src/gromacs/mdtypes/inputrec.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "inputrec.h"
  40
  41 #include <cstdio>
  42 #include <cstdlib>
  43 #include <cstring>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/math/veccompare.h"
  48 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/awh-params.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/pull-params.h"
  52 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  53 #include "gromacs/utility/compare.h"
  54 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  55 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  56 #include "gromacs/utility/keyvaluetree.h"
  57 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  58 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  59 #include "gromacs/utility/strconvert.h"
  60 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  61 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  62
  63 //! Macro to select a bool name
  64 #define EBOOL(e)       gmx::boolToString(e)
  65
  66 /* The minimum number of integration steps required for reasonably accurate
  67  * integration of first and second order coupling algorithms.
  68  */
  69 const int nstmin_berendsen_tcouple =  5;
  70 const int nstmin_berendsen_pcouple = 10;
  71 const int nstmin_harmonic          = 20;
  72
  73 t_inputrec::t_inputrec()
  74 {
  75     std::memset(this, 0, sizeof(*this));
  76     snew(fepvals, 1);
  77     snew(expandedvals, 1);
  78     snew(simtempvals, 1);
  79 }
  80
  81 t_inputrec::~t_inputrec()
  82 {
  83     done_inputrec(this);
  84 }
  85
  86 static int nst_wanted(const t_inputrec *ir)
  87 {
  88     if (ir->nstlist > 0)
  89     {
  90         return ir->nstlist;
  91     }
  92     else
  93     {
  94         return 10;
  95     }
  96 }
  97
  98 int ir_optimal_nstcalcenergy(const t_inputrec *ir)
  99 {
 100     return nst_wanted(ir);
 101 }
 102
 103 int tcouple_min_integration_steps(int etc)
 104 {
 105     int n;
 106
 107     switch (etc)
 108     {
 109         case etcNO:
 110             n = 0;
 111             break;
 112         case etcBERENDSEN:
 113         case etcYES:
 114             n = nstmin_berendsen_tcouple;
 115             break;
 116         case etcVRESCALE:
 117             /* V-rescale supports instantaneous rescaling */
 118             n = 0;
 119             break;
 120         case etcNOSEHOOVER:
 121             n = nstmin_harmonic;
 122             break;
 123         case etcANDERSEN:
 124         case etcANDERSENMASSIVE:
 125             n = 1;
 126             break;
 127         default:
 128             gmx_incons("Unknown etc value");
 129             n = 0;
 130     }
 131
 132     return n;
 133 }
 134
 135 int ir_optimal_nsttcouple(const t_inputrec *ir)
 136 {
 137     int  nmin, nwanted, n;
 138     real tau_min;
 139     int  g;
 140
 141     nmin = tcouple_min_integration_steps(ir->etc);
 142
 143     nwanted = nst_wanted(ir);
 144
 145     tau_min = 1e20;
 146     if (ir->etc != etcNO)
 147     {
 148         for (g = 0; g < ir->opts.ngtc; g++)
 149         {
 150             if (ir->opts.tau_t[g] > 0)
 151             {
 152                 tau_min = std::min(tau_min, ir->opts.tau_t[g]);
 153             }
 154         }
 155     }
 156
 157     if (nmin == 0 || ir->delta_t*nwanted <= tau_min)
 158     {
 159         n = nwanted;
 160     }
 161     else
 162     {
 163         n = (int)(tau_min/(ir->delta_t*nmin) + 0.001);
 164         if (n < 1)
 165         {
 166             n = 1;
 167         }
 168         while (nwanted % n != 0)
 169         {
 170             n--;
 171         }
 172     }
 173
 174     return n;
 175 }
 176
 177 int pcouple_min_integration_steps(int epc)
 178 {
 179     int n;
 180
 181     switch (epc)
 182     {
 183         case epcNO:
 184             n = 0;
 185             break;
 186         case etcBERENDSEN:
 187         case epcISOTROPIC:
 188             n = nstmin_berendsen_pcouple;
 189             break;
 190         case epcPARRINELLORAHMAN:
 191         case epcMTTK:
 192             n = nstmin_harmonic;
 193             break;
 194         default:
 195             gmx_incons("Unknown epc value");
 196             n = 0;
 197     }
 198
 199     return n;
 200 }
 201
 202 int ir_optimal_nstpcouple(const t_inputrec *ir)
 203 {
 204     int  nmin, nwanted, n;
 205
 206     nmin = pcouple_min_integration_steps(ir->epc);
 207
 208     nwanted = nst_wanted(ir);
 209
 210     if (nmin == 0 || ir->delta_t*nwanted <= ir->tau_p)
 211     {
 212         n = nwanted;
 213     }
 214     else
 215     {
 216         n = static_cast<int>(ir->tau_p/(ir->delta_t*nmin) + 0.001);
 217         if (n < 1)
 218         {
 219             n = 1;
 220         }
 221         while (nwanted % n != 0)
 222         {
 223             n--;
 224         }
 225     }
 226
 227     return n;
 228 }
 229
 230 gmx_bool ir_coulomb_switched(const t_inputrec *ir)
 231 {
 232     return (ir->coulombtype == eelSWITCH ||
 233             ir->coulombtype == eelSHIFT ||
 234             ir->coulombtype == eelENCADSHIFT ||
 235             ir->coulombtype == eelPMESWITCH ||
 236             ir->coulombtype == eelPMEUSERSWITCH ||
 237             ir->coulomb_modifier == eintmodPOTSWITCH ||
 238             ir->coulomb_modifier == eintmodFORCESWITCH);
 239 }
 240
 241 gmx_bool ir_coulomb_is_zero_at_cutoff(const t_inputrec *ir)
 242 {
 243     return (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ||
 244             ir_coulomb_switched(ir) || ir->coulomb_modifier != eintmodNONE ||
 245             ir->coulombtype == eelRF_ZERO);
 246 }
 247
 248 gmx_bool ir_coulomb_might_be_zero_at_cutoff(const t_inputrec *ir)
 249 {
 250     return (ir_coulomb_is_zero_at_cutoff(ir) || ir->coulombtype == eelUSER || ir->coulombtype == eelPMEUSER);
 251 }
 252
 253 gmx_bool ir_vdw_switched(const t_inputrec *ir)
 254 {
 255     return (ir->vdwtype == evdwSWITCH ||
 256             ir->vdwtype == evdwSHIFT ||
 257             ir->vdwtype == evdwENCADSHIFT ||
 258             ir->vdw_modifier == eintmodPOTSWITCH ||
 259             ir->vdw_modifier == eintmodFORCESWITCH);
 260 }
 261
 262 gmx_bool ir_vdw_is_zero_at_cutoff(const t_inputrec *ir)
 263 {
 264     return (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ||
 265             ir_vdw_switched(ir) || ir->vdw_modifier != eintmodNONE);
 266 }
 267
 268 gmx_bool ir_vdw_might_be_zero_at_cutoff(const t_inputrec *ir)
 269 {
 270     return (ir_vdw_is_zero_at_cutoff(ir) || ir->vdwtype == evdwUSER);
 271 }
 272
 273 static void done_pull_group(t_pull_group *pgrp)
 274 {
 275     if (pgrp->nat > 0)
 276     {
 277         sfree(pgrp->ind);
 278         sfree(pgrp->weight);
 279     }
 280 }
 281
 282 static void done_pull_params(pull_params_t *pull)
 283 {
 284     int i;
 285
 286     for (i = 0; i < pull->ngroup+1; i++)
 287     {
 288         done_pull_group(pull->group);
 289     }
 290
 291     sfree(pull->group);
 292     sfree(pull->coord);
 293 }
 294
 295 static void done_lambdas(t_lambda *fep)
 296 {
 297     if (fep->n_lambda > 0)
 298     {
 299         for (int i = 0; i < efptNR; i++)
 300         {
 301             sfree(fep->all_lambda[i]);
 302         }
 303     }
 304     sfree(fep->all_lambda);
 305 }
 306
 307 void done_inputrec(t_inputrec *ir)
 308 {
 309     sfree(ir->opts.nrdf);
 310     sfree(ir->opts.ref_t);
 311     sfree(ir->opts.annealing);
 312     sfree(ir->opts.anneal_npoints);
 313     sfree(ir->opts.anneal_time);
 314     sfree(ir->opts.anneal_temp);
 315     sfree(ir->opts.tau_t);
 316     sfree(ir->opts.acc);
 317     sfree(ir->opts.nFreeze);
 318     sfree(ir->opts.QMmethod);
 319     sfree(ir->opts.QMbasis);
 320     sfree(ir->opts.QMcharge);
 321     sfree(ir->opts.QMmult);
 322     sfree(ir->opts.bSH);
 323     sfree(ir->opts.CASorbitals);
 324     sfree(ir->opts.CASelectrons);
 325     sfree(ir->opts.SAon);
 326     sfree(ir->opts.SAoff);
