src/gromacs/mdtypes/forcebuffers.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2020, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements the ForceBuffers class
  38  *
  39  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  40  * \ingroup module_mdtypes
  41  */
  42
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "forcebuffers.h"
  46
  47 #include "gromacs/gpu_utils/hostallocator.h"
  48
  49 namespace gmx
  50 {
  51
  52 ForceBuffers::ForceBuffers() :
  53     force_({}),
  54     forceMtsCombined_({}),
  55     view_({}, {}, false),
  56     useForceMtsCombined_(false)
  57 {
  58 }
  59
  60 ForceBuffers::ForceBuffers(const bool useForceMtsCombined, const PinningPolicy pinningPolicy) :
  61     force_({}, { pinningPolicy }),
  62     forceMtsCombined_({}),
  63     view_({}, {}, useForceMtsCombined),
  64     useForceMtsCombined_(useForceMtsCombined)
  65 {
  66 }
  67
  68 ForceBuffers::~ForceBuffers() = default;
  69
  70 ForceBuffers& ForceBuffers::operator=(ForceBuffers const& o)
  71 {
  72     auto oForce = o.view().force();
  73     resize(oForce.size());
  74     std::copy(oForce.begin(), oForce.end(), view().force().begin());
  75
  76     return *this;
  77 }
  78
  79 PinningPolicy ForceBuffers::pinningPolicy() const
  80 {
  81     return force_.get_allocator().pinningPolicy();
  82 }
  83
  84 void ForceBuffers::resize(int numAtoms)
  85 {
  86     force_.resizeWithPadding(numAtoms);
  87     if (useForceMtsCombined_)
  88     {
  89         forceMtsCombined_.resizeWithPadding(numAtoms);
  90     }
  91     view_ = ForceBuffersView(force_.arrayRefWithPadding(), forceMtsCombined_.arrayRefWithPadding(),
  92                              useForceMtsCombined_);
  93 }
  94
  95 } // namespace gmx