step
 183         // kinetic energy at the step before we need to write
 184         // the full-step kinetic energy
 185         const bool needEkinAtNextStep = (do_per_step(step + 1, nstglobalcomm_) || step + 1 == lastStep_);
 186
 187         if (!needGlobalReduction && !needEkinAtNextStep)
 188         {
 189             return;
 190         }
 191
 192         const bool doEnergy = step == energyReductionStep_;
 193         int        flags =
 194                 (needGlobalReduction ? CGLO_GSTAT : 0) | (doEnergy ? CGLO_ENERGY : 0)
 195                 | (needComReduction ? CGLO_STOPCM : 0) | CGLO_TEMPERATURE | CGLO_PRESSURE | CGLO_CONSTRAINT
 196                 | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions_ ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS : 0);
 197
 198         // Since we're already communicating at this step, we
 199         // can propagate intra-simulation signals. Note that
 200         // check_nstglobalcomm has the responsibility for
 201         // choosing the value of nstglobalcomm which satisfies
 202         // the need of the different signallers.
 203         const bool doIntraSimSignal = true;
 204         // Disable functionality
 205         const bool doInterSimSignal = false;
 206
 207         // Make signaller to signal stop / reset / checkpointing signals
 208         auto signaller = std::make_shared<SimulationSignaller>(signals_, cr_, nullptr,
 209                                                                doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 210
 211         (*registerRunFunction)(std::make_unique<SimulatorRunFunction>(
 212                 [this, step, flags, signaller = std::move(signaller)]() {
 213                     compute(step, flags, signaller.get(), true);
 214                 }));
 215     }
 216     else if (algorithm == ComputeGlobalsAlgorithm::VelocityVerlet)
 217     {
 218         // For VV, we schedule two calls to compute globals per step.
 219         if (step != vvSchedulingStep_)
 220         {
 221             // This is the first scheduling call for this step (positions & velocities at full time
 222             // step) Set this as the current scheduling step
 223             vvSchedulingStep_ = step;
 224
 225             // For vv, the state at the beginning of the step is positions at time t, velocities at time t - dt/2
 226             // The first velocity propagation (+dt/2) therefore actually corresponds to the previous step.
 227             // So we need information from the last step in the first half of the integration
 228             if (!needGlobalReduction && !do_per_step(step - 1, nstglobalcomm_))
 229             {
 230                 return;
 231             }
 232
 233             const bool doTemperature = step != initStep_ || inputrec_->bContinuation;
 234             const bool doEnergy      = step == energyReductionStep_;
 235
 236             int flags = (needGlobalReduction ? CGLO_GSTAT : 0) | (doEnergy ? CGLO_ENERGY : 0)
 237                         | (doTemperature ? CGLO_TEMPERATURE : 0) | CGLO_PRESSURE | CGLO_CONSTRAINT
 238                         | (needComReduction ? CGLO_STOPCM : 0)
 239                         | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions_ ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 240                                                                   : 0)
 241                         | CGLO_SCALEEKIN;
 242
 243             (*registerRunFunction)(std::make_unique<SimulatorRunFunction>(
 244                     [this, step, flags]() { compute(step, flags, nullSignaller_.get(), false); }));
 245         }
 246         else
 247         {
 248             // second call to compute_globals for this step
 249             // Reset the scheduling step to avoid confusion if scheduling needs
 250             // to be repeated (in case of unexpected simulation termination)
 251             vvSchedulingStep_ = -1;
 252
 253             if (!needGlobalReduction)
 254             {
 255                 return;
 256             }
 257             int flags = CGLO_GSTAT | CGLO_CONSTRAINT
 258                         | (shouldCheckNumberOfBondedInteractions_ ? CGLO_CHECK_NUMBER_OF_BONDED_INTERACTIONS
 259                                                                   : 0);
 260
 261             // Since we're already communicating at this step, we
 262             // can propagate intra-simulation signals. Note that
 263             // check_nstglobalcomm has the responsibility for
 264             // choosing the value of nstglobalcomm which satisfies
 265             // the need of the different signallers.