 327     sfree(ir->opts.SAsteps);
 328     sfree(ir->opts.egp_flags);
 329     done_lambdas(ir->fepvals);
 330     sfree(ir->fepvals);
 331     sfree(ir->expandedvals);
 332     sfree(ir->simtempvals);
 333
 334     if (ir->pull)
 335     {
 336         done_pull_params(ir->pull);
 337         sfree(ir->pull);
 338     }
 339     delete ir->params;
 340 }
 341
 342 static void pr_qm_opts(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_grpopts *opts)
 343 {
 344     fprintf(fp, "%s:\n", title);
 345
 346     pr_int(fp, indent, "ngQM", opts->ngQM);
 347     if (opts->ngQM > 0)
 348     {
 349         pr_ivec(fp, indent, "QMmethod", opts->QMmethod, opts->ngQM, FALSE);
 350         pr_ivec(fp, indent, "QMbasis", opts->QMbasis, opts->ngQM, FALSE);
 351         pr_ivec(fp, indent, "QMcharge", opts->QMcharge, opts->ngQM, FALSE);
 352         pr_ivec(fp, indent, "QMmult", opts->QMmult, opts->ngQM, FALSE);
 353         pr_bvec(fp, indent, "SH", opts->bSH, opts->ngQM, FALSE);
 354         pr_ivec(fp, indent, "CASorbitals", opts->CASorbitals, opts->ngQM, FALSE);
 355         pr_ivec(fp, indent, "CASelectrons", opts->CASelectrons, opts->ngQM, FALSE);
 356         pr_rvec(fp, indent, "SAon", opts->SAon, opts->ngQM, FALSE);
 357         pr_rvec(fp, indent, "SAoff", opts->SAoff, opts->ngQM, FALSE);
 358         pr_ivec(fp, indent, "SAsteps", opts->SAsteps, opts->ngQM, FALSE);
 359     }
 360 }
 361
 362 static void pr_grp_opts(FILE *out, int indent, const char *title, const t_grpopts *opts,
 363                         gmx_bool bMDPformat)
 364 {
 365     int i, m, j;
 366
 367     if (!bMDPformat)
 368     {
 369         fprintf(out, "%s:\n", title);
 370     }
 371
 372     pr_indent(out, indent);
 373     fprintf(out, "nrdf%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 374     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 375     {
 376         fprintf(out, "  %10g", opts->nrdf[i]);
 377     }
 378     fprintf(out, "\n");
 379
 380     pr_indent(out, indent);
 381     fprintf(out, "ref-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 382     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 383     {
 384         fprintf(out, "  %10g", opts->ref_t[i]);
 385     }
 386     fprintf(out, "\n");
 387
 388     pr_indent(out, indent);
 389     fprintf(out, "tau-t%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 390     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 391     {
 392         fprintf(out, "  %10g", opts->tau_t[i]);
 393     }
 394     fprintf(out, "\n");
 395
 396     /* Pretty-print the simulated annealing info */
 397     fprintf(out, "annealing%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 398     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 399     {
 400         fprintf(out, "  %10s", EANNEAL(opts->annealing[i]));
 401     }
 402     fprintf(out, "\n");
 403
 404     fprintf(out, "annealing-npoints%s", bMDPformat ? " = " : ":");
 405     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 406     {
 407         fprintf(out, "  %10d", opts->anneal_npoints[i]);
 408     }
 409     fprintf(out, "\n");
 410
 411     for (i = 0; (i < opts->ngtc); i++)
 412     {
 413         if (opts->anneal_npoints[i] > 0)
 414         {
 415             fprintf(out, "annealing-time [%d]:\t", i);
 416             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 417             {
 418                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_time[i][j]);
 419             }
 420             fprintf(out, "\n");
 421             fprintf(out, "annealing-temp [%d]:\t", i);
 422             for (j = 0; (j < opts->anneal_npoints[i]); j++)
 423             {
 424                 fprintf(out, "  %10.1f", opts->anneal_temp[i][j]);
 425             }
 426             fprintf(out, "\n");
 427         }
 428     }
 429
 430     pr_indent(out, indent);
 431     fprintf(out, "acc:\t");
 432     for (i = 0; (i < opts->ngacc); i++)
 433     {
 434         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 435         {
 436             fprintf(out, "  %10g", opts->acc[i][m]);
 437         }
 438     }
 439     fprintf(out, "\n");
 440
 441     pr_indent(out, indent);
 442     fprintf(out, "nfreeze:");
 443     for (i = 0; (i < opts->ngfrz); i++)
 444     {
 445         for (m = 0; (m < DIM); m++)
 446         {
 447             fprintf(out, "  %10s", opts->nFreeze[i][m] ? "Y" : "N");
 448         }
 449     }
 450     fprintf(out, "\n");
 451
 452
 453     for (i = 0; (i < opts->ngener); i++)
 454     {
 455         pr_indent(out, indent);
 456         fprintf(out, "energygrp-flags[%3d]:", i);
 457         for (m = 0; (m < opts->ngener); m++)
 458         {
 459             fprintf(out, " %d", opts->egp_flags[opts->ngener*i+m]);
 460         }
 461         fprintf(out, "\n");
 462     }
 463
 464     fflush(out);
 465 }
 466
 467 static void pr_matrix(FILE *fp, int indent, const char *title, const rvec *m,
 468                       gmx_bool bMDPformat)
 469 {
 470     if (bMDPformat)
 471     {
 472         fprintf(fp, "%-10s    = %g %g %g %g %g %g\n", title,
 473                 m[XX][XX], m[YY][YY], m[ZZ][ZZ], m[XX][YY], m[XX][ZZ], m[YY][ZZ]);
 474     }
 475     else
 476     {
 477         pr_rvecs(fp, indent, title, m, DIM);
 478     }
 479 }
 480
 481 #define PS(t, s) pr_str(fp, indent, t, s)
 482 #define PI(t, s) pr_int(fp, indent, t, s)
 483 #define PSTEP(t, s) pr_int64(fp, indent, t, s)
 484 #define PR(t, s) pr_real(fp, indent, t, s)
 485 #define PD(t, s) pr_double(fp, indent, t, s)
 486
 487 static void pr_pull_group(FILE *fp, int indent, int g, const t_pull_group *pgrp)
 488 {
 489     pr_indent(fp, indent);
 490     fprintf(fp, "pull-group %d:\n", g);
 491     indent += 2;
 492     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", pgrp->ind, pgrp->nat, TRUE);
 493     pr_rvec(fp, indent, "weight", pgrp->weight, pgrp->nweight, TRUE);
 494     PI("pbcatom", pgrp->pbcatom);
 495 }
 496
 497 static void pr_pull_coord(FILE *fp, int indent, int c, const t_pull_coord *pcrd)
 498 {
 499     int g;
 500
 501     pr_indent(fp, indent);
 502     fprintf(fp, "pull-coord %d:\n", c);
 503     PS("type", EPULLTYPE(pcrd->eType));
 504     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 505     {
 506         PS("potential-provider", pcrd->externalPotentialProvider);
 507     }
 508     PS("geometry", EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 509     for (g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 510     {
 511         char buf[10];
 512
 513         sprintf(buf, "group[%d]", g);
 514         PI(buf, pcrd->group[g]);
 515     }
 516     pr_ivec(fp, indent, "dim", pcrd->dim, DIM, TRUE);
 517     pr_rvec(fp, indent, "origin", pcrd->origin, DIM, TRUE);
 518     pr_rvec(fp, indent, "vec", pcrd->vec, DIM, TRUE);
 519     PS("start", EBOOL(pcrd->bStart));
 520     PR("init", pcrd->init);
 521     PR("rate", pcrd->rate);
 522     PR("k", pcrd->k);
 523     PR("kB", pcrd->kB);
 524 }
 525
 526 static void pr_simtempvals(FILE *fp, int indent, const t_simtemp *simtemp, int n_lambda)
 527 {
 528     PS("simulated-tempering-scaling", ESIMTEMP(simtemp->eSimTempScale));
 529     PR("sim-temp-low", simtemp->simtemp_low);
 530     PR("sim-temp-high", simtemp->simtemp_high);
 531     pr_rvec(fp, indent, "simulated tempering temperatures", simtemp->temperatures, n_lambda, TRUE);
 532 }
 533
 534 static void pr_expandedvals(FILE *fp, int indent, const t_expanded *expand, int n_lambda)
 535 {
 536
 537     PI("nstexpanded", expand->nstexpanded);
 538     PS("lmc-stats", elamstats_names[expand->elamstats]);
 539     PS("lmc-move", elmcmove_names[expand->elmcmove]);
 540     PS("lmc-weights-equil", elmceq_names[expand->elmceq]);
 541     if (expand->elmceq == elmceqNUMATLAM)
 542     {
 543         PI("weight-equil-number-all-lambda", expand->equil_n_at_lam);
 544     }
 545     if (expand->elmceq == elmceqSAMPLES)
