src/gromacs/mdtypes/mdatom.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2013,2014,2015,2016,2017,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /*! \brief
  38  * Declares mdatom data structure.
  39  *
  40  * \inpublicapi
  41  * \ingroup module_mdtypes
  42  */
  43 #ifndef GMX_MDTYPES_MDATOM_H
  44 #define GMX_MDTYPES_MDATOM_H
  45
  46 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  47 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  48 #include "gromacs/utility/real.h"
  49
  50 typedef struct t_mdatoms
  51 {
  52     //! Total mass in state A
  53     real tmassA;
  54     //! Total mass in state B
  55     real tmassB;
  56     //! Total mass
  57     real tmass;
  58     //! Number of atoms in arrays
  59     int nr;
  60     //! Number of elements in arrays
  61     int nalloc;
  62     //! Number of energy groups
  63     int nenergrp;
  64     //! Do we have multiple center of mass motion removal groups
  65     gmx_bool bVCMgrps;
  66     //! Do we have any virtual sites?
  67     gmx_bool haveVsites;
  68     //! Do we have atoms that are frozen along 1 or 2 (not 3) dimensions?
  69     gmx_bool havePartiallyFrozenAtoms;
  70     //! Number of perturbed atoms
  71     int nPerturbed;
  72     //! Number of atoms for which the mass is perturbed
  73     int nMassPerturbed;
  74     //! Number of atoms for which the charge is perturbed
  75     int nChargePerturbed;
  76     //! Number of atoms for which the type is perturbed
  77     int nTypePerturbed;
  78     //! Do we have orientation restraints
  79     gmx_bool bOrires;
  80     //! Atomic mass in A state
  81     real* massA;
  82     //! Atomic mass in B state
  83     real* massB;
  84     //! Atomic mass in present state
  85     real* massT;
  86     //! Inverse atomic mass per atom, 0 for vsites and shells
  87     real* invmass;
  88     //! Inverse atomic mass per atom and dimension, 0 for vsites, shells and frozen dimensions
  89     rvec* invMassPerDim;
  90     //! Atomic charge in A state
  91     real* chargeA;
  92     //! Atomic charge in B state
  93     real* chargeB;
  94     //! Dispersion constant C6 in A state
  95     real* sqrt_c6A;
  96     //! Dispersion constant C6 in A state
  97     real* sqrt_c6B;
  98     //! Van der Waals radius sigma in the A state
  99     real* sigmaA;
 100     //! Van der Waals radius sigma in the B state
 101     real* sigmaB;
 102     //! Van der Waals radius sigma^3 in the A state
 103     real* sigma3A;
 104     //! Van der Waals radius sigma^3 in the B state
 105     real* sigma3B;
 106     //! Is this atom perturbed
 107     gmx_bool* bPerturbed;
 108     //! Type of atom in the A state
 109     int* typeA;
 110     //! Type of atom in the B state
 111     int* typeB;
 112     //! Particle type
 113     unsigned short* ptype;
 114     //! Group index for temperature coupling
 115     unsigned short* cTC;
 116     //! Group index for energy matrix
 117     unsigned short* cENER;
 118     //! Group index for acceleration
 119     unsigned short* cACC;
 120     //! Group index for freezing
 121     unsigned short* cFREEZE;
 122     //! Group index for center of mass motion removal
 123     unsigned short* cVCM;
 124     //! Group index for user 1
 125     unsigned short* cU1;
 126     //! Group index for user 2
 127     unsigned short* cU2;
 128     //! Group index for orientation restraints
 129     unsigned short* cORF;
 130     //! QMMM atoms
 131     gmx_bool* bQM;
 132     //! Number of atoms on this processor. TODO is this still used?
 133     int homenr;
 134     //! The lambda value used to create the contents of the struct
 135     real lambda;
 136 } t_mdatoms;
 137
 138 #endif