src/gromacs/mdtypes/fcdata.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #ifndef GMX_MDTYPES_FCDATA_H
  38 #define GMX_MDTYPES_FCDATA_H
  39
  40 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  41 #include "gromacs/topology/idef.h"
  42 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  43 #include "gromacs/utility/real.h"
  44
  45 typedef real rvec5[5];
  46
  47 /* Distance restraining stuff */
  48 typedef struct t_disresdata
  49 {
  50     int      dr_weighting; /* Weighting of pairs in one restraint              */
  51     gmx_bool dr_bMixed;    /* Use sqrt of the instantaneous times              *
  52                             * the time averaged violation                      */
  53     real dr_fc;            /* Force constant for disres,                       *
  54                             * which is multiplied by a (possibly)              *
  55                             * different factor for each restraint              */
  56     real  dr_tau;          /* Time constant for disres                    */
  57     real  ETerm;           /* multiplication factor for time averaging         */
  58     real  ETerm1;          /* 1 - ETerm1                                       */
  59     real  exp_min_t_tau;   /* Factor for slowly switching on the force         */
  60     int   nres;            /* The number of distance restraints                */
  61     int   npair;           /* The number of distance restraint pairs           */
  62     int   type_min;        /* The minimum iparam type index for restraints     */
  63     real  sumviol;         /* The sum of violations                            */
  64     real* rt;              /* The instantaneous distance (npair)               */
  65     real* rm3tav;          /* The time averaged distance (npair)               */
  66     real* Rtl_6;           /* The instantaneous r^-6 (nres)                    */
  67     real* Rt_6;            /* The instantaneous ensemble averaged r^-6 (nres)  */
  68     real* Rtav_6;          /* The time and ensemble averaged r^-6 (nres)       */
  69     int   nsystems;        /* The number of systems for ensemble averaging     */
  70
  71     /* TODO: Implement a proper solution for parallel disre indexing */
  72     const t_iatom* forceatomsStart; /* Pointer to the start of the disre forceatoms */
  73 } t_disresdata;
  74
  75 /* All coefficients for the matrix equation for the orientation tensor */
  76 struct OriresMatEq
  77 {
  78     real rhs[5];    /* The right hand side of the matrix equation */
  79     real mat[5][5]; /* The matrix                                 */
  80 };
  81
  82 /* Orientation restraining stuff */
  83 typedef struct t_oriresdata
  84 {
  85     real         fc;            /* Force constant for the restraints                  */
  86     real         edt;           /* Multiplication factor for time averaging           */
  87     real         edt_1;         /* 1 - edt                                            */
  88     real         exp_min_t_tau; /* Factor for slowly switching on the force         */
  89     int          nr;            /* The number of orientation restraints               */
  90     int          nex;           /* The number of experiments                          */
  91     int          typeMin;       /* The minimum iparam type index for restraints       */
  92     int          nref;          /* The number of atoms for the fit                    */
  93     real*        mref;          /* The masses of the reference atoms                  */
  94     rvec*        xref;          /* The reference coordinates for the fit (nref)       */
  95     rvec*        xtmp;          /* Temporary array for fitting (nref)                 */
  96     matrix       R;             /* Rotation matrix to rotate to the reference coor.   */
  97     tensor*      S;             /* Array of order tensors for each experiment (nexp)  */
  98     rvec5*       Dinsl;         /* The order matrix D for all restraints (nr x 5)     */
  99     rvec5*       Dins;          /* The ensemble averaged D (nr x 5)                   */
 100     rvec5*       Dtav;          /* The time and ensemble averaged D (nr x 5)          */
 101     real*        oinsl;         /* The calculated instantaneous orientations          */
 102     real*        oins;          /* The calculated emsemble averaged orientations      */
 103     real*        otav;          /* The calculated time and ensemble averaged orient.  */
 104     real         rmsdev;        /* The weighted (using kfac) RMS deviation            */
 105     OriresMatEq* tmpEq;         /* An temporary array of matrix + rhs                 */
 106     real*        eig;           /* Eigenvalues/vectors, for output only (nex x 12)    */
 107
 108     /* variables for diagonalization with diagonalize_orires_tensors()*/
 109     double** M;
 110     double*  eig_diag;
 111     double** v;
 112 } t_oriresdata;
 113
 114 typedef struct bondedtable_t
 115 {
 116     int   n;     /* n+1 is the number of points */
 117     real  scale; /* distance between two points */
 118     real* data;  /* the actual table data, per point there are 4 numbers */
 119 } bondedtable_t;
 120
 121 /*
 122  * Data struct used in the force calculation routines
 123  * for storing the tables for bonded interactions and
 124  * for storing information which is needed in following steps
 125  * (for instance for time averaging in distance retraints)
 126  * or for storing output, since force routines only return the potential.
 127  */
 128 typedef struct t_fcdata
 129 {
 130     bondedtable_t* bondtab;
 131     bondedtable_t* angletab;
 132     bondedtable_t* dihtab;
 133
 134     t_disresdata disres;
 135     t_oriresdata orires;
 136 } t_fcdata;
 137
 138 #endif