 546     {
 547         PI("weight-equil-number-samples", expand->equil_samples);
 548     }
 549     if (expand->elmceq == elmceqSTEPS)
 550     {
 551         PI("weight-equil-number-steps", expand->equil_steps);
 552     }
 553     if (expand->elmceq == elmceqWLDELTA)
 554     {
 555         PR("weight-equil-wl-delta", expand->equil_wl_delta);
 556     }
 557     if (expand->elmceq == elmceqRATIO)
 558     {
 559         PR("weight-equil-count-ratio", expand->equil_ratio);
 560     }
 561     PI("lmc-seed", expand->lmc_seed);
 562     PR("mc-temperature", expand->mc_temp);
 563     PI("lmc-repeats", expand->lmc_repeats);
 564     PI("lmc-gibbsdelta", expand->gibbsdeltalam);
 565     PI("lmc-forced-nstart", expand->lmc_forced_nstart);
 566     PS("symmetrized-transition-matrix", EBOOL(expand->bSymmetrizedTMatrix));
 567     PI("nst-transition-matrix", expand->nstTij);
 568     PI("mininum-var-min", expand->minvarmin); /*default is reasonable */
 569     PI("weight-c-range", expand->c_range);    /* default is just C=0 */
 570     PR("wl-scale", expand->wl_scale);
 571     PR("wl-ratio", expand->wl_ratio);
 572     PR("init-wl-delta", expand->init_wl_delta);
 573     PS("wl-oneovert", EBOOL(expand->bWLoneovert));
 574
 575     pr_indent(fp, indent);
 576     pr_rvec(fp, indent, "init-lambda-weights", expand->init_lambda_weights, n_lambda, TRUE);
 577     PS("init-weights", EBOOL(expand->bInit_weights));
 578 }
 579
 580 static void pr_fepvals(FILE *fp, int indent, const t_lambda *fep, gmx_bool bMDPformat)
 581 {
 582     int i, j;
 583
 584     PR("init-lambda", fep->init_lambda);
 585     PI("init-lambda-state", fep->init_fep_state);
 586     PR("delta-lambda", fep->delta_lambda);
 587     PI("nstdhdl", fep->nstdhdl);
 588
 589     if (!bMDPformat)
 590     {
 591         PI("n-lambdas", fep->n_lambda);
 592     }
 593     if (fep->n_lambda > 0)
 594     {
 595         pr_indent(fp, indent);
 596         fprintf(fp, "separate-dvdl%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 597         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 598         {
 599             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 600             if (fep->separate_dvdl[i])
 601             {
 602                 fprintf(fp, "  TRUE");
 603             }
 604             else
 605             {
 606                 fprintf(fp, "  FALSE");
 607             }
 608             fprintf(fp, "\n");
 609         }
 610         fprintf(fp, "all-lambdas%s\n", bMDPformat ? " = " : ":");
 611         for (i = 0; i < efptNR; i++)
 612         {
 613             fprintf(fp, "%18s = ", efpt_names[i]);
 614             for (j = 0; j < fep->n_lambda; j++)
 615             {
 616                 fprintf(fp, "  %10g", fep->all_lambda[i][j]);
 617             }
 618             fprintf(fp, "\n");
 619         }
 620     }
 621     PI("calc-lambda-neighbors", fep->lambda_neighbors);
 622     PS("dhdl-print-energy", edHdLPrintEnergy_names[fep->edHdLPrintEnergy]);
 623     PR("sc-alpha", fep->sc_alpha);
 624     PI("sc-power", fep->sc_power);
 625     PR("sc-r-power", fep->sc_r_power);
 626     PR("sc-sigma", fep->sc_sigma);
 627     PR("sc-sigma-min", fep->sc_sigma_min);
 628     PS("sc-coul", EBOOL(fep->bScCoul));
 629     PI("dh-hist-size", fep->dh_hist_size);
 630     PD("dh-hist-spacing", fep->dh_hist_spacing);
 631     PS("separate-dhdl-file", SEPDHDLFILETYPE(fep->separate_dhdl_file));
 632     PS("dhdl-derivatives", DHDLDERIVATIVESTYPE(fep->dhdl_derivatives));
 633 };
 634
 635 static void pr_pull(FILE *fp, int indent, const pull_params_t *pull)
 636 {
 637     int g;
 638
 639     PR("pull-cylinder-r", pull->cylinder_r);
 640     PR("pull-constr-tol", pull->constr_tol);
 641     PS("pull-print-COM", EBOOL(pull->bPrintCOM));
 642     PS("pull-print-ref-value", EBOOL(pull->bPrintRefValue));
 643     PS("pull-print-components", EBOOL(pull->bPrintComp));
 644     PI("pull-nstxout", pull->nstxout);
 645     PI("pull-nstfout", pull->nstfout);
 646     PI("pull-ngroups", pull->ngroup);
 647     for (g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 648     {
 649         pr_pull_group(fp, indent, g, &pull->group[g]);
 650     }
 651     PI("pull-ncoords", pull->ncoord);
 652     for (g = 0; g < pull->ncoord; g++)
 653     {
 654         pr_pull_coord(fp, indent, g, &pull->coord[g]);
 655     }
 656 }
 657
 658 static void pr_awh_bias_dim(FILE *fp, int indent, gmx::AwhDimParams *awhDimParams, char *prefix)
 659 {
 660     pr_indent(fp, indent);
 661     indent++;
 662     fprintf(fp,  "%s:\n", prefix);
 663     PS("coord-provider", EAWHCOORDPROVIDER(awhDimParams->eCoordProvider));
 664     PI("coord-index", awhDimParams->coordIndex + 1);
 665     PR("start", awhDimParams->origin);
 666     PR("end", awhDimParams->end);
 667     PR("period", awhDimParams->period);
 668     PR("force-constant", awhDimParams->forceConstant);
 669     PR("diffusion", awhDimParams->diffusion);
 670     PR("start", awhDimParams->origin);
 671     PR("end", awhDimParams->end);
 672     PR("cover-diameter", awhDimParams->coverDiameter);
 673 }
 674
 675 static void pr_awh_bias(FILE *fp, int indent, gmx::AwhBiasParams *awhBiasParams, char *prefix)
 676 {
 677     char opt[STRLEN];
 678
 679     sprintf(opt, "%s-error-init", prefix);
 680     PR(opt, awhBiasParams->errorInitial);
 681     sprintf(opt, "%s-growth", prefix);
 682     PS(opt, EAWHGROWTH(awhBiasParams->eGrowth));
 683     sprintf(opt, "%s-target", prefix);
 684     PS(opt, EAWHTARGET(awhBiasParams->eTarget));
 685     sprintf(opt, "%s-target-beta-scalng", prefix);
 686     PR(opt, awhBiasParams->targetBetaScaling);
 687     sprintf(opt, "%s-target-cutoff", prefix);
 688     PR(opt, awhBiasParams->targetCutoff);
 689     sprintf(opt, "%s-user-data", prefix);
 690     PS(opt, EBOOL(awhBiasParams->bUserData));
 691     sprintf(opt, "%s-share-group", prefix);
 692     PI(opt, awhBiasParams->shareGroup);
 693     sprintf(opt, "%s-equilibrate-histogram", prefix);
 694     PS(opt, EBOOL(awhBiasParams->equilibrateHistogram));
 695     sprintf(opt, "%s-ndim", prefix);
 696     PI(opt, awhBiasParams->ndim);
 697
 698     for (int d = 0; d < awhBiasParams->ndim; d++)
 699     {
 700         char prefixdim[STRLEN];
 701         sprintf(prefixdim, "%s-dim%d", prefix, d + 1);
 702         pr_awh_bias_dim(fp, indent, &awhBiasParams->dimParams[d], prefixdim);
 703     }
 704 }
 705
 706 static void pr_awh(FILE *fp, int indent, gmx::AwhParams *awhParams)
 707 {
 708     int  k;
 709     char opt[STRLEN], prefix[STRLEN];
 710
 711     sprintf(prefix, "%s", "awh");
 712
 713     sprintf(opt, "%s-potential", prefix);
 714     PS(opt, EAWHPOTENTIAL(awhParams->ePotential));
 715     sprintf(opt, "%s-seed", prefix);
 716     PI(opt, awhParams->seed);
 717     sprintf(opt, "%s-nstout", prefix);
 718     PI(opt, awhParams->nstOut);
 719     sprintf(opt, "%s-nstsample", prefix);
 720     PI(opt, awhParams->nstSampleCoord);
 721     sprintf(opt, "%s-nsamples-update", prefix);
 722     PI(opt, awhParams->numSamplesUpdateFreeEnergy);
 723     sprintf(opt, "%s-share-bias-multisim", prefix);
 724     PS(opt, EBOOL(awhParams->shareBiasMultisim));
 725     sprintf(opt, "%s-nbias", prefix);
 726     PI(opt, awhParams->numBias);
 727
 728     for (k = 0; k < awhParams->numBias; k++)
 729     {
 730         sprintf(prefix, "awh%d", k + 1);
 731         pr_awh_bias(fp, indent, &awhParams->awhBiasParams[k], prefix);
 732     }
 733 }
 734
 735 static void pr_rotgrp(FILE *fp, int indent, int g, const t_rotgrp *rotg)
 736 {
 737     pr_indent(fp, indent);
 738     fprintf(fp, "rot-group %d:\n", g);
 739     indent += 2;
 740     PS("rot-type", EROTGEOM(rotg->eType));
 741     PS("rot-massw", EBOOL(rotg->bMassW));
 742     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", rotg->ind, rotg->nat, TRUE);
 743     pr_rvecs(fp, indent, "x-ref", rotg->x_ref, rotg->nat);
