src/gromacs/mdtypes/group.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019,2021, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes from group.h.
  38  *
  39  * \author Kevin Boyd <kevin.boyd@uconn.edu>
  40  * \ingroup module_mdtypes
  41  */
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "group.h"
  45
  46 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  47
  48 gmx_ekindata_t::gmx_ekindata_t(int numTempCoupleGroups, real cos_accel, int numThreads) :
  49     ngtc(numTempCoupleGroups), nthreads_(numThreads)
  50 {
  51     tcstat.resize(ngtc);
  52     /* Set Berendsen tcoupl lambda's to 1,
  53      * so runs without Berendsen coupling are not affected.
  54      */
  55     for (int i = 0; i < ngtc; i++)
  56     {
  57         tcstat[i].lambda         = 1.0;
  58         tcstat[i].vscale_nhc     = 1.0;
  59         tcstat[i].ekinscaleh_nhc = 1.0;
  60         tcstat[i].ekinscalef_nhc = 1.0;
  61     }
  62
  63     snew(ekin_work_alloc, nthreads_);
  64     snew(ekin_work, nthreads_);
  65     snew(dekindl_work, nthreads_);
  66
  67 #pragma omp parallel for num_threads(nthreads_) schedule(static)
  68     for (int thread = 0; thread < nthreads_; thread++)
  69     {
  70         try
  71         {
  72             constexpr int EKIN_WORK_BUFFER_SIZE = 2;
  73             /* Allocate 2 extra elements on both sides, so in single
  74              * precision we have
  75              * EKIN_WORK_BUFFER_SIZE*DIM*DIM*sizeof(real) = 72/144 bytes
  76              * buffer on both sides to avoid cache pollution.
  77              */
  78             snew(ekin_work_alloc[thread], ngtc + 2 * EKIN_WORK_BUFFER_SIZE);
  79             ekin_work[thread] = ekin_work_alloc[thread] + EKIN_WORK_BUFFER_SIZE;
  80             /* Nasty hack so we can have the per-thread accumulation
  81              * variable for dekindl in the same thread-local cache lines
  82              * as the per-thread accumulation tensors for ekin[fh],
  83              * because they are accumulated in the same loop. */
  84             dekindl_work[thread] = &(ekin_work[thread][ngtc][0][0]);
  85         }
  86         GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
  87     }
  88
  89     cosacc.cos_accel = cos_accel;
  90 }
  91
  92 gmx_ekindata_t::~gmx_ekindata_t()
  93 {
  94     for (int i = 0; i < nthreads_; i++)
  95     {
  96         sfree(ekin_work_alloc[i]);
  97     }
  98     sfree(ekin_work_alloc);
  99     sfree(ekin_work);
 100     sfree(dekindl_work);
 101 }