src/gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu_impl.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Declaration of low-level functions and fields of GPU state propagator object.
  38  *
  39  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  40  *
  41  * \ingroup module_mdtypes
  42  */
  43 #ifndef GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H
  44 #define GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H
  45
  46 #include "gmxpre.h"
  47
  48 #include "config.h"
  49
  50 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer.h"
  51 #if GMX_GPU == GMX_GPU_CUDA
  52 #include "gromacs/gpu_utils/gpueventsynchronizer.cuh"
  53 #elif GMX_GPU == GMX_GPU_OPENCL
  54 #include "gromacs/gpu_utils/gpueventsynchronizer_ocl.h"
  55 #endif
  56 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  57 #include "gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu.h"
  58 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  59 #include "gromacs/utility/enumerationhelpers.h"
  60
  61 namespace gmx
  62 {
  63
  64 class StatePropagatorDataGpu::Impl
  65 {
  66     public:
  67
  68         Impl();
  69
  70
  71         /*! \brief Constructor
  72          *
  73          * The buffers are reallocated only at the reinit call, the padding is
  74          * used there for the coordinates buffer. It is needed for PME and added at
  75          * the end of the buffer. It is assumed that if the rank has PME duties on the
  76          * GPU, all coordinates are copied to the GPU and hence, for this rank, the
  77          * coordinates buffer is not split into local and non-local ranges. For other
  78          * ranks, the padding size is zero. This works because only one rank ever does
  79          * PME work on the GPU, and if that rank also does PP work that is the only
  80          * rank. So all coordinates are always transferred.
  81          *
  82          * In OpenCL, only pmeStream is used since it is the only stream created in
  83          * PME context. The local and non-local streams are only needed when buffer
  84          * ops are offloaded. This feature is currently not available in OpenCL and
  85          * hence these streams are not set in these builds.
  86          *
  87          * \note In CUDA, the update stream is created in the constructor as a temporary
  88          *       solution, in place until the stream manager is introduced.
  89          *       Note that this makes it impossible to construct this object in CUDA
  90          *       builds executing on a host without any CUDA-capable device available.
  91          *
  92          * \note In CUDA, \p deviceContext is unused, hence always nullptr;
  93          *       all stream arguments can also be nullptr in runs where the
  94          *       respective streams are not required.
  95          *       In OpenCL, \p deviceContext needs to be a valid device context.
  96          *       In OpenCL runs StatePropagatorDataGpu is currently only used
  97          *       with PME offload, and only on ranks with PME duty. Hence, the
  98          *       \p pmeStream argument needs to be a valid OpenCL queue object
  99          *       which must have been created in \p deviceContext.
 100          *
 101          * \todo Make a \p CommandStream visible in the CPU parts of the code so we
 102          *       will not have to pass a void*.
 103          * \todo Make a \p DeviceContext object visible in CPU parts of the code so we
 104          *       will not have to pass a void*.
 105          *
 106          *  \param[in] pmeStream       Device PME stream, nullptr allowed.
 107          *  \param[in] localStream     Device NBNXM local stream, nullptr allowed.
 108          *  \param[in] nonLocalStream  Device NBNXM non-local stream, nullptr allowed.
 109          *  \param[in] deviceContext   Device context, nullptr allowed.
 110          *  \param[in] transferKind    H2D/D2H transfer call behavior (synchronous or not).
 111          *  \param[in] paddingSize     Padding size for coordinates buffer.
 112          */
 113         Impl(const void        *pmeStream,
 114              const void        *localStream,
 115              const void        *nonLocalStream,
 116              const void        *deviceContext,
 117              GpuApiCallBehavior transferKind,
 118              int                paddingSize);
 119
 120         ~Impl();
 121
 122
 123         /*! \brief Set the ranges for local and non-local atoms and reallocates buffers.
 124          *
 125          * \note
 126          * The coordinates buffer is (re)allocated, when required by PME, with a padding,
 127          * the size of which is set by the constructor. The padding region clearing kernel
 128          * is scheduled in the \p pmeStream_ (unlike the coordinates H2D) as only the PME
 129          * task uses this padding area.
 130          *
 131          *  \param[in] numAtomsLocal  Number of atoms in local domain.
 132          *  \param[in] numAtomsAll    Total number of atoms to handle.
 133          */
 134         void reinit(int numAtomsLocal, int numAtomsAll);
 135
 136         /*! \brief Returns the range of atoms to be copied based on the copy type (all, local or non-local).
 137          *
 138          * \todo There are at least three versions of the function with this functionality in the code:
 139          *       this one and two more in NBNXM. These should be unified in a shape of a general function
 140          *       in DD.
 141          *
 142          * \param[in]  atomLocality    If all, local or non-local ranges are needed.
 143          *
 144          * \returns Tuple, containing the index of the first atom in the range and the total number of atoms in the range.
 145          */
 146         std::tuple<int, int> getAtomRangesFromAtomLocality(AtomLocality  atomLocality);
 147
 148
 149         /*! \brief Get the positions buffer on the GPU.
 150          *
 151          *  \returns GPU positions buffer.
