src/gromacs/mdtypes/nblist.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_MDTYPES_NBLIST_H
  38 #define GMX_MDTYPES_NBLIST_H
  39
  40 #include <vector>
  41
  42
  43 struct t_nblist
  44 {
  45     int              nri    = 0; /* Current number of i particles          */
  46     int              maxnri = 0; /* Max number of i particles      */
  47     int              nrj    = 0; /* Current number of j particles          */
  48     int              maxnrj = 0; /* ;Max number of j particles     */
  49     std::vector<int> iinr;       /* The i-elements                        */
  50     std::vector<int> gid;        /* Index in energy arrays                */
  51     std::vector<int> shift;      /* Shift vector index                    */
  52     std::vector<int> jindex;     /* Index in jjnr                         */
  53     std::vector<int> jjnr;       /* The j-atom list                       */
  54     std::vector<int> excl_fep;   /* Exclusions for FEP with Verlet scheme */
  55 };
  56
  57 #endif /* GMX_MDTYPES_NBLIST_H */