src/gromacs/mdtypes/awh-correlation-history.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 /*! \libinternal \file
  37  *
  38  * \brief
  39  * Contains datatypes and function declarations needed by AWH to
  40  * have its force correlation data checkpointed.
  41  *
  42  * \author Viveca Lindahl
  43  * \author Berk Hess <hess@kth.se>
  44  * \inlibraryapi
  45  * \ingroup module_mdtypes
  46  */
  47
  48 #ifndef GMX_MDTYPES_AWH_CORRELATION_HISTORY_H
  49 #define GMX_MDTYPES_AWH_CORRELATION_HISTORY_H
  50
  51 #include <vector>
  52
  53 namespace gmx
  54 {
  55
  56 /*! \cond INTERNAL */
  57
  58 //! Correlation block averaging data.
  59 struct CorrelationBlockDataHistory
  60 {
  61     double blockSumWeight;                       /**< Sum weights for current block. */
  62     double blockSumSquareWeight;                 /**< Sum weights^2 for current block. */
  63     double blockSumWeightX;                      /**< Weighted sum of x for current block. */
  64     double blockSumWeightY;                      /**< Weighted sum of y for current block. */
  65     double sumOverBlocksSquareBlockWeight;       /**< Sum over all blocks in the simulation of block weight^2 over the whole simulation. */
  66     double sumOverBlocksBlockSquareWeight;       /**< Sum over all blocks in the simulation of weight^2 over the whole simulation. */
  67     double sumOverBlocksBlockWeightBlockWeightX; /**< Sum over all blocks in the simulation of block weight times blockSumWeightX over the whole simulation. */
  68     double sumOverBlocksBlockWeightBlockWeightY; /**< Sum over all blocks in the simulation of block weight times blockSumWeightY over the whole simulation. */
  69     double blockLength;                          /**< The length of each block used for block averaging. */
  70     int    previousBlockIndex;                   /**< The last block index data was added to (needed only for block length in terms of time). */
  71     double correlationIntegral;                  /**< The time integral of the correlation function of x and y, corr(x(0), y(t)). */
  72 };
  73
  74 //! Grid of local correlation matrices.
  75 struct CorrelationGridHistory
  76 {
  77     /* These counts here since we curently need them for initializing the correlation grid when reading a checkpoint */
  78     int numCorrelationTensors; /**< Number correlation tensors in the grid (equal to the number of points). */
  79     int tensorSize;            /**< The number of stored correlation matrix elements. */
  80     int blockDataListSize;     /**< To be able to increase the block length later on, data is saved for several block lengths for each element. */
  81
  82     /* We store all tensor sequentially in a buffer */
  83     std::vector<CorrelationBlockDataHistory> blockDataBuffer; /**< Buffer that contains the correlation data. */
  84 };
  85
  86 /*! \endcond */
  87
  88 /*! \brief
  89  * Initialize correlation grid history, sets all sizes.
  90  *
  91  * \param[in,out] correlationGridHistory  Correlation grid history for master rank.
  92  * \param[in] numCorrelationTensors       Number of correlation tensors in the grid.
  93  * \param[in] tensorSize                  Number of correlation elements in each tensor.
  94  * \param[in] blockDataListSize           The number of blocks in the list of each tensor element.
  95  */
  96 void initCorrelationGridHistory(CorrelationGridHistory *correlationGridHistory,
  97                                 int                     numCorrelationTensors,
  98                                 int                     tensorSize,
  99                                 int                     blockDataListSize);
 100
 101 }      // namespace gmx
 102
 103 #endif /* GMX_MDTYPES_AWH_CORRELATION_HISTORY_H */