src/gromacs/mdtypes/nblist.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_MDTYPES_NBLIST_H
  38 #define GMX_MDTYPES_NBLIST_H
  39
  40 #include <vector>
  41
  42 #include "gromacs/utility/alignedallocator.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 /* The interactions contained in a (possibly merged) table
  46  * for computing electrostatic, VDW repulsion and/or VDW dispersion
  47  * contributions.
  48  */
  49 enum gmx_table_interaction
  50 {
  51     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC,
  52     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWREP_VDWDISP,
  53     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWEXPREP_VDWDISP,
  54     GMX_TABLE_INTERACTION_VDWDISP,
  55     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWREP_VDWDISP,
  56     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWEXPREP_VDWDISP,
  57     GMX_TABLE_INTERACTION_ELEC_VDWDISP,
  58     GMX_TABLE_INTERACTION_NR
  59 };
  60
  61 /* Different formats for table data. Cubic spline tables are typically stored
  62  * with the four Y,F,G,H intermediate values (check tables.c for format), which
  63  * makes it easy to load with a single 4-way SIMD instruction too.
  64  * Linear tables only need one value per table point, or two if both V and F
  65  * are calculated. However, with SIMD instructions this makes the loads unaligned,
  66  * and in that case we store the data as F, D=F(i+1)-F(i), V, and then a blank value,
  67  * which again makes it possible to load as a single instruction.
  68  */
  69 enum gmx_table_format
  70 {
  71     GMX_TABLE_FORMAT_CUBICSPLINE_YFGH,
  72     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_VF,
  73     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_V,
  74     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_F,
  75     GMX_TABLE_FORMAT_LINEAR_FDV0,
  76     GMX_TABLE_FORMAT_NR
  77 };
  78
  79 struct t_nblist
  80 {
  81     int              nri    = 0; /* Current number of i particles          */
  82     int              maxnri = 0; /* Max number of i particles      */
  83     int              nrj    = 0; /* Current number of j particles          */
  84     int              maxnrj = 0; /* ;Max number of j particles     */
  85     std::vector<int> iinr;       /* The i-elements                        */
  86     std::vector<int> gid;        /* Index in energy arrays                */
  87     std::vector<int> shift;      /* Shift vector index                    */
  88     std::vector<int> jindex;     /* Index in jjnr                         */
  89     std::vector<int> jjnr;       /* The j-atom list                       */
  90     std::vector<int> excl_fep;   /* Exclusions for FEP with Verlet scheme */
  91 };
  92
  93 /* Structure describing the data in a single table */
  94 struct t_forcetable
  95 {
  96     t_forcetable(enum gmx_table_interaction interaction, enum gmx_table_format format);
  97
  98     ~t_forcetable();
  99
 100     enum gmx_table_interaction interaction; /* Types of interactions stored in this table */
 101     enum gmx_table_format      format;      /* Interpolation type and data format */
 102
 103     real r;     /* range of the table */
 104     int  n;     /* n+1 is the number of table points */
 105     real scale; /* distance (nm) between two table points */
 106     std::vector<real, gmx::AlignedAllocator<real>> data; /* the actual table data */
 107
 108     /* Some information about the table layout. This can also be derived from the interpolation
 109      * type and the table interactions, but it is convenient to have here for sanity checks, and it
 110      * makes it much easier to access the tables in the nonbonded kernels when we can set the data
 111      * from variables. It is always true that stride = formatsize*ninteractions
 112      */
 113     int formatsize; /* Number of fp variables for each table point (1 for F, 2 for VF, 4 for YFGH, etc.) */
 114     int ninteractions; /* Number of interactions in table, 1 for coul-only, 3 for coul+rep+disp. */
 115     int stride; /* Distance to next table point (number of fp variables per table point in total) */
 116 };
 117
 118 #endif /* GMX_MDTYPES_NBLIST_H */