 744     pr_rvec(fp, indent, "rot-vec", rotg->vec, DIM, TRUE);
 745     pr_rvec(fp, indent, "rot-pivot", rotg->pivot, DIM, TRUE);
 746     PR("rot-rate", rotg->rate);
 747     PR("rot-k", rotg->k);
 748     PR("rot-slab-dist", rotg->slab_dist);
 749     PR("rot-min-gauss", rotg->min_gaussian);
 750     PR("rot-eps", rotg->eps);
 751     PS("rot-fit-method", EROTFIT(rotg->eFittype));
 752     PI("rot-potfit-nstep", rotg->PotAngle_nstep);
 753     PR("rot-potfit-step", rotg->PotAngle_step);
 754 }
 755
 756 static void pr_rot(FILE *fp, int indent, const t_rot *rot)
 757 {
 758     int g;
 759
 760     PI("rot-nstrout", rot->nstrout);
 761     PI("rot-nstsout", rot->nstsout);
 762     PI("rot-ngroups", rot->ngrp);
 763     for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
 764     {
 765         pr_rotgrp(fp, indent, g, &rot->grp[g]);
 766     }
 767 }
 768
 769
 770 static void pr_swap(FILE *fp, int indent, const t_swapcoords *swap)
 771 {
 772     char str[STRLEN];
 773
 774     /* Enums for better readability of the code */
 775     enum {
 776         eCompA = 0, eCompB
 777     };
 778
 779
 780     PI("swap-frequency", swap->nstswap);
 781
 782     /* The split groups that define the compartments */
 783     for (int j = 0; j < 2; j++)
 784     {
 785         snprintf(str, STRLEN, "massw_split%d", j);
 786         PS(str, EBOOL(swap->massw_split[j]));
 787         snprintf(str, STRLEN, "split atoms group %d", j);
 788         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->grp[j].ind, swap->grp[j].nat, TRUE);
 789     }
 790
 791     /* The solvent group */
 792     snprintf(str, STRLEN, "solvent group %s", swap->grp[eGrpSolvent].molname);
 793     pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->grp[eGrpSolvent].ind, swap->grp[eGrpSolvent].nat, TRUE);
 794
 795     /* Now print the indices for all the ion groups: */
 796     for (int ig = eSwapFixedGrpNR; ig < swap->ngrp; ig++)
 797     {
 798         snprintf(str, STRLEN, "ion group %s", swap->grp[ig].molname);
 799         pr_ivec_block(fp, indent, str, swap->grp[ig].ind, swap->grp[ig].nat, TRUE);
 800     }
 801
 802     PR("cyl0-r", swap->cyl0r);
 803     PR("cyl0-up", swap->cyl0u);
 804     PR("cyl0-down", swap->cyl0l);
 805     PR("cyl1-r", swap->cyl1r);
 806     PR("cyl1-up", swap->cyl1u);
 807     PR("cyl1-down", swap->cyl1l);
 808     PI("coupl-steps", swap->nAverage);
 809
 810     /* Print the requested ion counts for both compartments */
 811     for (int ic = eCompA; ic <= eCompB; ic++)
 812     {
 813         for (int ig = eSwapFixedGrpNR; ig < swap->ngrp; ig++)
 814         {
 815             snprintf(str, STRLEN, "%s-in-%c", swap->grp[ig].molname, 'A'+ic);
 816             PI(str, swap->grp[ig].nmolReq[ic]);
 817         }
 818     }
 819
 820     PR("threshold", swap->threshold);
 821     PR("bulk-offsetA", swap->bulkOffset[eCompA]);
 822     PR("bulk-offsetB", swap->bulkOffset[eCompB]);
 823 }
 824
 825
 826 static void pr_imd(FILE *fp, int indent, const t_IMD *imd)
 827 {
 828     PI("IMD-atoms", imd->nat);
 829     pr_ivec_block(fp, indent, "atom", imd->ind, imd->nat, TRUE);
 830 }
 831
 832
 833 void pr_inputrec(FILE *fp, int indent, const char *title, const t_inputrec *ir,
 834                  gmx_bool bMDPformat)
 835 {
 836     const char *infbuf = "inf";
 837
 838     if (available(fp, ir, indent, title))
 839     {
 840         if (!bMDPformat)
 841         {
 842             indent = pr_title(fp, indent, title);
 843         }
 844         /* Try to make this list appear in the same order as the
 845          * options are written in the default mdout.mdp, and with
 846          * the same user-exposed names to facilitate debugging.
 847          */
 848         PS("integrator", EI(ir->eI));
 849         PR("tinit", ir->init_t);
 850         PR("dt", ir->delta_t);
 851         PSTEP("nsteps", ir->nsteps);
 852         PSTEP("init-step", ir->init_step);
 853         PI("simulation-part", ir->simulation_part);
 854         PS("comm-mode", ECOM(ir->comm_mode));
 855         PI("nstcomm", ir->nstcomm);
 856
 857         /* Langevin dynamics */
 858         PR("bd-fric", ir->bd_fric);
 859         PSTEP("ld-seed", ir->ld_seed);
 860
 861         /* Energy minimization */
 862         PR("emtol", ir->em_tol);
 863         PR("emstep", ir->em_stepsize);
 864         PI("niter", ir->niter);
 865         PR("fcstep", ir->fc_stepsize);
 866         PI("nstcgsteep", ir->nstcgsteep);
 867         PI("nbfgscorr", ir->nbfgscorr);
 868
 869         /* Test particle insertion */
 870         PR("rtpi", ir->rtpi);
 871
 872         /* Output control */
 873         PI("nstxout", ir->nstxout);
 874         PI("nstvout", ir->nstvout);
 875         PI("nstfout", ir->nstfout);
 876         PI("nstlog", ir->nstlog);
 877         PI("nstcalcenergy", ir->nstcalcenergy);
 878         PI("nstenergy", ir->nstenergy);
 879         PI("nstxout-compressed", ir->nstxout_compressed);
 880         PR("compressed-x-precision", ir->x_compression_precision);
 881
 882         /* Neighborsearching parameters */
 883         PS("cutoff-scheme", ECUTSCHEME(ir->cutoff_scheme));
 884         PI("nstlist", ir->nstlist);
 885         PS("ns-type", ENS(ir->ns_type));
 886         PS("pbc", epbc_names[ir->ePBC]);
 887         PS("periodic-molecules", EBOOL(ir->bPeriodicMols));
 888         PR("verlet-buffer-tolerance", ir->verletbuf_tol);
 889         PR("rlist", ir->rlist);
 890
 891         /* Options for electrostatics and VdW */
 892         PS("coulombtype", EELTYPE(ir->coulombtype));
 893         PS("coulomb-modifier", INTMODIFIER(ir->coulomb_modifier));
 894         PR("rcoulomb-switch", ir->rcoulomb_switch);
 895         PR("rcoulomb", ir->rcoulomb);
 896         if (ir->epsilon_r != 0)
 897         {
 898             PR("epsilon-r", ir->epsilon_r);
 899         }
 900         else
 901         {
 902             PS("epsilon-r", infbuf);
 903         }
 904         if (ir->epsilon_rf != 0)
 905         {
 906             PR("epsilon-rf", ir->epsilon_rf);
 907         }
 908         else
 909         {
 910             PS("epsilon-rf", infbuf);
 911         }
 912         PS("vdw-type", EVDWTYPE(ir->vdwtype));
 913         PS("vdw-modifier", INTMODIFIER(ir->vdw_modifier));
 914         PR("rvdw-switch", ir->rvdw_switch);
 915         PR("rvdw", ir->rvdw);
 916         PS("DispCorr", EDISPCORR(ir->eDispCorr));
 917         PR("table-extension", ir->tabext);
 918
 919         PR("fourierspacing", ir->fourier_spacing);
 920         PI("fourier-nx", ir->nkx);
 921         PI("fourier-ny", ir->nky);
 922         PI("fourier-nz", ir->nkz);
 923         PI("pme-order", ir->pme_order);
 924         PR("ewald-rtol", ir->ewald_rtol);
 925         PR("ewald-rtol-lj", ir->ewald_rtol_lj);
 926         PS("lj-pme-comb-rule", ELJPMECOMBNAMES(ir->ljpme_combination_rule));
 927         PR("ewald-geometry", ir->ewald_geometry);
 928         PR("epsilon-surface", ir->epsilon_surface);
 929
 930         /* Options for weak coupling algorithms */
 931         PS("tcoupl", ETCOUPLTYPE(ir->etc));
 932         PI("nsttcouple", ir->nsttcouple);
 933         PI("nh-chain-length", ir->opts.nhchainlength);
 934         PS("print-nose-hoover-chain-variables", EBOOL(ir->bPrintNHChains));
 935
 936         PS("pcoupl", EPCOUPLTYPE(ir->epc));
 937         PS("pcoupltype", EPCOUPLTYPETYPE(ir->epct));
 938         PI("nstpcouple", ir->nstpcouple);
 939         PR("tau-p", ir->tau_p);
 940         pr_matrix(fp, indent, "compressibility", ir->compress, bMDPformat);
 941         pr_matrix(fp, indent, "ref-p", ir->ref_p, bMDPformat);
 942         PS("refcoord-scaling", EREFSCALINGTYPE(ir->refcoord_scaling));
 943
 944         if (bMDPformat)
 945         {
 946             fprintf(fp, "posres-com  = %g %g %g\n", ir->posres_com[XX],
 947                     ir->posres_com[YY], ir->posres_com[ZZ]);
 948             fprintf(fp, "posres-comB = %g %g %g\n", ir->posres_comB[XX],
