src/gromacs/mdtypes/state_propagator_data_gpu.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  *
  37  * \brief Declaration of interfaces for GPU state data propagator object.
  38  *
  39  * This object stores and manages positions, velocities and forces for
  40  * all particles in the system on the GPU.
  41  *
  42  * \todo Add cycle counters.
  43  * \todo Add synchronization points.
  44  *
  45  * \author Artem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
  46  *
  47  * \inlibraryapi
  48  * \ingroup module_mdtypes
  49  */
  50 #ifndef GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_H
  51 #define GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_H
  52
  53 #include "gromacs/gpu_utils/devicebuffer_datatype.h"
  54 #include "gromacs/gpu_utils/gpu_utils.h"
  55 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  56 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  57 #include "gromacs/utility/classhelpers.h"
  58
  59 namespace gmx
  60 {
  61
  62 class StatePropagatorDataGpu
  63 {
  64     public:
  65
  66         /*! \brief Atom locality indicator: local, non-local, all.
  67          *
  68          * \todo This should be managed by a separate object, since the localities
  69          *       are used here and in buffer ops.
  70          */
  71         enum class AtomLocality : int
  72         {
  73             Local    = 0, //!< Local atoms
  74             NonLocal = 1, //!< Non-local atoms
  75             All      = 2, //!< Both local and non-local atoms
  76             Count    = 3  //!< The number of atom locality types
  77         };
  78
  79         /*! \brief Constructor
  80          *
  81          * The buffers are reallocated only at the reinit call, the padding is
  82          * used there for the coordinates buffer. It is needed for PME and added at
  83          * the end of the buffer. It is assumed that if the rank has PME duties on the
  84          * GPU, all coordinates are copied to the GPU and hence, for this rank, the
  85          * coordinates buffer is not split into local and non-local ranges. For other
  86          * ranks, the padding size is zero. This works because only one rank ever does
  87          * PME work on the GPU, and if that rank also does PP work that is the only
  88          * rank. So all coordinates are always transferred.
  89          *
  90          * \note \p commandStream and \p gpuContext are allowed to be nullptr if
  91          *       StatePropagatorDataGpu is not used in the OpenCL run (e.g. if PME
  92          *       does not run on the GPU).
  93          *
  94          * \todo Make \p CommandStream visible in the CPU parts of the code so we
  95          *       will not have to pass a void*.
  96          * \todo Make \p Context visible in CPU parts of the code so we will not
  97          *       have to pass a void*.
  98          *
  99          *  \param[in] commandStream  GPU stream, nullptr allowed.
 100          *  \param[in] gpuContext     GPU context, nullptr allowed.
 101          *  \param[in] transferKind   H2D/D2H transfer call behavior (synchronous or not).
 102          *  \param[in] paddingSize    Padding size for coordinates buffer.
 103          */
 104         StatePropagatorDataGpu(const void        *commandStream,
 105                                const void        *gpuContext,
 106                                GpuApiCallBehavior transferKind,
 107                                int                paddingSize);
 108
 109         ~StatePropagatorDataGpu();
 110
 111         /*! \brief Set the ranges for local and non-local atoms and reallocates buffers.
 112          *
 113          * The coordinates buffer is reallocated with the padding added at the end. The
 114          * size of padding is set by the constructor.
 115          *
 116          *  \param[in] numAtomsLocal  Number of atoms in local domain.
 117          *  \param[in] numAtomsAll    Total number of atoms to handle.
 118          */
 119         void reinit(int numAtomsLocal, int numAtomsAll);
 120
 121         /*! \brief Returns the range of atoms to be copied based on the copy type (all, local or non-local).
 122          *
 123          * \todo There are at least three versions of the function with this functionality in the code:
 124          *       this one and two more in NBNXM. These should be unified in a shape of a general function
 125          *       in DD.
 126          *
 127          * \param[in]  atomLocality    If all, local or non-local ranges are needed.
 128          *
 129          * \returns Tuple, containing the index of the first atom in the range and the total number of atoms in the range.
 130          */
 131         std::tuple<int, int> getAtomRangesFromAtomLocality(AtomLocality  atomLocality);
 132
 133
 134         /*! \brief Get the positions buffer on the GPU.
 135          *
 136          *  \returns GPU positions buffer.
 137          */
 138         DeviceBuffer<float> getCoordinates();
 139
 140         /*! \brief Copy positions to the GPU memory.
 141          *
 142          *  \param[in] h_x           Positions in the host memory.
 143          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 144          */
 145         void copyCoordinatesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_x,
 146                                   AtomLocality                    atomLocality);
 147
 148         /*! \brief Copy positions from the GPU memory.
 149          *
 150          *  \param[in] h_x           Positions buffer in the host memory.
 151          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 152          */
 153         void copyCoordinatesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_x,
 154                                     AtomLocality              atomLocality);
 155
 156
 157         /*! \brief Get the velocities buffer on the GPU.
 158          *
 159          *  \returns GPU velocities buffer.
 160          */
 161         DeviceBuffer<float> getVelocities();
 162
 163         /*! \brief Copy velocities to the GPU memory.
 164          *
 165          *  \param[in] h_v           Velocities in the host memory.
 166          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 167          */
 168         void copyVelocitiesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_v,
 169                                  AtomLocality                    atomLocality);
 170
 171         /*! \brief Copy velocities from the GPU memory.
 172          *
 173          *  \param[in] h_v           Velocities buffer in the host memory.
 174          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 175          */
 176         void copyVelocitiesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_v,
 177                                    AtomLocality              atomLocality);
 178
 179
 180         /*! \brief Get the force buffer on the GPU.
 181          *
 182          *  \returns GPU force buffer.
 183          */
 184         DeviceBuffer<float> getForces();
 185
 186         /*! \brief Copy forces to the GPU memory.
 187          *
 188          *  \param[in] h_f           Forces in the host memory.
 189          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 190          */
 191         void copyForcesToGpu(gmx::ArrayRef<const gmx::RVec>  h_f,
 192                              AtomLocality                    atomLocality);
 193
 194         /*! \brief Copy forces from the GPU memory.
 195          *
 196          *  \param[in] h_f           Forces buffer in the host memory.
 197          *  \param[in] atomLocality  Locality of the particles to copy.
 198          */
 199         void copyForcesFromGpu(gmx::ArrayRef<gmx::RVec>  h_f,
 200                                AtomLocality              atomLocality);
 201         /*! \brief Synchronize the underlying GPU stream
 202          */
 203         void synchronizeStream();
 204
 205         /*! \brief Getter for the number of local atoms.
 206          *
 207          *  \returns The number of local atoms.
 208          */
 209         int numAtomsLocal();
 210
 211         /*! \brief Getter for the total number of atoms.
 212          *
 213          *  \returns The total number of atoms.
 214          */
 215         int numAtomsAll();
 216
 217     private:
 218         class Impl;
 219         gmx::PrivateImplPointer<Impl> impl_;
 220
 221 };
 222
 223 }      // namespace gmx
 224
 225 #endif // GMX_MDTYPES_STATE_PROPAGATOR_DATA_GPU_H