src/gromacs/mdtypes/mdatom.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \brief
  38  * Declares mdatom data structure.
  39  *
  40  * \inpublicapi
  41  * \ingroup module_mdtypes
  42  */
  43 #ifndef GMX_MDTYPES_MDATOM_H
  44 #define GMX_MDTYPES_MDATOM_H
  45
  46 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  47 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  48 #include "gromacs/utility/real.h"
  49
  50 typedef struct t_mdatoms {
  51     //! Total mass in state A
  52     real                   tmassA;
  53     //! Total mass in state B
  54     real                   tmassB;
  55     //! Total mass
  56     real                   tmass;
  57     //! Number of atoms in arrays
  58     int                    nr;
  59     //! Number of elements in arrays
  60     int                    nalloc;
  61     //! Number of energy groups
  62     int                    nenergrp;
  63     //! Do we have multiple center of mass motion removal groups
  64     gmx_bool               bVCMgrps;
  65     //! Do we have atoms that are frozen along 1 or 2 (not 3) dimensions?
  66     gmx_bool               havePartiallyFrozenAtoms;
  67     //! Number of perturbed atoms
  68     int                    nPerturbed;
  69     //! Number of atoms for which the mass is perturbed
  70     int                    nMassPerturbed;
  71     //! Number of atoms for which the charge is perturbed
  72     int                    nChargePerturbed;
  73     //! Number of atoms for which the type is perturbed
  74     int                    nTypePerturbed;
  75     //! Do we have orientation restraints
  76     gmx_bool               bOrires;
  77     //! Atomic mass in A state
  78     real                  *massA;
  79     //! Atomic mass in B state
  80     real                  *massB;
  81     //! Atomic mass in present state
  82     real                  *massT;
  83     //! Inverse atomic mass per atom, 0 for vsites and shells
  84     real                  *invmass;
  85     //! Inverse atomic mass per atom and dimension, 0 for vsites, shells and frozen dimensions
  86     rvec                  *invMassPerDim;
  87     //! Atomic charge in A state
  88     real                  *chargeA;
  89     //! Atomic charge in B state
  90     real                  *chargeB;
  91     //! Dispersion constant C6 in A state
  92     real                  *sqrt_c6A;
  93     //! Dispersion constant C6 in A state
  94     real                  *sqrt_c6B;
  95     //! Van der Waals radius sigma in the A state
  96     real                  *sigmaA;
  97     //! Van der Waals radius sigma in the B state
  98     real                  *sigmaB;
  99     //! Van der Waals radius sigma^3 in the A state
 100     real                  *sigma3A;
 101     //! Van der Waals radius sigma^3 in the B state
 102     real                  *sigma3B;
 103     //! Is this atom perturbed
 104     gmx_bool              *bPerturbed;
 105     //! Type of atom in the A state
 106     int                   *typeA;
 107     //! Type of atom in the B state
 108     int                   *typeB;
 109     //! Particle type
 110     unsigned short        *ptype;
 111     //! Group index for temperature coupling
 112     unsigned short        *cTC;
 113     //! Group index for energy matrix
 114     unsigned short        *cENER;
 115     //! Group index for acceleration
 116     unsigned short        *cACC;
 117     //! Group index for freezing
 118     unsigned short        *cFREEZE;
 119     //! Group index for center of mass motion removal
 120     unsigned short        *cVCM;
 121     //! Group index for user 1
 122     unsigned short        *cU1;
 123     //! Group index for user 2
 124     unsigned short        *cU2;
 125     //! Group index for orientation restraints
 126     unsigned short        *cORF;
 127     //! QMMM atoms
 128     gmx_bool              *bQM;
 129     //! Number of atoms on this processor. TODO is this still used?
 130     int                    homenr;
 131     //! The lambda value used to create the contents of the struct
 132     real                   lambda;
 133 } t_mdatoms;
 134
 135 #endif