 949                     ir->posres_comB[YY], ir->posres_comB[ZZ]);
 950         }
 951         else
 952         {
 953             pr_rvec(fp, indent, "posres-com", ir->posres_com, DIM, TRUE);
 954             pr_rvec(fp, indent, "posres-comB", ir->posres_comB, DIM, TRUE);
 955         }
 956
 957         /* QMMM */
 958         PS("QMMM", EBOOL(ir->bQMMM));
 959         PI("QMconstraints", ir->QMconstraints);
 960         PI("QMMMscheme", ir->QMMMscheme);
 961         PR("MMChargeScaleFactor", ir->scalefactor);
 962         pr_qm_opts(fp, indent, "qm-opts", &(ir->opts));
 963
 964         /* CONSTRAINT OPTIONS */
 965         PS("constraint-algorithm", ECONSTRTYPE(ir->eConstrAlg));
 966         PS("continuation", EBOOL(ir->bContinuation));
 967
 968         PS("Shake-SOR", EBOOL(ir->bShakeSOR));
 969         PR("shake-tol", ir->shake_tol);
 970         PI("lincs-order", ir->nProjOrder);
 971         PI("lincs-iter", ir->nLincsIter);
 972         PR("lincs-warnangle", ir->LincsWarnAngle);
 973
 974         /* Walls */
 975         PI("nwall", ir->nwall);
 976         PS("wall-type", EWALLTYPE(ir->wall_type));
 977         PR("wall-r-linpot", ir->wall_r_linpot);
 978         /* wall-atomtype */
 979         PI("wall-atomtype[0]", ir->wall_atomtype[0]);
 980         PI("wall-atomtype[1]", ir->wall_atomtype[1]);
 981         /* wall-density */
 982         PR("wall-density[0]", ir->wall_density[0]);
 983         PR("wall-density[1]", ir->wall_density[1]);
 984         PR("wall-ewald-zfac", ir->wall_ewald_zfac);
 985
 986         /* COM PULLING */
 987         PS("pull", EBOOL(ir->bPull));
 988         if (ir->bPull)
 989         {
 990             pr_pull(fp, indent, ir->pull);
 991         }
 992
 993         /* AWH BIASING */
 994         PS("awh", EBOOL(ir->bDoAwh));
 995         if (ir->bDoAwh)
 996         {
 997             pr_awh(fp, indent, ir->awhParams);
 998         }
 999
1000         /* ENFORCED ROTATION */
1001         PS("rotation", EBOOL(ir->bRot));
1002         if (ir->bRot)
1003         {
1004             pr_rot(fp, indent, ir->rot);
1005         }
1006
1007         /* INTERACTIVE MD */
1008         PS("interactiveMD", EBOOL(ir->bIMD));
1009         if (ir->bIMD)
1010         {
1011             pr_imd(fp, indent, ir->imd);
1012         }
1013
1014         /* NMR refinement stuff */
1015         PS("disre", EDISRETYPE(ir->eDisre));
1016         PS("disre-weighting", EDISREWEIGHTING(ir->eDisreWeighting));
1017         PS("disre-mixed", EBOOL(ir->bDisreMixed));
1018         PR("dr-fc", ir->dr_fc);
1019         PR("dr-tau", ir->dr_tau);
1020         PR("nstdisreout", ir->nstdisreout);
1021
1022         PR("orire-fc", ir->orires_fc);
1023         PR("orire-tau", ir->orires_tau);
1024         PR("nstorireout", ir->nstorireout);
1025
1026         /* FREE ENERGY VARIABLES */
1027         PS("free-energy", EFEPTYPE(ir->efep));
1028         if (ir->efep != efepNO || ir->bSimTemp)
1029         {
1030             pr_fepvals(fp, indent, ir->fepvals, bMDPformat);
1031         }
1032         if (ir->bExpanded)
1033         {
1034             pr_expandedvals(fp, indent, ir->expandedvals, ir->fepvals->n_lambda);
1035         }
1036
1037         /* NON-equilibrium MD stuff */
1038         PR("cos-acceleration", ir->cos_accel);
1039         pr_matrix(fp, indent, "deform", ir->deform, bMDPformat);
1040
1041         /* SIMULATED TEMPERING */
1042         PS("simulated-tempering", EBOOL(ir->bSimTemp));
1043         if (ir->bSimTemp)
1044         {
1045             pr_simtempvals(fp, indent, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda);
1046         }
1047
1048         /* ION/WATER SWAPPING FOR COMPUTATIONAL ELECTROPHYSIOLOGY */
1049         PS("swapcoords", ESWAPTYPE(ir->eSwapCoords));
1050         if (ir->eSwapCoords != eswapNO)
1051         {
1052             pr_swap(fp, indent, ir->swap);
1053         }
1054
1055         /* USER-DEFINED THINGIES */
1056         PI("userint1", ir->userint1);
1057         PI("userint2", ir->userint2);
1058         PI("userint3", ir->userint3);
1059         PI("userint4", ir->userint4);
1060         PR("userreal1", ir->userreal1);
1061         PR("userreal2", ir->userreal2);
1062         PR("userreal3", ir->userreal3);
1063         PR("userreal4", ir->userreal4);
1064
1065         if (!bMDPformat)
1066         {
1067             gmx::TextWriter writer(fp);
1068             writer.wrapperSettings().setIndent(indent);
1069             gmx::dumpKeyValueTree(&writer, *ir->params);
1070         }
1071
1072         pr_grp_opts(fp, indent, "grpopts", &(ir->opts), bMDPformat);
1073     }
1074 }
1075 #undef PS
1076 #undef PR
1077 #undef PI
1078
1079 static void cmp_grpopts(FILE *fp, const t_grpopts *opt1, const t_grpopts *opt2, real ftol, real abstol)
1080 {
1081     int  i, j;
1082     char buf1[256], buf2[256];
1083
1084     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngtc", -1,  opt1->ngtc, opt2->ngtc);
1085     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngacc", -1, opt1->ngacc, opt2->ngacc);
1086     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngfrz", -1, opt1->ngfrz, opt2->ngfrz);
1087     cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.ngener", -1, opt1->ngener, opt2->ngener);
1088     for (i = 0; (i < std::min(opt1->ngtc, opt2->ngtc)); i++)
1089     {
1090         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.nrdf", i, opt1->nrdf[i], opt2->nrdf[i], ftol, abstol);
1091         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.ref_t", i, opt1->ref_t[i], opt2->ref_t[i], ftol, abstol);
1092         cmp_real(fp, "inputrec->grpopts.tau_t", i, opt1->tau_t[i], opt2->tau_t[i], ftol, abstol);
1093         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.annealing", i, opt1->annealing[i], opt2->annealing[i]);
1094         cmp_int(fp, "inputrec->grpopts.anneal_npoints", i,
1095                 opt1->anneal_npoints[i], opt2->anneal_npoints[i]);
1096         if (opt1->anneal_npoints[i] == opt2->anneal_npoints[i])
1097         {
1098             sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.anneal_time[%d]", i);
1099             sprintf(buf2, "inputrec->grpopts.anneal_temp[%d]", i);
1100             for (j = 0; j < opt1->anneal_npoints[i]; j++)
1101             {
1102                 cmp_real(fp, buf1, j, opt1->anneal_time[i][j], opt2->anneal_time[i][j], ftol, abstol);
1103                 cmp_real(fp, buf2, j, opt1->anneal_temp[i][j], opt2->anneal_temp[i][j], ftol, abstol);
1104             }
1105         }
1106     }
1107     if (opt1->ngener == opt2->ngener)
1108     {
1109         for (i = 0; i < opt1->ngener; i++)
1110         {
1111             for (j = i; j < opt1->ngener; j++)
1112             {
1113                 sprintf(buf1, "inputrec->grpopts.egp_flags[%d]", i);
1114                 cmp_int(fp, buf1, j,
1115                         opt1->egp_flags[opt1->ngener*i+j],
1116                         opt2->egp_flags[opt1->ngener*i+j]);
1117             }
1118         }
1119     }
1120     for (i = 0; (i < std::min(opt1->ngacc, opt2->ngacc)); i++)
1121     {
1122         cmp_rvec(fp, "inputrec->grpopts.acc", i, opt1->acc[i], opt2->acc[i], ftol, abstol);
1123     }
1124     for (i = 0; (i < std::min(opt1->ngfrz, opt2->ngfrz)); i++)
1125     {
1126         cmp_ivec(fp, "inputrec->grpopts.nFreeze", i, opt1->nFreeze[i], opt2->nFreeze[i]);
1127     }
1128 }
1129
1130 static void cmp_pull(FILE *fp)
1131 {
1132     fprintf(fp, "WARNING: Both files use COM pulling, but comparing of the pull struct is not implemented (yet). The pull parameters could be the same or different.\n");
1133 }
1134
1135 static void cmp_awhDimParams(FILE *fp, const gmx::AwhDimParams *dimp1, const gmx::AwhDimParams *dimp2, int dimIndex, real ftol, real abstol)
1136 {
1137     /* Note that we have double index here, but the compare functions only
1138      * support one index, so here we only print the dim index and not the bias.