 152          */
 153         DeviceBuffer<float> getCoordinates();
 154
 155         /*! \brief Copy positions to the GPU memory.
 156          *
 157          *  \param[in] h_x           Positions in the host memory.
 158          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 159          */
 160         void copyCoordinatesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_x,
 161                                   AtomLocality                    atomLocality);
 162
 163         /*! \brief Get the event synchronizer of the coordinates ready for the consumption on the device.
 164          *
 165          * Returns the event synchronizer which indicates that the coordinates are ready for the
 166          * consumption on the device. Takes into account that the producer may be different.
 167          *
 168          * If the update is offloaded, and the current step is not a DD/search step, the returned
 169          * synchronizer indicates the completion of GPU update-constraint kernels. Otherwise, on search
 170          * steps and if update is not offloaded, the coordinates are provided by the H2D copy and the
 171          * returned synchronizer indicates that the copy is complete.
 172          *
 173          *  \param[in] atomLocality    Locality of the particles to wait for.
 174          *  \param[in] simulationWork  The simulation lifetime flags.
 175          *  \param[in] stepWork        The step lifetime flags.
 176          *
 177          *  \returns  The event to synchronize the stream that consumes coordinates on device.
 178          */
 179         GpuEventSynchronizer* getCoordinatesReadyOnDeviceEvent(AtomLocality              atomLocality,
 180                                                                const SimulationWorkload &simulationWork,
 181                                                                const StepWorkload       &stepWork);
 182
 183         /*! \brief Getter for the event synchronizer for the update is done on th GPU
 184          *
 185          *  \returns  The event to synchronize the stream coordinates wre updated on device.
 186          */
 187         GpuEventSynchronizer* xUpdatedOnDevice();
 188
 189         /*! \brief Copy positions from the GPU memory.
 190          *
 191          *  \param[in] h_x           Positions buffer in the host memory.
 192          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 193          */
 194         void copyCoordinatesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_x,
 195                                     AtomLocality              atomLocality);
 196
 197         /*! \brief Wait until coordinates are available on the host.
 198          *
 199          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 200          */
 201         void waitCoordinatesReadyOnHost(AtomLocality  atomLocality);
 202
 203
 204         /*! \brief Get the velocities buffer on the GPU.
 205          *
 206          *  \returns GPU velocities buffer.
 207          */
 208         DeviceBuffer<float> getVelocities();
 209
 210         /*! \brief Copy velocities to the GPU memory.
 211          *
 212          *  \param[in] h_v           Velocities in the host memory.
 213          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 214          */
 215         void copyVelocitiesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_v,
 216                                  AtomLocality                    atomLocality);
 217
 218         /*! \brief Get the event synchronizer on the H2D velocities copy.
 219          *
 220          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 221          *
 222          *  \returns  The event to synchronize the stream that consumes velocities on device.
 223          */
 224         GpuEventSynchronizer* getVelocitiesReadyOnDeviceEvent(AtomLocality  atomLocality);
 225
 226         /*! \brief Copy velocities from the GPU memory.
 227          *
 228          *  \param[in] h_v           Velocities buffer in the host memory.
 229          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 230          */
 231         void copyVelocitiesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_v,
 232                                    AtomLocality              atomLocality);
 233
 234         /*! \brief Wait until velocities are available on the host.
 235          *
 236          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 237          */
 238         void waitVelocitiesReadyOnHost(AtomLocality  atomLocality);
 239
 240
 241         /*! \brief Get the force buffer on the GPU.
 242          *
 243          *  \returns GPU force buffer.
 244          */
 245         DeviceBuffer<float> getForces();
 246
 247         /*! \brief Copy forces to the GPU memory.
 248          *
 249          *  \param[in] h_f           Forces in the host memory.
 250          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 251          */
 252         void copyForcesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_f,
 253                              AtomLocality                    atomLocality);
 254
 255         /*! \brief Get the event synchronizer on the H2D forces copy.
 256          *
 257          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 258          *
 259          *  \returns  The event to synchronize the stream that consumes forces on device.
 260          */
 261         GpuEventSynchronizer* getForcesReadyOnDeviceEvent(AtomLocality  atomLocality);
 262
 263         /*! \brief Copy forces from the GPU memory.
 264          *
 265          *  \param[in] h_f           Forces buffer in the host memory.
 266          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 267          */
 268         void copyForcesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_f,
 269                                AtomLocality              atomLocality);
 270
 271         /*! \brief Wait until forces are available on the host.
 272          *
 273          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to wait for.
 274          */
 275         void waitForcesReadyOnHost(AtomLocality  atomLocality);
 276
 277         /*! \brief Getter for the update stream.
 278          *
 279          *  \todo This is temporary here, until the management of this stream is taken over.
 280          *
 281          *  \returns The device command stream to use in update-constraints.
 282          */
 283         void* getUpdateStream();
 284
 285         /*! \brief Getter for the number of local atoms.
 286          *
 287          *  \returns The number of local atoms.
 288          */
 289         int numAtomsLocal();
 290
 291         /*! \brief Getter for the total number of atoms.
 292          *
 293          *  \returns The total number of atoms.