 266             const bool doIntraSimSignal = true;
 267             // Disable functionality
 268             const bool doInterSimSignal = false;
 269
 270             auto signaller = std::make_shared<SimulationSignaller>(
 271                     signals_, cr_, nullptr, doInterSimSignal, doIntraSimSignal);
 272
 273             (*registerRunFunction)(std::make_unique<SimulatorRunFunction>(
 274                     [this, step, flags, signaller = std::move(signaller)]() {
 275                         compute(step, flags, signaller.get(), true);
 276                     }));
 277         }
 278     }
 279 }
 280
 281 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 282 void ComputeGlobalsElement<algorithm>::compute(gmx::Step            step,
 283                                                unsigned int         flags,
 284                                                SimulationSignaller* signaller,
 285                                                bool                 useLastBox,
 286                                                bool                 isInit)
 287 {
 288     auto x       = as_rvec_array(statePropagatorData_->positionsView().paddedArrayRef().data());
 289     auto v       = as_rvec_array(statePropagatorData_->velocitiesView().paddedArrayRef().data());
 290     auto box     = statePropagatorData_->constBox();
 291     auto lastbox = useLastBox ? statePropagatorData_->constPreviousBox()
 292                               : statePropagatorData_->constBox();
 293
 294     const real vdwLambda = freeEnergyPerturbationElement_
 295                                    ? freeEnergyPerturbationElement_->constLambdaView()[efptVDW]
 296                                    : 0;
 297
 298     compute_globals(gstat_, cr_, inputrec_, fr_, energyElement_->ekindata(), x, v, box, vdwLambda,
 299                     mdAtoms_->mdatoms(), nrnb_, &vcm_, step != -1 ? wcycle_ : nullptr,
 300                     energyElement_->enerdata(), energyElement_->forceVirial(step),
 301                     energyElement_->constraintVirial(step), energyElement_->totalVirial(step),
 302                     energyElement_->pressure(step), constr_, signaller, lastbox,
 303                     &totalNumberOfBondedInteractions_, energyElement_->needToSumEkinhOld(), flags);
 304     checkNumberOfBondedInteractions(mdlog_, cr_, totalNumberOfBondedInteractions_, top_global_,
 305                                     localTopology_, x, box, &shouldCheckNumberOfBondedInteractions_);
 306     if (flags & CGLO_STOPCM && !isInit)
 307     {
 308         process_and_stopcm_grp(fplog_, &vcm_, *mdAtoms_->mdatoms(), x, v);
 309         inc_nrnb(nrnb_, eNR_STOPCM, mdAtoms_->mdatoms()->homenr);
 310     }
 311 }
 312
 313 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 314 CheckBondedInteractionsCallbackPtr ComputeGlobalsElement<algorithm>::getCheckNumberOfBondedInteractionsCallback()
 315 {
 316     return std::make_unique<CheckBondedInteractionsCallback>(
 317             [this]() { needToCheckNumberOfBondedInteractions(); });
 318 }
 319
 320 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 321 void ComputeGlobalsElement<algorithm>::needToCheckNumberOfBondedInteractions()
 322 {
 323     shouldCheckNumberOfBondedInteractions_ = true;
 324 }
 325
 326 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 327 void ComputeGlobalsElement<algorithm>::setTopology(const gmx_localtop_t* top)
 328 {
 329     localTopology_ = top;
 330 }
 331
 332 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 333 SignallerCallbackPtr ComputeGlobalsElement<algorithm>::registerEnergyCallback(EnergySignallerEvent event)
 334 {
 335     if (event == EnergySignallerEvent::EnergyCalculationStep)
 336     {
 337         return std::make_unique<SignallerCallback>(
 338                 [this](Step step, Time /*unused*/) { energyReductionStep_ = step; });
 339     }
 340     if (event == EnergySignallerEvent::VirialCalculationStep)
 341     {
 342         return std::make_unique<SignallerCallback>(
 343                 [this](Step step, Time /*unused*/) { virialReductionStep_ = step; });
 344     }
 345     return nullptr;
 346 }
 347
 348 template<ComputeGlobalsAlgorithm algorithm>
 349 SignallerCallbackPtr ComputeGlobalsElement<algorithm>::registerTrajectorySignallerCallback(TrajectoryEvent event)
 350 {
 351     if (event == TrajectoryEvent::EnergyWritingStep)
 352     {
 353         return std::make_unique<SignallerCallback>(
 354                 [this](Step step, Time /*unused*/) { energyReductionStep_ = step; });
 355     }
 356     return nullptr;
 357 }
 358
 359 //! Explicit template instantiation
 360 //! @{
 361 template class ComputeGlobalsElement<ComputeGlobalsAlgorithm::LeapFrog>;
 362 template class ComputeGlobalsElement<ComputeGlobalsAlgorithm::VelocityVerlet>;
 363 //! @}
 364 } // namespace gmx