1139      */
1140     cmp_int(fp, "inputrec.awhParams->bias?->dim->coord_index", dimIndex, dimp1->coordIndex, dimp2->coordIndex);
1141     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->period", dimIndex, dimp1->period, dimp2->period, ftol, abstol);
1142     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->diffusion", dimIndex, dimp1->diffusion, dimp2->diffusion, ftol, abstol);
1143     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->origin", dimIndex, dimp1->origin, dimp2->origin, ftol, abstol);
1144     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->end", dimIndex, dimp1->end, dimp2->end, ftol, abstol);
1145     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->coord_value_init", dimIndex, dimp1->coordValueInit, dimp2->coordValueInit, ftol, abstol);
1146     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->bias?->dim->coverDiameter", dimIndex, dimp1->coverDiameter, dimp2->coverDiameter, ftol, abstol);
1147 }
1148
1149 static void cmp_awhBiasParams(FILE *fp, const gmx::AwhBiasParams *bias1, const gmx::AwhBiasParams *bias2, int biasIndex, real ftol, real abstol)
1150 {
1151     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->ndim", biasIndex, bias1->ndim, bias2->ndim);
1152     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->biaseTarget", biasIndex, bias1->eTarget, bias2->eTarget);
1153     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->biastargetBetaScaling", biasIndex, bias1->targetBetaScaling, bias2->targetBetaScaling, ftol, abstol);
1154     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->biastargetCutoff", biasIndex, bias1->targetCutoff, bias2->targetCutoff, ftol, abstol);
1155     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->biaseGrowth", biasIndex, bias1->eGrowth, bias2->eGrowth);
1156     cmp_bool(fp, "inputrec->awhParams->biasbUserData", biasIndex, bias1->bUserData, bias2->bUserData);
1157     cmp_double(fp, "inputrec->awhParams->biaserror_initial", biasIndex, bias1->errorInitial, bias2->errorInitial, ftol, abstol);
1158     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->biasShareGroup", biasIndex, bias1->shareGroup, bias2->shareGroup);
1159
1160     for (int dim = 0; dim < std::min(bias1->ndim, bias2->ndim); dim++)
1161     {
1162         cmp_awhDimParams(fp, &bias1->dimParams[dim], &bias2->dimParams[dim], dim, ftol, abstol);
1163     }
1164 }
1165
1166 static void cmp_awhParams(FILE *fp, const gmx::AwhParams *awh1, const gmx::AwhParams *awh2, real ftol, real abstol)
1167 {
1168     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->nbias", -1, awh1->numBias, awh2->numBias);
1169     cmp_int64(fp, "inputrec->awhParams->seed", awh1->seed, awh2->seed);
1170     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->nstout", -1, awh1->nstOut, awh2->nstOut);
1171     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->nstsample_coord", -1, awh1->nstSampleCoord, awh2->nstSampleCoord);
1172     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->nsamples_update_free_energy", -1, awh1->numSamplesUpdateFreeEnergy, awh2->numSamplesUpdateFreeEnergy);
1173     cmp_int(fp, "inputrec->awhParams->ePotential", -1, awh1->ePotential, awh2->ePotential);
1174     cmp_bool(fp, "inputrec->awhParams->shareBiasMultisim", -1, awh1->shareBiasMultisim, awh2->shareBiasMultisim);
1175
1176     if (awh1->numBias == awh2->numBias)
1177     {
1178         for (int bias = 0; bias < awh1->numBias; bias++)
1179         {
1180             cmp_awhBiasParams(fp, &awh1->awhBiasParams[bias], &awh2->awhBiasParams[bias], bias, ftol, abstol);
1181         }
1182     }
1183 }
1184
1185 static void cmp_simtempvals(FILE *fp, const t_simtemp *simtemp1, const t_simtemp *simtemp2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
1186 {
1187     int i;
1188     cmp_int(fp, "inputrec->simtempvals->eSimTempScale", -1, simtemp1->eSimTempScale, simtemp2->eSimTempScale);
1189     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_high", -1, simtemp1->simtemp_high, simtemp2->simtemp_high, ftol, abstol);
1190     cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->simtemp_low", -1, simtemp1->simtemp_low, simtemp2->simtemp_low, ftol, abstol);
1191     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
1192     {
1193         cmp_real(fp, "inputrec->simtempvals->temperatures", -1, simtemp1->temperatures[i], simtemp2->temperatures[i], ftol, abstol);
1194     }
1195 }
1196
1197 static void cmp_expandedvals(FILE *fp, const t_expanded *expand1, const t_expanded *expand2, int n_lambda, real ftol, real abstol)
1198 {
1199     int i;
1200
1201     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bInit_weights", -1, expand1->bInit_weights, expand2->bInit_weights);
1202     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bWLoneovert", -1, expand1->bWLoneovert, expand2->bWLoneovert);
1203
1204     for (i = 0; i < n_lambda; i++)
1205     {
1206         cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init_lambda_weights", -1,
1207                  expand1->init_lambda_weights[i], expand2->init_lambda_weights[i], ftol, abstol);
1208     }
1209
1210     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-stats", -1, expand1->elamstats, expand2->elamstats);
1211     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-mc-move", -1, expand1->elmcmove, expand2->elmcmove);
1212     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-repeats", -1, expand1->lmc_repeats, expand2->lmc_repeats);
1213     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-gibbsdelta", -1, expand1->gibbsdeltalam, expand2->gibbsdeltalam);
1214     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-forced-nstart", -1, expand1->lmc_forced_nstart, expand2->lmc_forced_nstart);
1215     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lambda-weights-equil", -1, expand1->elmceq, expand2->elmceq);
1216     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->,weight-equil-number-all-lambda", -1, expand1->equil_n_at_lam, expand2->equil_n_at_lam);
1217     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-samples", -1, expand1->equil_samples, expand2->equil_samples);
1218     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-number-steps", -1, expand1->equil_steps, expand2->equil_steps);
1219     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-wl-delta", -1, expand1->equil_wl_delta, expand2->equil_wl_delta, ftol, abstol);
1220     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->weight-equil-count-ratio", -1, expand1->equil_ratio, expand2->equil_ratio, ftol, abstol);
1221     cmp_bool(fp, "inputrec->expandedvals->symmetrized-transition-matrix", -1, expand1->bSymmetrizedTMatrix, expand2->bSymmetrizedTMatrix);
1222     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstTij", -1, expand1->nstTij, expand2->nstTij);
1223     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->mininum-var-min", -1, expand1->minvarmin, expand2->minvarmin); /*default is reasonable */
1224     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->weight-c-range", -1, expand1->c_range, expand2->c_range);      /* default is just C=0 */
1225     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-scale", -1, expand1->wl_scale, expand2->wl_scale, ftol, abstol);
1226     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->init-wl-delta", -1, expand1->init_wl_delta, expand2->init_wl_delta, ftol, abstol);
1227     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->wl-ratio", -1, expand1->wl_ratio, expand2->wl_ratio, ftol, abstol);
1228     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->nstexpanded", -1, expand1->nstexpanded, expand2->nstexpanded);
1229     cmp_int(fp, "inputrec->expandedvals->lmc-seed", -1, expand1->lmc_seed, expand2->lmc_seed);
1230     cmp_real(fp, "inputrec->expandedvals->mc-temperature", -1, expand1->mc_temp, expand2->mc_temp, ftol, abstol);
1231 }
1232
1233 static void cmp_fepvals(FILE *fp, const t_lambda *fep1, const t_lambda *fep2, real ftol, real abstol)
1234 {
1235     int i, j;
1236     cmp_int(fp, "inputrec->nstdhdl", -1, fep1->nstdhdl, fep2->nstdhdl);
1237     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->init_fep_state", -1, fep1->init_fep_state, fep2->init_fep_state, ftol, abstol);
1238     cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->delta_lambda", -1, fep1->delta_lambda, fep2->delta_lambda, ftol, abstol);
