src/gromacs/mdtypes/swaphistory.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*
  37  * This file contains data types containing ioin/water position exchange
  38  * data to be stored in the checkpoint file.
  39  */
  40
  41 #ifndef GMX_MDLIB_SWAPHISTORY_H
  42 #define GMX_MDLIB_SWAPHISTORY_H
  43
  44 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  45
  46 /* History of an ion type used in position swapping
  47  */
  48 typedef struct swapstateIons_t
  49 {
  50     int  nMolReq[eCompNR];                    // Requested # of molecules per compartment
  51     int *nMolReq_p[eCompNR];                  // Pointer to this data (for checkpoint writing)
  52     int  inflow_net[eCompNR];                 // Flux determined from the # of swaps
  53     int *inflow_net_p[eCompNR];               // Pointer to this data
  54     int *nMolPast[eCompNR];                   // Array with nAverage entries for history
  55     int *nMolPast_p[eCompNR];                 // Pointer points to the first entry only
  56
  57     // Channel flux detection, this is counting only and has no influence on whether swaps are performed or not:                                                                 */
  58     int            fluxfromAtoB[eCompNR];     // Flux determined from the split cylinders
  59     int           *fluxfromAtoB_p[eCompNR];   // Pointer to this data
  60     int            nMol;                      // Number of molecules, size of the following arrays
  61     unsigned char *comp_from;                 // Ion came from which compartment?
  62     unsigned char *channel_label;             // Through which channel did this ion pass?
  63 } swapstateIons_t;
  64
  65 /* Position swapping state
  66  *
  67  * To also make multimeric channel proteins whole, we save the last whole configuration
  68  * of the channels in the checkpoint file. If we have no checkpoint file, we assume
  69  * that the starting configuration has the correct PBC representation after making the
  70  * individual molecules whole
  71  *
  72  * \todo move out of this file to ObservablesHistory
  73  *
  74  */
  75 typedef struct swaphistory_t
  76 {
  77     int              eSwapCoords;             // Swapping along x, y, or z-direction?
  78     int              nIonTypes;               // Number of ion types, this is the size of the following arrays
  79     int              nAverage;                // Use average over this many swap attempt steps when determining the ion counts
  80     int              fluxleak;                // Ions not going through any channel (bad!)
  81     int             *fluxleak_p;              // Pointer to this data
  82     gmx_bool         bFromCpt;                // Did we start from a checkpoint file?
  83     int              nat[eChanNR];            // Size of xc_old_whole, i.e. the number of atoms in each channel
  84     rvec            *xc_old_whole[eChanNR];   // Last known whole positions of the two channels (important for multimeric ch.!)
  85     rvec           **xc_old_whole_p[eChanNR]; // Pointer to these positions
  86     swapstateIons_t *ionType;                 // History information for one ion type
  87 }
  88 swaphistory_t;
  89
  90 #endif