 294          */
 295         int numAtomsAll();
 296
 297     private:
 298
 299         //! GPU PME stream.
 300         CommandStream        pmeStream_                  = nullptr;
 301         //! GPU NBNXM local stream.
 302         CommandStream        localStream_                = nullptr;
 303         //! GPU NBNXM non-local stream
 304         CommandStream        nonLocalStream_             = nullptr;
 305         //! GPU Update-constreaints stream.
 306         CommandStream        updateStream_               = nullptr;
 307
 308         // Streams to use for coordinates H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 309         EnumerationArray<AtomLocality, CommandStream> xCopyStreams_ = {{nullptr}};
 310         // Streams to use for velocities H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 311         EnumerationArray<AtomLocality, CommandStream> vCopyStreams_ = {{nullptr}};
 312         // Streams to use for forces H2D and D2H copies (one event for each atom locality)
 313         EnumerationArray<AtomLocality, CommandStream> fCopyStreams_ = {{nullptr}};
 314
 315         /*! \brief An array of events that indicate H2D copy is complete (one event for each atom locality)
 316          *
 317          * \todo Reconsider naming. It should be xCopiedToDevice or xH2DCopyComplete, etc.
 318          */
 319         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> xReadyOnDevice_;
 320         //! An event that the coordinates are ready after update-constraints execution
 321         GpuEventSynchronizer                                 xUpdatedOnDevice_;
 322         //! An array of events that indicate D2H copy of coordinates is complete (one event for each atom locality)
 323         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> xReadyOnHost_;
 324
 325         //! An array of events that indicate H2D copy of velocities is complete (one event for each atom locality)
 326         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> vReadyOnDevice_;
 327         //! An array of events that indicate D2H copy of velocities is complete (one event for each atom locality)
 328         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> vReadyOnHost_;
 329
 330         //! An array of events that indicate H2D copy of forces is complete (one event for each atom locality)
 331         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> fReadyOnDevice_;
 332         //! An array of events that indicate D2H copy of forces is complete (one event for each atom locality)
 333         EnumerationArray<AtomLocality, GpuEventSynchronizer> fReadyOnHost_;
 334
 335         /*! \brief GPU context (for OpenCL builds)
 336          * \todo Make a Context class usable in CPU code
 337          */
 338         DeviceContext        deviceContext_              = nullptr;
 339         //! Default GPU calls behavior
 340         GpuApiCallBehavior   transferKind_               = GpuApiCallBehavior::Async;
 341         //! Padding size for the coordinates buffer
 342         int                  paddingSize_                = 0;
 343
 344         //! Number of local atoms
 345         int                  numAtomsLocal_              = -1;
 346         //! Total number of atoms
 347         int                  numAtomsAll_                = -1;
 348
 349         //! Device positions buffer
 350         DeviceBuffer<float>  d_x_;
 351         //! Number of particles saved in the positions buffer
 352         int                  d_xSize_                    = -1;
 353         //! Allocation size for the positions buffer
 354         int                  d_xCapacity_                = -1;
 355
 356         //! Device velocities buffer
 357         DeviceBuffer<float>  d_v_;
 358         //! Number of particles saved in the velocities buffer
 359         int                  d_vSize_                    = -1;
 360         //! Allocation size for the velocities buffer
 361         int                  d_vCapacity_                = -1;
 362
 363         //! Device force buffer
 364         DeviceBuffer<float>  d_f_;
 365         //! Number of particles saved in the force buffer
 366         int                  d_fSize_                    = -1;
 367         //! Allocation size for the force buffer
 368         int                  d_fCapacity_                = -1;
 369
 370         /*! \brief Performs the copy of data from host to device buffer.
 371          *
 372          * \todo Template on locality.
 373          *
 374          *  \param[out] d_data         Device-side buffer.
 375          *  \param[in]  h_data         Host-side buffer.
 376          *  \param[in]  dataSize       Device-side data allocation size.
 377          *  \param[in]  atomLocality   If all, local or non-local ranges should be copied.
 378          *  \param[in]  commandStream  GPU stream to execute copy in.
 379          */
 380         void copyToDevice(DeviceBuffer<float>                   d_data,
 381                           gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>        h_data,
 382                           int                                   dataSize,
 383                           AtomLocality                          atomLocality,
 384                           CommandStream                         commandStream);
 385
 386         /*! \brief Performs the copy of data from device to host buffer.
 387          *
 388          *  \param[out] h_data         Host-side buffer.
 389          *  \param[in]  d_data         Device-side buffer.
 390          *  \param[in]  dataSize       Device-side data allocation size.
 391          *  \param[in]  atomLocality   If all, local or non-local ranges should be copied.
 392          *  \param[in]  commandStream  GPU stream to execute copy in.
 393          */
 394         void copyFromDevice(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_data,
 395                             DeviceBuffer<float>       d_data,
 396                             int                       dataSize,
 397                             AtomLocality              atomLocality,
 398                             CommandStream             commandStream);
 399 };
 400
 401 }      // namespace gmx
 402
 403 #endif // GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_IMPL_H