1239     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->n_lambda", -1, fep1->n_lambda, fep2->n_lambda);
1240     for (i = 0; i < efptNR; i++)
1241     {
1242         for (j = 0; j < std::min(fep1->n_lambda, fep2->n_lambda); j++)
1243         {
1244             cmp_double(fp, "inputrec->fepvals->all_lambda", -1, fep1->all_lambda[i][j], fep2->all_lambda[i][j], ftol, abstol);
1245         }
1246     }
1247     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->lambda_neighbors", 1, fep1->lambda_neighbors,
1248             fep2->lambda_neighbors);
1249     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_alpha", -1, fep1->sc_alpha, fep2->sc_alpha, ftol, abstol);
1250     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->sc_power", -1, fep1->sc_power, fep2->sc_power);
1251     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_r_power", -1, fep1->sc_r_power, fep2->sc_r_power, ftol, abstol);
1252     cmp_real(fp, "inputrec->fepvals->sc_sigma", -1, fep1->sc_sigma, fep2->sc_sigma, ftol, abstol);
1253     cmp_int(fp, "inputrec->fepvals->edHdLPrintEnergy", -1, fep1->edHdLPrintEnergy, fep1->edHdLPrintEnergy);
1254     cmp_bool(fp, "inputrec->fepvals->bScCoul", -1, fep1->bScCoul, fep1->bScCoul);
1255     cmp_int(fp, "inputrec->separate_dhdl_file", -1, fep1->separate_dhdl_file, fep2->separate_dhdl_file);
1256     cmp_int(fp, "inputrec->dhdl_derivatives", -1, fep1->dhdl_derivatives, fep2->dhdl_derivatives);
1257     cmp_int(fp, "inputrec->dh_hist_size", -1, fep1->dh_hist_size, fep2->dh_hist_size);
1258     cmp_double(fp, "inputrec->dh_hist_spacing", -1, fep1->dh_hist_spacing, fep2->dh_hist_spacing, ftol, abstol);
1259 }
1260
1261 void cmp_inputrec(FILE *fp, const t_inputrec *ir1, const t_inputrec *ir2, real ftol, real abstol)
1262 {
1263     fprintf(fp, "comparing inputrec\n");
1264
1265     /* gcc 2.96 doesnt like these defines at all, but issues a huge list
1266      * of warnings. Maybe it will change in future versions, but for the
1267      * moment I've spelled them out instead. /EL 000820
1268      * #define CIB(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
1269      * #define CII(s) cmp_int(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s)
1270      * #define CIR(s) cmp_real(fp,"inputrec->"#s,0,ir1->##s,ir2->##s,ftol)
1271      */
1272     cmp_int(fp, "inputrec->eI", -1, ir1->eI, ir2->eI);
1273     cmp_int64(fp, "inputrec->nsteps", ir1->nsteps, ir2->nsteps);
1274     cmp_int64(fp, "inputrec->init_step", ir1->init_step, ir2->init_step);
1275     cmp_int(fp, "inputrec->simulation_part", -1, ir1->simulation_part, ir2->simulation_part);
1276     cmp_int(fp, "inputrec->ePBC", -1, ir1->ePBC, ir2->ePBC);
1277     cmp_int(fp, "inputrec->bPeriodicMols", -1, ir1->bPeriodicMols, ir2->bPeriodicMols);
1278     cmp_int(fp, "inputrec->cutoff_scheme", -1, ir1->cutoff_scheme, ir2->cutoff_scheme);
1279     cmp_int(fp, "inputrec->ns_type", -1, ir1->ns_type, ir2->ns_type);
1280     cmp_int(fp, "inputrec->nstlist", -1, ir1->nstlist, ir2->nstlist);
1281     cmp_int(fp, "inputrec->nstcomm", -1, ir1->nstcomm, ir2->nstcomm);
1282     cmp_int(fp, "inputrec->comm_mode", -1, ir1->comm_mode, ir2->comm_mode);
1283     cmp_int(fp, "inputrec->nstlog", -1, ir1->nstlog, ir2->nstlog);
1284     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout", -1, ir1->nstxout, ir2->nstxout);
1285     cmp_int(fp, "inputrec->nstvout", -1, ir1->nstvout, ir2->nstvout);
1286     cmp_int(fp, "inputrec->nstfout", -1, ir1->nstfout, ir2->nstfout);
1287     cmp_int(fp, "inputrec->nstcalcenergy", -1, ir1->nstcalcenergy, ir2->nstcalcenergy);
1288     cmp_int(fp, "inputrec->nstenergy", -1, ir1->nstenergy, ir2->nstenergy);
1289     cmp_int(fp, "inputrec->nstxout_compressed", -1, ir1->nstxout_compressed, ir2->nstxout_compressed);
1290     cmp_double(fp, "inputrec->init_t", -1, ir1->init_t, ir2->init_t, ftol, abstol);
1291     cmp_double(fp, "inputrec->delta_t", -1, ir1->delta_t, ir2->delta_t, ftol, abstol);
1292     cmp_real(fp, "inputrec->x_compression_precision", -1, ir1->x_compression_precision, ir2->x_compression_precision, ftol, abstol);
1293     cmp_real(fp, "inputrec->fourierspacing", -1, ir1->fourier_spacing, ir2->fourier_spacing, ftol, abstol);
1294     cmp_int(fp, "inputrec->nkx", -1, ir1->nkx, ir2->nkx);
1295     cmp_int(fp, "inputrec->nky", -1, ir1->nky, ir2->nky);
1296     cmp_int(fp, "inputrec->nkz", -1, ir1->nkz, ir2->nkz);
1297     cmp_int(fp, "inputrec->pme_order", -1, ir1->pme_order, ir2->pme_order);
1298     cmp_real(fp, "inputrec->ewald_rtol", -1, ir1->ewald_rtol, ir2->ewald_rtol, ftol, abstol);
1299     cmp_int(fp, "inputrec->ewald_geometry", -1, ir1->ewald_geometry, ir2->ewald_geometry);
1300     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_surface", -1, ir1->epsilon_surface, ir2->epsilon_surface, ftol, abstol);
1301     cmp_int(fp, "inputrec->bContinuation", -1, ir1->bContinuation, ir2->bContinuation);
1302     cmp_int(fp, "inputrec->bShakeSOR", -1, ir1->bShakeSOR, ir2->bShakeSOR);
1303     cmp_int(fp, "inputrec->etc", -1, ir1->etc, ir2->etc);
1304     cmp_int(fp, "inputrec->bPrintNHChains", -1, ir1->bPrintNHChains, ir2->bPrintNHChains);
1305     cmp_int(fp, "inputrec->epc", -1, ir1->epc, ir2->epc);
1306     cmp_int(fp, "inputrec->epct", -1, ir1->epct, ir2->epct);
1307     cmp_real(fp, "inputrec->tau_p", -1, ir1->tau_p, ir2->tau_p, ftol, abstol);
1308     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(x)", -1, ir1->ref_p[XX], ir2->ref_p[XX], ftol, abstol);
1309     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(y)", -1, ir1->ref_p[YY], ir2->ref_p[YY], ftol, abstol);
1310     cmp_rvec(fp, "inputrec->ref_p(z)", -1, ir1->ref_p[ZZ], ir2->ref_p[ZZ], ftol, abstol);
1311     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(x)", -1, ir1->compress[XX], ir2->compress[XX], ftol, abstol);
1312     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(y)", -1, ir1->compress[YY], ir2->compress[YY], ftol, abstol);
1313     cmp_rvec(fp, "inputrec->compress(z)", -1, ir1->compress[ZZ], ir2->compress[ZZ], ftol, abstol);
1314     cmp_int(fp, "refcoord_scaling", -1, ir1->refcoord_scaling, ir2->refcoord_scaling);
1315     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_com", -1, ir1->posres_com, ir2->posres_com, ftol, abstol);
1316     cmp_rvec(fp, "inputrec->posres_comB", -1, ir1->posres_comB, ir2->posres_comB, ftol, abstol);
1317     cmp_real(fp, "inputrec->verletbuf_tol", -1, ir1->verletbuf_tol, ir2->verletbuf_tol, ftol, abstol);
1318     cmp_real(fp, "inputrec->rlist", -1, ir1->rlist, ir2->rlist, ftol, abstol);
1319     cmp_real(fp, "inputrec->rtpi", -1, ir1->rtpi, ir2->rtpi, ftol, abstol);
1320     cmp_int(fp, "inputrec->coulombtype", -1, ir1->coulombtype, ir2->coulombtype);
1321     cmp_int(fp, "inputrec->coulomb_modifier", -1, ir1->coulomb_modifier, ir2->coulomb_modifier);
1322     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb_switch", -1, ir1->rcoulomb_switch, ir2->rcoulomb_switch, ftol, abstol);
1323     cmp_real(fp, "inputrec->rcoulomb", -1, ir1->rcoulomb, ir2->rcoulomb, ftol, abstol);
1324     cmp_int(fp, "inputrec->vdwtype", -1, ir1->vdwtype, ir2->vdwtype);
1325     cmp_int(fp, "inputrec->vdw_modifier", -1, ir1->vdw_modifier, ir2->vdw_modifier);  cmp_real(fp, "inputrec->rvdw_switch", -1, ir1->rvdw_switch, ir2->rvdw_switch, ftol, abstol);
1326     cmp_real(fp, "inputrec->rvdw", -1, ir1->rvdw, ir2->rvdw, ftol, abstol);
1327     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_r", -1, ir1->epsilon_r, ir2->epsilon_r, ftol, abstol);
1328     cmp_real(fp, "inputrec->epsilon_rf", -1, ir1->epsilon_rf, ir2->epsilon_rf, ftol, abstol);
1329     cmp_real(fp, "inputrec->tabext", -1, ir1->tabext, ir2->tabext, ftol, abstol);
1330
1331     cmp_int(fp, "inputrec->eDispCorr", -1, ir1->eDispCorr, ir2->eDispCorr);
1332     cmp_real(fp, "inputrec->shake_tol", -1, ir1->shake_tol, ir2->shake_tol, ftol, abstol);
1333     cmp_int(fp, "inputrec->efep", -1, ir1->efep, ir2->efep);
1334     cmp_fepvals(fp, ir1->fepvals, ir2->fepvals, ftol, abstol);
1335     cmp_int(fp, "inputrec->bSimTemp", -1, ir1->bSimTemp, ir2->bSimTemp);
1336     if ((ir1->bSimTemp == ir2->bSimTemp) && (ir1->bSimTemp))
1337     {
1338         cmp_simtempvals(fp, ir1->simtempvals, ir2->simtempvals, std::min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
1339     }
1340     cmp_int(fp, "inputrec->bExpanded", -1, ir1->bExpanded, ir2->bExpanded);
1341     if ((ir1->bExpanded == ir2->bExpanded) && (ir1->bExpanded))
1342     {
1343         cmp_expandedvals(fp, ir1->expandedvals, ir2->expandedvals, std::min(ir1->fepvals->n_lambda, ir2->fepvals->n_lambda), ftol, abstol);
1344     }
1345     cmp_int(fp, "inputrec->nwall", -1, ir1->nwall, ir2->nwall);
1346     cmp_int(fp, "inputrec->wall_type", -1, ir1->wall_type, ir2->wall_type);
1347     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[0]", -1, ir1->wall_atomtype[0], ir2->wall_atomtype[0]);
1348     cmp_int(fp, "inputrec->wall_atomtype[1]", -1, ir1->wall_atomtype[1], ir2->wall_atomtype[1]);
1349     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[0]", -1, ir1->wall_density[0], ir2->wall_density[0], ftol, abstol);
1350     cmp_real(fp, "inputrec->wall_density[1]", -1, ir1->wall_density[1], ir2->wall_density[1], ftol, abstol);
1351     cmp_real(fp, "inputrec->wall_ewald_zfac", -1, ir1->wall_ewald_zfac, ir2->wall_ewald_zfac, ftol, abstol);
1352
1353     cmp_bool(fp, "inputrec->bPull", -1, ir1->bPull, ir2->bPull);
1354     if (ir1->bPull && ir2->bPull)
1355     {
1356         cmp_pull(fp);
1357     }
1358
1359     cmp_bool(fp, "inputrec->bDoAwh", -1, ir1->bDoAwh, ir2->bDoAwh);
1360     if (ir1->bDoAwh && ir2->bDoAwh)
1361     {
1362         cmp_awhParams(fp, ir1->awhParams, ir2->awhParams, ftol, abstol);
1363     }
1364
1365     cmp_int(fp, "inputrec->eDisre", -1, ir1->eDisre, ir2->eDisre);
1366     cmp_real(fp, "inputrec->dr_fc", -1, ir1->dr_fc, ir2->dr_fc, ftol, abstol);
1367     cmp_int(fp, "inputrec->eDisreWeighting", -1, ir1->eDisreWeighting, ir2->eDisreWeighting);
1368     cmp_int(fp, "inputrec->bDisreMixed", -1, ir1->bDisreMixed, ir2->bDisreMixed);
1369     cmp_int(fp, "inputrec->nstdisreout", -1, ir1->nstdisreout, ir2->nstdisreout);
1370     cmp_real(fp, "inputrec->dr_tau", -1, ir1->dr_tau, ir2->dr_tau, ftol, abstol);
1371     cmp_real(fp, "inputrec->orires_fc", -1, ir1->orires_fc, ir2->orires_fc, ftol, abstol);
1372     cmp_real(fp, "inputrec->orires_tau", -1, ir1->orires_tau, ir2->orires_tau, ftol, abstol);
1373     cmp_int(fp, "inputrec->nstorireout", -1, ir1->nstorireout, ir2->nstorireout);
1374     cmp_real(fp, "inputrec->em_stepsize", -1, ir1->em_stepsize, ir2->em_stepsize, ftol, abstol);
1375     cmp_real(fp, "inputrec->em_tol", -1, ir1->em_tol, ir2->em_tol, ftol, abstol);
1376     cmp_int(fp, "inputrec->niter", -1, ir1->niter, ir2->niter);
1377     cmp_real(fp, "inputrec->fc_stepsize", -1, ir1->fc_stepsize, ir2->fc_stepsize, ftol, abstol);
1378     cmp_int(fp, "inputrec->nstcgsteep", -1, ir1->nstcgsteep, ir2->nstcgsteep);
1379     cmp_int(fp, "inputrec->nbfgscorr", 0, ir1->nbfgscorr, ir2->nbfgscorr);
1380     cmp_int(fp, "inputrec->eConstrAlg", -1, ir1->eConstrAlg, ir2->eConstrAlg);
1381     cmp_int(fp, "inputrec->nProjOrder", -1, ir1->nProjOrder, ir2->nProjOrder);
1382     cmp_real(fp, "inputrec->LincsWarnAngle", -1, ir1->LincsWarnAngle, ir2->LincsWarnAngle, ftol, abstol);
1383     cmp_int(fp, "inputrec->nLincsIter", -1, ir1->nLincsIter, ir2->nLincsIter);
1384     cmp_real(fp, "inputrec->bd_fric", -1, ir1->bd_fric, ir2->bd_fric, ftol, abstol);
1385     cmp_int64(fp, "inputrec->ld_seed", ir1->ld_seed, ir2->ld_seed);
1386     cmp_real(fp, "inputrec->cos_accel", -1, ir1->cos_accel, ir2->cos_accel, ftol, abstol);
1387     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(a)", -1, ir1->deform[XX], ir2->deform[XX], ftol, abstol);
1388     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(b)", -1, ir1->deform[YY], ir2->deform[YY], ftol, abstol);
1389     cmp_rvec(fp, "inputrec->deform(c)", -1, ir1->deform[ZZ], ir2->deform[ZZ], ftol, abstol);
1390
1391
1392     cmp_int(fp, "inputrec->userint1", -1, ir1->userint1, ir2->userint1);
1393     cmp_int(fp, "inputrec->userint2", -1, ir1->userint2, ir2->userint2);
1394     cmp_int(fp, "inputrec->userint3", -1, ir1->userint3, ir2->userint3);
1395     cmp_int(fp, "inputrec->userint4", -1, ir1->userint4, ir2->userint4);
1396     cmp_real(fp, "inputrec->userreal1", -1, ir1->userreal1, ir2->userreal1, ftol, abstol);
1397     cmp_real(fp, "inputrec->userreal2", -1, ir1->userreal2, ir2->userreal2, ftol, abstol);
1398     cmp_real(fp, "inputrec->userreal3", -1, ir1->userreal3, ir2->userreal3, ftol, abstol);
1399     cmp_real(fp, "inputrec->userreal4", -1, ir1->userreal4, ir2->userreal4, ftol, abstol);
1400     cmp_grpopts(fp, &(ir1->opts), &(ir2->opts), ftol, abstol);
1401     gmx::TextWriter writer(fp);
1402     gmx::compareKeyValueTrees(&writer, *ir1->params, *ir2->params, ftol, abstol);
1403 }
1404
1405 void comp_pull_AB(FILE *fp, pull_params_t *pull, real ftol, real abstol)
1406 {
1407     int i;
1408
1409     for (i = 0; i < pull->ncoord; i++)
1410     {
1411         fprintf(fp, "comparing pull coord %d\n", i);
1412         cmp_real(fp, "pull-coord->k", -1, pull->coord[i].k, pull->coord[i].kB, ftol, abstol);
1413     }
1414 }
1415
1416 gmx_bool inputrecDeform(const t_inputrec *ir)
1417 {
1418     return (ir->deform[XX][XX] != 0 || ir->deform[YY][YY] != 0 || ir->deform[ZZ][ZZ] != 0 ||
1419             ir->deform[YY][XX] != 0 || ir->deform[ZZ][XX] != 0 || ir->deform[ZZ][YY] != 0);
1420 }
1421
1422 gmx_bool inputrecDynamicBox(const t_inputrec *ir)
1423 {
1424     return (ir->epc != epcNO || ir->eI == eiTPI || inputrecDeform(ir));
1425 }
1426
1427 gmx_bool inputrecPreserveShape(const t_inputrec *ir)
1428 {
1429     return  (ir->epc != epcNO && ir->deform[XX][XX] == 0 &&
1430              (ir->epct == epctISOTROPIC || ir->epct == epctSEMIISOTROPIC));
1431 }
1432
1433 gmx_bool inputrecNeedMutot(const t_inputrec *ir)
1434 {
1435     return ((ir->coulombtype == eelEWALD || EEL_PME(ir->coulombtype)) &&
1436             (ir->ewald_geometry == eewg3DC || ir->epsilon_surface != 0));
1437 }
1438
1439 gmx_bool inputrecExclForces(const t_inputrec *ir)
1440 {
1441     return (EEL_FULL(ir->coulombtype) || (EEL_RF(ir->coulombtype)));
1442 }
1443
1444 gmx_bool inputrecNptTrotter(const t_inputrec *ir)
1445 {
1446     return ( ( (ir->eI == eiVV) || (ir->eI == eiVVAK) ) &&
1447              (ir->epc == epcMTTK) && (ir->etc == etcNOSEHOOVER) );
1448 }
1449
1450 gmx_bool inputrecNvtTrotter(const t_inputrec *ir)
1451 {
1452     return ( ( (ir->eI == eiVV) || (ir->eI == eiVVAK) ) &&
1453              (ir->epc != epcMTTK) && (ir->etc == etcNOSEHOOVER) );
1454 }
1455
1456 gmx_bool inputrecNphTrotter(const t_inputrec *ir)
1457 {
1458     return ( ( (ir->eI == eiVV) || (ir->eI == eiVVAK) ) &&
1459              (ir->epc == epcMTTK) && (ir->etc != etcNOSEHOOVER) );
1460 }
1461
1462 bool inputrecPbcXY2Walls(const t_inputrec *ir)
1463 {
1464     return (ir->ePBC == epbcXY && ir->nwall == 2);
1465 }
1466
1467 bool integratorHasConservedEnergyQuantity(const t_inputrec *ir)
1468 {
1469     if (!EI_MD(ir->eI))
1470     {
1471         // Energy minimization or stochastic integrator: no conservation
1472         return false;
1473     }
1474     else if (ir->etc == etcNO && ir->epc == epcNO)
1475     {
1476         // The total energy is conserved, no additional conserved quanitity
1477         return false;
1478     }
1479     else
1480     {
1481         // Shear stress with Parrinello-Rahman is not supported (tedious)
1482         bool shearWithPR =
1483             ((ir->epc == epcPARRINELLORAHMAN || ir->epc == epcMTTK) &&
1484              (ir->ref_p[YY][XX] != 0 || ir->ref_p[ZZ][XX] != 0 || ir->ref_p[ZZ][YY] != 0));
1485
1486         return !ETC_ANDERSEN(ir->etc) && !shearWithPR;
1487     }
1488 }
1489
1490 int inputrec2nboundeddim(const t_inputrec *ir)
1491 {
1492     if (inputrecPbcXY2Walls(ir))
1493     {
1494         return 3;
1495     }
1496     else
1497     {
1498         return ePBC2npbcdim(ir->ePBC);
1499     }
1500 }
1501
1502 int ndof_com(const t_inputrec *ir)
1503 {
1504     int n = 0;
1505
1506     switch (ir->ePBC)
1507     {
1508         case epbcXYZ:
1509         case epbcNONE:
1510             n = 3;
1511             break;
1512         case epbcXY:
1513             n = (ir->nwall == 0 ? 3 : 2);
1514             break;
1515         case epbcSCREW:
1516             n = 1;
1517             break;
1518         default:
1519             gmx_incons("Unknown pbc in calc_nrdf");
1520     }
1521
1522     return n;
1523 }